Un hombre amnésico es rescatado por la tripulación de un barco pesquero italiano cuando flota a la deriva en el mar. No lleva nada consigo. Sólo las balas que lleva clavadas en la espalda y un número de cuenta de un banco suizo que lleva adherido a la cadera. Carece de identidad y de pasado, pero posee unas serie de talentos extraordinarios en artes lingüísticas, marciales y de autodefensa que sugieren una profesión de riesgo. Confuso y desorientado, emprende una frenética búsqueda para descubrir quién es y por qué su vida ha tomado un giro tan peligroso

Jason Bourne pensaba que había dejado atrás su pasado dos años antes. Durante ese tiempo, atormentado por un pasado que no consigue recordar, Bourne y Marie se trasladan de una ciudad a otra, viviendo de manera anónima y clandestina. Tratan de huir de una amenaza que creen percibir en la mirada de cualquier extraño, en cada llamada telefónica "equivocada". Cuando un agente aparece por la tranquila villa en la que se alojan, la pareja huye precipitadamente. Pero el juego del ratón y el gato ha vuelto a comenzar, obligando a entrar en acción a Bourne para enfrentarse a un grupo de implacables asesinos profesionales

El agente Aaron Cross (Jeremy Renner) es un producto del eficiente programa Outcome. Este programa diseña y entrena agentes cuya función consiste en actuar en solitario en misiones de alto riesgo. Sin embargo, en el momento en que la historia del agente Bourne está a punto de salir a la luz, los altos mandos de la agencia deciden tomar una solución drástica al respecto

Jason Bourne ha recuperado su memoria, pero eso no significa que el más letal agente de los cuerpos de élite de la CIA lo sepa todo. Han pasado doce años desde la última vez que Bourne estuviera operando en las sombras. ¿Qué ha ocurrido desde entonces? Todavía le quedan muchas preguntas por responder. En medio de un mundo convulso, azotado por la crisis económica y el colapso financiero, la guerra cibernética, y en el que varias organizaciones secretas luchan por el poder, Jason Bourne vuelve a surgir, de forma inesperada, en un momento en que el mundo se enfrenta a una inestabilidad sin precedentes. Desde un lugar oscuro y torturado, Bourne reanudará la búsqueda de respuestas sobre su pasado.