Scrubs es una divertida comedia en la que se relatan las surrealistas experiencias de un joven médico, J.D. Dorian (Zach Braff) durante sus prácticas en un hospital, el Sagrado Corazón, plagado de empleados y pacientes a cada cual más especial. Dorian, a quien sus compañeros llaman por las siglas J.D., acaba de aterrizar en el hospital donde deberá llevar a cabo sus primeras prácticas como médico residente. Pero este no es un hospital normal, ya que por sus instalaciones abundan personajes de toda clase totalmente imprevisibles en sus actuaciones. A Dorian le acompañan otros dos novatos: su compañero de facultad Chris Turk (Donald Faison), que también está realizando un periodo de prácticas perteneciente al equipo quirúrgico del hospital, y la impulsiva y muy atractiva doctora Elliott Reid (Sarah Chalke). Siempre alerta frente al equipo de novatos está el paternal jefe de medicina, el doctor Bob Kelso (Ken Jenkins) el mordaz y mundano doctor Phil Cox (John C. McGinley) y la comprensiva enfermera Carla Espinosa (Judy Reyes).

Doug es un hombre amable que se dedica al reparto y su mujer, Carrie, es secretaria y tiene un gran temperamento. En el sótano de la casa de Nueva York vive Arthur, padre de Carrie. Su presencia constante y su conducta extraña provocan múltiples aventuras diarias. Para mantenerlo ocupado, Doug y Carrie han contratado a una paseadora de perros, Holly, para que le haga compañía y lo saque de casa.

La serie trata la historia de la familia Camden, la familia de un pastor Protestante de la ciudad ficticia de Glenoak, ubicada en California. Los personajes principales son el Reverendo Eric Camden (Stephen Collins), su esposa Annie (Catherine Hicks), y sus 7 hijos (todos sus nombres derivados de personajes bíblicos, Matt (Barry Watson), Mary (Jessica Biel), Lucy (Beverley Mitchell), Simon (David Gallagher), Ruthie (Mackenzie Rosman) y los gemelos, Sam (Nikolas Brino) y David (Lorenzo Brino). Originalmente la familia estaba compuesta por 7 integrantes (los dos padres, más cinco hijos), hasta el capítulo 14 de la tercera temporada, titulado "Alabadas sean las mujeres" ("In Praise of Women"), cuando Annie da a luz a los gemelos Sam y David, aumentando así el número a 9 integrantes familiares más el perro que tienen como mascota de nombre Happy. Cuatro de los niños Camden (Matt, Mary, Lucy y Simon) se van de casa a lo largo de la serie. Simon se muda a un apartamento y luego ingresa a la universidad, Mary se muda a vivir con sus abuelos, y Matt se casó y desarrolla su carrera como médico lejos de la familia. A pesar de la ausencia alternada de estos tres personajes en la casa Camden durante el programa, esta siempre llena. Cuando Lucy se casó, se mudó junto a su esposo a un apartamento-garaje donde comenzó a formar su familia, pero luego se mudó a una casa vecina junto a su esposo Kevin (George Stults) y su hija Savannah. Ruthie dejó la casa durante un corto tiempo en la última temporada para viajar a Escocia.