Irina ha comunicado que el edificio a asaltar esta limpio, sin explosivos ni sistemas antiintrusos pero Jack no se fía de su exmujer. Syney es enviada a Madagascar a recuperar la Biblia junto con Vaughn mientras Jack se ocupa de la tapadera de Syd. Pero Syd encuentra explosivos, que habían sido puestos por orden de su padre y cree que su madre le ha mentido. Sydney testifica ante un tribunal de la CIA donde ha de contar lo que ocurrió en Madagascar, explicando que su madre la había engañado para que ella cayera en una trampa y sólo gracias a su padre pudo salvar la vida. Ambos se reconcilian. En Viena, el contacto austriaco del SD-6 muere tras haberles informado del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney viaja a Hungría con la misión de fotografiar las armas escondidas en una oficina en Budapest. Allí descubre que las armas son niños a quienes están adiestrando militarmente.

Sydney debe actuar como pacificadora en la lucha de sus combatientes padres por recuperar una serie de armas nucleares que han caído en manos equivocadas. Pero cuando los Bristow se infiltran en un complejo militar abandonado, los problemas familiares quedan en un segundo plano frente a un cambio de lealtades, sorprendentes revelaciones y un descubrimiento Rambaldi que podría cambiar todo para siempre.

Cuando Sydney descubre que Marshall ha sido secuestrado, lucha contra un despiadado Sloane para liberarlo. Mientras tanto, la CIA hace todo lo posible por impedir que el SD-6 acceda a un sistema de seguridad de alto secreto y Jack se da cuenta de que la única persona que puede ayudarles es Irina.