La serie sigue a dos hermanastros, Phineas y Ferb, que viven en compañía de su hermana Candace y sus padres. Ambos hermanos están insatisfechos con simplemente estar fuera de la escuela el verano entero, sin hacer nada más, por lo que se dedican a buscar una idea novedosa y excitante para disfrutar más las vacaciones. Su hermana Candace sabe de sus inusuales actividades y constantemente está tratando de llamar la atención de su madre al respecto, para que esta castigue a los niños. Estos, sin embargo, frecuentemente son cubiertos por una segunda línea de acción del programa, donde su ornitorrinco mascota llamado Perry resulta ser en realidad un agente secreto encubierto conocido simplemente como "Agente P". En su constante lucha por detener los malévolos planes del malvado Doctor Doofenshmirtz, toda traza de actividad inusal de los chicos es eliminada por mera coincidencia, antes de que Candace pueda mostrársela a su madre, por lo que siempre queda como un tonta ante ella.

Clark Kent, Lois Lane y Jimmy Olsen descubren quiénes son y qué son capaces de lograr, mientras salvan la ciudad de las fuerzas que conspiran para destruirla.