Perseguido y quedándose sin soluciones, Coulson pone a su equipo justo en la línea de fuego, con el General Talbot, Hydra y Creel en el ataque. Un Doctor misterioso alberga algunos secretos peligrosos que podrían destruir a uno de nuestros miembros del equipo central.

El equipo de Coulson está en contra de la hermosa y mortal Bobbi Morse - Jefa de Seguridad de Hydra. El padre de Skye obliga Raina a reunirlo con su hija a cualquier precio.

Coulson y el equipo se encuentran en un épico enfrentamiento contra Hydra para descubrir un antiguo secreto, mientras que Ward, secuestra a su hermano, el senador Christian Ward, para un violento viaje por sus recuerdos.

Coulson y las fuerzas de Whitehall se reúnen en un enfrentamiento explosivo que altera dramáticamente destinos de todo el mundo. Mientras tanto, Skye descubre secretos impactantes sobre su pasado.

El equipo de Coulson debe lidiar con las consecuencias de su guerra con Hydra mientras revelaciones impactantes amenazan con separarlos, e Hydra hace una jugada peligrosa que puede implicar a un traidor en medio de S.H.I.E.L.D.

Mark tiene secuestrado a Hunter para que no le cuente a los demás que Bobbi y Mark tienen un secreto. May contacta a su ex-marido para que le ayude a controlar los poderes de Skye. Bobbi y Coulson tratan de encontrar al padre de Skye que ha estado reuniendo a un grupo de personas con habilidades especiales.

Gordon lleva a Skye al "Más Allá", el refugio para gente con habilidades, donde conoce a Lincoln Campbell, otro joven con poderes quien le explica que a cada uno de ellos les es asignado un guía para ayudarlos a controlar sus habilidades. Gonzales les pide ayuda a Fitz-Simmons para abrir la caja de herramientas de Furia, pero Fitz se niega y decide abandonar S.H.I.E.L.D., aunque es en realidad una treta organizada entre él y Simmons para así poder escaparse con el objeto y mantenerlo a salvo. Mientras, Coulson y Hunter roban un quinjet con la ayuda de Mike Peterson, quien ha estado trabajando secretamente bajo las órdenes de Coulson y vigilando al Dr. List, uno de los líderes de HYDRA, con lo que ha descubierto que éste está realizando experimentos con gente que posee "dones".

La historia de la transformación de Melinda May en "La Caballería" se revela mientras se encuentra en una encrucijada en la guerra entre Coulson y Gonzales. Cuando Skye aprende más sobre su verdadera herencia a través de Lincoln, la verdad acerca de los Inhumanos le llevará en una nueva dirección.

Una nueva alianza peligrosa se forma cuando Coulson y Hunter recurren a la última persona que nadie esperaría - Grant Ward! A medida que la guerra entre las facciones de S.H.I.E.L.D. continúa, Skye y Lincoln se encontrarán envueltos en este conflicto.

Gonzales y Coulson deben encontrar una manera de poner sus diferencias a un lado y trabajar juntos contra HYDRA, incluso si esto significa colaborar con alguien en quien no confían.

Skye se debate entre su lealtad a S.H.I.E.L.D. y su conexión con los Inhumanos mientras la tensión aumenta entre los grupos - y Coulson revela un secreto que ha estado escondiendo de incluso los más cercanos a él.

S.H.I.E.L.D. apuesta todo para sobrevivir a una guerra que emborrona los límites entre amigo y enemigo. Coulson y su equipo deberán hacer grandes sacrificios que cambiarán sus relaciones y sus mundos.

La batalla entre SHIELD y los Inhumanos alcanza su punto máximo. SHIELD debe defender a los suyos y mantener a salvo a Skye.