Mientras O'Neill y Carter van a Washington para ser condecorados por el Presidente y encontrar una filtración de seguridad, Jackson y Teal'c van a Abydos (después de desenterrar su Stargate) para ver al padre de Sha're. Llegan para decirle que no han tenido éxito en encontrar a Sha're, solo para descubrir que ella ya está en Abydos. Pero descubren que está embarazada de Apophis y que el bebé guarda los secretos de los Goa'uld.

Cuando Teal'c hace que Sam Carter se dé cuenta de lo valioso que es el conocimiento dejado por Tok'ra Jolinar en su cerebro y la oportunidad de una alianza, convencen al General Hammond de que permita a SG-1 intentar una reunión. Llegan a un planeta que está desierto en la superficie, pero son esperados por Tok'ra bien camuflados y armados que los llevan a túneles que crean mediante un misterioso cristal, que también puede deshacerlos después. Ambas partes son bastante sospechosas, el equipo se siente como prisionero, y de hecho, el líder Tok'ra Yosuuf teme que no puedan ser liberados, al menos hasta que todo el sitio sea trasladado. Mientras tanto, los Tau'ri apenas superan su sospecha contra la biología Tok'ra Goa'uld (con simbionte), cuando se les pide que se ofrezcan como "huéspedes", y Carter descubre que Martouf (y su simbionte, Lantash) era el amante de Jolinar, por lo tanto, tiene una conexión especial con ella.

El intento de forjar una alianza con los Tok'ra parece ser un fracaso miserable, ya que el SG-1 está prácticamente encarcelado como un riesgo de seguridad y se considera prácticamente hostil debido a la "fusión", ya que aceptar ser huéspedes de un simbionte es un paso demasiado lejos para cada uno de ellos. Cuando el SG-3 llega e informa a Sam sobre la condición cada vez peor de su padre, el General Jacob Carter, quien está gravemente enfermo, ella se da cuenta de que los poderes curativos del simbionte, confirmados para aplicarse al cáncer, hacen que la oferta de ser huésped sea demasiado buena para rechazarla. Garshaw permite que Sam y Jack regresen y convenzan a ambos generales de permitir el plan, lo cual se logra. Mientras tanto, los Tok'ra deben evacuar rápidamente, destruyendo los túneles a su paso, porque se espera un ataque a gran escala por parte de las tropas de Apophis, mientras Jacob conoce a su posible pareja simbiótica, Selmak, y a su predecesor terminal para ayudarlo a decidir. Jack verifica su fuerte sospecha de que hay un traidor entre los Tok'ra que está comunicándose con los Goa'uld.

Cuando se establece un agujero de gusano entrante en el SGC, se anula y se abre el iris. Aparece un niño joven y le dice al SGC que están en terrible peligro por parte de un grupo de terroristas. Pero estos terroristas son criaturas invisibles y están decididos a exterminar a todos los humanos para evitar que sean utilizados como huéspedes de los Goa'uld.

Sam's father hopes that SG-1 can help find and neutralize Seth, an Ancient Goa'uld who the Tok'Ra believe may still be hiding on Earth after thousands of years.

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

Ahora que Apophis se ha revelado, promete a los prisioneros derrocar a Sokar, lo cual requiere extraer un secreto de gran valor irresistible, para lo cual droga a Sam con el suero de la verdad "sangre de Sokar". Apophis también implanta un dispositivo de memoria en Jack y le administra la droga para torturarlo utilizando la personalidad de su hijo pequeño que murió, y a Daniel para obtener la ubicación de su hijo Harsesis. El amor de Martouf por Jolinar lo lleva a traicionar que los Tok'ra están en el planeta Entac, una mentira convincente, por lo que el plan de Apophis para ganarse la gratitud de Sokar y luego matarlo cuando sea recompensado con el señorío de Netu está en una base inestable. Teal'c debe ayudar al Tok'ra Aldwin a preparar una bomba nuclear para hacer explotar toda la luna cuando llegue su nave, como su última oportunidad para eliminar a Sokar, pero decide en cambio rescatar a SG-1 volando en el camino del dispositivo de anillos en la nave de Sokar cuando llegue.

Mientras prueban una nueva nave espacial hecha con piezas Goa'uld, el Coronel O'Neill y Teal'c quedan atrapados cuando una función de recuerdo automático oculta toma el control y la envía al espacio.

Teal'c está en su planeta natal, Chulak, donde hay una rebelión entre los guerreros Jaffa. Es traicionado como un shol'va sacrílego (traidor) por Rak'nor, hijo de un amigo Jaffa de su padre, y entregado a Terok, el torturador del señor del sistema Heru'ur. Ignorantes de su destino, los otros miembros de SG-1 se unen a Jacob en un intento arriesgado de apoderarse de una mina espacial utilizando una nave Tok'ra pilotada por Jacob. En ruta hacia la nave espacial de Apophis, la expedición descubre que Teal'c está siendo ofrecido como un regalo para generar confianza por parte de Heru'ur y así cementar una alianza con Apophis contra los otros señores del sistema, lo que haría que la amenaza de los Goa'uld sea más peligrosa que nunca. Deciden salvar a Teal'c, pero su intento falla. Sin embargo, la resistencia de Teal'c a la tortura y su clara convicción de que los Goa'uld no son dioses finalmente convencen a Rak'nor, quien ahora actúa valientemente.

SG-1 entrega su recientemente confiscada nave nodriza Goa'uld para ayudar a los Tok'ra a evacuar su planeta y lidiar con su espía Goa'uld desinformado en medio de ellos.

Atrapados en otra galaxia mientras huyen del ataque a la flota de Apophis, resulta ser solo el comienzo de los problemas de SG-1, ya que aparecen múltiples enemigos.

En un plan de los Tok'ra para eliminar a los Goa'uld, Daniel se infiltra como sirviente de Yu para liberar un veneno en una reunión de los señores del sistema. Mientras tanto, un ataque de los Goa'uld a la base de los Tok'ra deja al resto del equipo SG-1 ocupado.

Mientras continúa la cumbre de los Goa'uld, Daniel se encuentra cara a cara con Osiris. Lo engaña de la misma manera que lo hizo con Yu, pero no puede causar la muerte de Sarah, la huésped de Osiris. Permanece para descubrir información sobre el maestro desconocido de Osiris. Lantash, habiendo tomado al teniente Elliot como huésped, guía al resto del SG-1 para escapar de la base caída de los Tok'ra.

A medida que Jackson sufre de una dosis fatal de radiación, lucha con el valor de su vida mientras sus amigos lidian con las repercusiones emocionales y diplomáticas.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

The US and Russia reveal Stargate Command and its operations to representatives of the other permanent members of the United Nations Security Council.

Teal'c está teniendo extrañas pesadillas en las que Apophis aparece y él es humano, un bombero junto con su equipo.

Un chico adolescente se presenta en el SGC afirmando ser Jack O'Neill. Recuerda un sueño en el que un Asgard lo estaba estudiando. Determinan que deben encontrar a este Asgard para arreglar lo que le han hecho a Jack.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.

Los Tau'ri y Tok'ra han utilizado a su super soldado capturado para determinar su planeta de origen. Con Daniel, el Dr. Lee y el dispositivo antiguo que encontraron en manos de secuestradores hondureños, el SGC debe encontrar una forma de rescatarlos si quieren tener alguna oportunidad de derrotar a los nuevos super soldados que han encontrado.

During an engine cool down break from hyperspace travel the crew of the Prometheus, with Major Carter as an advisor, encounter a space craft of unknown configuration. They hail the ship to no avail; the unknown craft opens fire upon the Prometheus. Carter attempts to override the safety protocols on the hyperdrive to make a short jump into a gas cloud, but in the attempt is knocked unconscious. She awakes to find the ship devoid of all its crew and, as she tries to escape the gas cloud by herself, she begins to hallucinate.

En el nuevo sitio Alpha, Sam Carter y Selmak (el simbionte que lleva Jacob Carter, su padre) están trabajando en un nuevo arma para derrotar a los superdrones de Anubis cuando el planeta es atacado por una flota de naves Goa'uld. Carter escapa con el prototipo del arma antes de que se active la autodestrucción de la base, pero se encuentra siendo perseguida por un superdrone.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

Daniel se encuentra en un tiempo y lugar extraños: un restaurante donde Oma trabaja como camarera. Ella le ofrece una elección clara: puede elegir morir o ascender, pero si elige lo segundo, no podrá ayudar a sus amigos a luchar contra Anubis, quien aún no ha sido eliminado. Entabla una conversación con otro cliente, Jim, quien tiene su propia opinión sobre la situación. Mientras tanto, Sam decide que ha llegado el momento de que su prometido conozca a su padre, Jacob. Sin embargo, Jacob no está bien, algo que ha ocultado a Sam durante varias semanas. Después de que Pete la sorprende -él cree haber encontrado la casa perfecta para ambos- Sam se da cuenta de que debe enfrentar sus sentimientos hacia otra persona. Teal'c y el Maestro Bra'tac tienen información de que Anubis podría estar reuniendo lo que queda de sus fuerzas para atacar Dakara.

El intento de forjar una alianza con los Tok'ra parece ser un fracaso miserable, ya que el SG-1 está prácticamente encarcelado como un riesgo de seguridad y se considera prácticamente hostil debido a la "fusión", ya que aceptar ser huéspedes de un simbionte es un paso demasiado lejos para cada uno de ellos. Cuando el SG-3 llega e informa a Sam sobre la condición cada vez peor de su padre, el General Jacob Carter, quien está gravemente enfermo, ella se da cuenta de que los poderes curativos del simbionte, confirmados para aplicarse al cáncer, hacen que la oferta de ser huésped sea demasiado buena para rechazarla. Garshaw permite que Sam y Jack regresen y convenzan a ambos generales de permitir el plan, lo cual se logra. Mientras tanto, los Tok'ra deben evacuar rápidamente, destruyendo los túneles a su paso, porque se espera un ataque a gran escala por parte de las tropas de Apophis, mientras Jacob conoce a su posible pareja simbiótica, Selmak, y a su predecesor terminal para ayudarlo a decidir. Jack verifica su fuerte sospecha de que hay un traidor entre los Tok'ra que está comunicándose con los Goa'uld.

Atrapados en otra galaxia mientras huyen del ataque a la flota de Apophis, resulta ser solo el comienzo de los problemas de SG-1, ya que aparecen múltiples enemigos.

Daniel se encuentra en un tiempo y lugar extraños: un restaurante donde Oma trabaja como camarera. Ella le ofrece una elección clara: puede elegir morir o ascender, pero si elige lo segundo, no podrá ayudar a sus amigos a luchar contra Anubis, quien aún no ha sido eliminado. Entabla una conversación con otro cliente, Jim, quien tiene su propia opinión sobre la situación. Mientras tanto, Sam decide que ha llegado el momento de que su prometido conozca a su padre, Jacob. Sin embargo, Jacob no está bien, algo que ha ocultado a Sam durante varias semanas. Después de que Pete la sorprende -él cree haber encontrado la casa perfecta para ambos- Sam se da cuenta de que debe enfrentar sus sentimientos hacia otra persona. Teal'c y el Maestro Bra'tac tienen información de que Anubis podría estar reuniendo lo que queda de sus fuerzas para atacar Dakara.

Cuando se establece un agujero de gusano entrante en el SGC, se anula y se abre el iris. Aparece un niño joven y le dice al SGC que están en terrible peligro por parte de un grupo de terroristas. Pero estos terroristas son criaturas invisibles y están decididos a exterminar a todos los humanos para evitar que sean utilizados como huéspedes de los Goa'uld.

Sam's father hopes that SG-1 can help find and neutralize Seth, an Ancient Goa'uld who the Tok'Ra believe may still be hiding on Earth after thousands of years.

En el nuevo sitio Alpha, Sam Carter y Selmak (el simbionte que lleva Jacob Carter, su padre) están trabajando en un nuevo arma para derrotar a los superdrones de Anubis cuando el planeta es atacado por una flota de naves Goa'uld. Carter escapa con el prototipo del arma antes de que se active la autodestrucción de la base, pero se encuentra siendo perseguida por un superdrone.

Mientras prueban una nueva nave espacial hecha con piezas Goa'uld, el Coronel O'Neill y Teal'c quedan atrapados cuando una función de recuerdo automático oculta toma el control y la envía al espacio.

SG-1 entrega su recientemente confiscada nave nodriza Goa'uld para ayudar a los Tok'ra a evacuar su planeta y lidiar con su espía Goa'uld desinformado en medio de ellos.

Teal'c está en su planeta natal, Chulak, donde hay una rebelión entre los guerreros Jaffa. Es traicionado como un shol'va sacrílego (traidor) por Rak'nor, hijo de un amigo Jaffa de su padre, y entregado a Terok, el torturador del señor del sistema Heru'ur. Ignorantes de su destino, los otros miembros de SG-1 se unen a Jacob en un intento arriesgado de apoderarse de una mina espacial utilizando una nave Tok'ra pilotada por Jacob. En ruta hacia la nave espacial de Apophis, la expedición descubre que Teal'c está siendo ofrecido como un regalo para generar confianza por parte de Heru'ur y así cementar una alianza con Apophis contra los otros señores del sistema, lo que haría que la amenaza de los Goa'uld sea más peligrosa que nunca. Deciden salvar a Teal'c, pero su intento falla. Sin embargo, la resistencia de Teal'c a la tortura y su clara convicción de que los Goa'uld no son dioses finalmente convencen a Rak'nor, quien ahora actúa valientemente.

Bra'tac y Teal'c se encuentran con un enemigo fuertemente armado con un escudo que lo protege de las armas Goa'uld y que ha eliminado a dos guardias personales Goa'uld. A duras penas logran derrotarlo y lo llevan de vuelta al SGC para su estudio, pero esta nueva amenaza plantea un problema mayor para los Tau'ri.