Sloane envía a Dixon y Sidney a Madrid con la misión de robar una caja de seguridad que contiene un dibujo de lo que parece ser un código dibujado a finales del siglo XV por Milo Ramaldi. El código se compone de dos partes. La Agencia SD-6 necesita el segundo dibujo para completar el código. Sidney descubre que Anna Espinosa, miembro de una agencia rival rusa posee la caja de seguridad. Después de una intensa riña, Sidney consigue la caja pero Anna tiene la llave para abrirla. Por este motivo, Sloane acuerda una cita entre Anna y Sidney. Cuando por fin consiguen abrir la caja, las dos agentes se horrorizan ante el ensordecedor sonido que se emite desde el interior de la caja.

Sydney es secuestrada en un psiquiátrico de Bucarest, Rumanía, tras encontrar a otro agente del SD-6 muerto. Los secuestradores quieren interrogarla para saber si recibió información de un hombre, Shepard, que está interno en el psiquiátrico con un cuadro de amnesia que le impide recordar su pasado. Sydney intenta que Shepard colabore con ella para huir y así lograr la información que necesita para la misión. Pronto descubrirá que este hombre está relacionado con un hecho importante de su vida. Por otra parte, Jack se sincera con su hija y le explica su verdadera implicación con la muerte de su madre hace veinte años. Mientras en Los Ángeles, Will sigue investigando la muerte de Danny y descubre que hay otro asesinato relacionado e intenta que este caso sea publicado, aunque tendrá cierta oposición de su jefa. Y a la vuelta a casa de Sydney, Francie tiene preparada la cena de Acción de Gracias, para celebrarlo juntas.

Sydney viaja a la universidad de Oxford tras la pista de otro de los misteriosos inventos de Rambaldi. Un extraño reloj que es una pista más de su rompecabezas, para conseguirlo tendrá que enfrentarse con Ana Espinosa que también esta en Oxford. Los problemas de Sydney no terminan con Ana. Sloan ha colocado a un agente para que la vigile y controle. El SD6 sabe que tiene un topo entre sus filas y encontrarlo es prioritario para la división de seguridad. Sydney tiene que enfrentarse a un sofisticado detector de mentiras para convencer a Sloan de que ella no es el agente doble. El agente Vaughn de la CIA ayuda a Sydney a superar el detector de mentiras pero no consigue disipar todas las sospechas que sobre ella existen. Un exploración meticulosa del reloj de Rambaldi revela que combinándolo con otro de los objetos rescatados por Sydney muestra una carta astral de un determinado lugar a una hora precisa. Ese lugar es una montaña entre Argentina y Chile. Sydney viaja con Dixon para investigar el lugar pero allí les está esperando Ana.

La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.