Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

La abuela de Weevil es detenida acusada de fraude con tarjeta de crédito. Veronica y Wallace se disponen a averiguar la verdad y a limpiar el nombre de la abuela. Mientras tanto, después de la clase de periodismo de la señorita Dent, Veronica se muestra intrigada por la atención que le muestra otro estudiante, Troy Vandegraff, amigo de Duncan. Por otro lado, Veronica descubre que a Lilly le pusieron una multa el día que murió, dos horas después de la supuesta hora de la muerte.

Verónica trata de ayudar a un compañero de instituto a encontrar a su padre desaparecido pero encuentra el caso más complicado de lo que se esperaba. Mientras tanto Keith se reune con la consejera del intituto para hablar sobre los sentimientos y el estado de Verónica a raíz del asesinato de Lilly.

Para intentar ayudar a Wallace a ganar puntos con la chica que le gusta, Verónica ayuda a esta rastreando un fraude a través de internet del que ha sido víctima. Mientras tanto Logan accede a realizar un vídeo sobre Lilly para conmemorar el primer aniversario de su muerte y Troy cada vez intima más con Verónica.

Después de una noche de juerga en Tijuana Luke, Logan y Troy se ven en una situación comprometida cuando les roban el coche y tienen que llamar a Verónica para pedirla ayuda. Esto hará que la relación con uno de sus amigos cambie. Mientras Keith y Rebeca empiezan a salir juntos en contra de los deseos de Verónica, y Verónica hará un descubrimiento sobrecogedor acerca de su madre.

Aumenta la tensión entre los 09 y los PCH debido a las elecciones escolares. Veronica apoya a Wanda, una estudiante del grupo de no ricos del insituto de Neptune. Pero las elecciones parecen amañadas cuando sale vencedor Duncan Kane, exnovio de Veronica y hermano de la fallecida Lilly Kane. Por otro lado Logan se ve enfrentado a su padre debido a su mala conducta.

La vecina de arriba de Verónica mantiene lo que aparentemente parece ser una inestable relación son su novio del que Verónica empieza a sospechar cuando su embarazada vecina desaparece misteriosamente. Keith ayudará a su hija investigando este caso. Mientras tanto Logan y Weevilson castigados y empiezan a descubrir que tienen algunas cosas en común que ni se podía imaginar. Investigando el asesinato de Lilly, Verónica descubrirá una vieja relación entre su madre y Jake Kane.

Un test de pureza enviado a los alumnos del Instituto Neptune lleva a muchos de estos a ser avergonzados y humillados. Para solucionar esta situación y averiguar quién es el responsable de esto, Veronica requerirá la ayuda de Mac, una compañera experta en informática. Al mismo tiempo Keith ayuda a la madre de Wallace con un inquilino molesto.

En contra de los deseos de su padre, Verónica se infiltra en lo que ella sospecha que es una especie de secta para rescatar a sus compañeros de clase. Pero, una vez dentro de la granja, comienza a tener dudas de sus intenciones reales. Mientras, sus investigaciones sobre Abel Koontz siguen adelante.

Una partida de póker en Logan tiene un extraño final cuando las ganacias de Weevil desaparecen Verónica tendrá que descubrir lo que ocurrió. Mientras, Keith ayuda a Lynn Echolls a descubrir quién está enviando mensajes a su marido.

Después de montar un buen negocio ayudando a sus compañeros de clase a desvelar trapos sucios de sus padres, Veronica desvela un enorme secreto acerca de su amiga Mac lo que hace que se cuestione si es mejor que cierta información sea desconocida. Mientras tanto, Keith debe formar equipo con el sheriff Lamb para seguir la pista a un asesino en serie.

Veronica se vuelve el objetivo de una sociedad secreta del Instituto Neptune que comienza a ponerla en apuros. Mientras tanto, Veronica recaba nueva informacion acerca del asesinato de Lilly al escuchar conversaciones privadas y Aaron Echols comienza a interesarse sobre la vida de su mujer.

Un productor de hip hop contrata a Keith para que encuentre a su hija que acaba de desaparecer quien, casualmente, era amiga de Lily. Por su parte, Logan no acaba de creerse la muerte de su madre y decide tomar cartas en el asunto y pasar a la acción.

Una alumna del instituto acusa a un profesor de abuso sexual. Los padres de la chica contratan a Keith para demostrarlo y mientras, Veronica, se propone ayudar al profesor a encontrar las pruebas que lo liberen de la acusación. Además, sigue ayudando a Logan en la búsqueda de su madre.

Una chica rusa contrata a Investigaciones Mars para que le ayude a buscar a su prometido desaparecido. Además, Veronica ayudara a Mac a encontrar a su admirador secreto. Logan, con ayuda de Verónica, decide rastrear las tarjetas de credito de su madre para tratar de seguirle la pista.

El director del instituto pide ayuda a Veronica para que le ayude a buscar la mascota del equipo de baloncesto del instituto. Mientras Verónica sigue investigando el caso de Lilly y los secretos de su madre

Una chica del instituto está haciendo lo posible para despistar a Verónica para que no consiga la beca de los Kane. Mientras ésta lo evita, investigará mas sobre la implicación de abel Kuntz en el asesinato de Lily.

Veronica decide investigar el extraño hecho de que se hayan producido tres simulacros de incendio en una semana, lo que se suma a la aparición de un nuevo alumno muy sospechoso. Además, Wallace y Veronica se enteran de que sus padres están saliendo.

El perro de una compañera de clase ha desaparecido y Verónica decide investigarlo. Por su parte, Logan tendrá dificultades en casa con el nuevo novio de su hermana.

Un chico está chantajeando a una su novia para que corte con ella, amenazándola de colgar un vídeo en Internet que grabó cuando estaba borracha. Veronica busca la forma de ayudarla. Mientras, Keith trata de seguir tras la pista de Duncan.

Verónica trata de atar cabos con los datos que va consiguiendo de la noche en que la drogaron y violaron. El padre de Logan trata de acercarse a su hijo, pero Logan no parece muy dispuesto.

A punto de resolver finalmente el caso del asesinato de Lilly Kane, Veronica debe traicionar a Logan después de que Beaver, que estuvo junto a Logan y Dick en Méjico el día de la muerte de Lilly, le haga una importante confesión sobre qué hizo con Logan aquél día. Por otra parte, Keith visita a un amigo de un periódico para que publique un artículo sobre la inocencia de Abel Koontz. Cheyenne, la prostituta con la que Abel estuvo a la hora de la muerte de Lilly, finalmente acepta ayudar a Keith en el caso. El artículo es publicado al día siguiente. Al ver este artículo, Duncan exige a sus padres que le digan qué es lo que pasó realmente aquel fatídico día en el que murió su hermana. Mientras tanto, Keith recibe los resultados de las pruebas del test de paternidad que hizo días atrás. Los Kane organizan la recepción del gobernador en su casa. Veronica se debe camuflar para entrar en casa de los Kane y buscar las pruebas en las que debería encontrar la solución al caso. Con la ayuda de Duncan, encuentran unas cintas de vídeo muy importantes. En un final apasionante, en el que la vida de Veronica corre peligro, se descubre la identidad del verdadero asesino de Lilly y se da por finalizado el caso Lilly Kane.

Después de conocer realmente quién fue el asesino de su amiga Lilly, Veronica está trabajando en un restaurante, donde recibe la visita de un compañero de clase, Kevin, que le pide ayuda. Ha dado positivo en el control antidopaje a pesar de estar limpio desde hace 10 meses. Ella declina ayudarle, ya que ya no se dedica a resolver casos. Todo cambia cuando Wallace tampoco pasa el test: Veronica se mete de nuevo en el mundo de la investigación. La ciudad de Neptune está revolucionada por un nuevo suceso acaecido al principio del verano. Por otra parte, la nueva profesora de periodismo organiza una visita a un estadio de béisbol. Los alumnos, que van en autobús hasta el lugar, conocen al candidato a alcalde, Woody Goodman, y a su hija, Gia. Keith asiste a un programa de televisión donde habla de un libro que ha escrito junto a un periodista: “Gran asesinato, pequeña ciudad”. Además, Logan pasa el día en cada de los Casablancas junto a sus amigos, Dick y Cassidy, y la joven madrastra de estos, Kendall.

Sorprendentemente, una persona ha sobrevivido al accidente de autobús. Veronica tiene sentimientos encontrados, ya que se siente culpable de que Meg se encuentre en coma, pero alegría por seguir viva. El sheriff Lamb investiga el caso del accidente de autobús. Su principal vía de investigación es el conductor del autobús, Ed Doyle, un hombre casado y con 2 hijos. Resulta que Ed no tomaba la medicación que tenía recetada y podría ser un suicidio. Jessie, la hija de Doyle, va en busca de Veronica para que la ayude y demuestre que su padre no se suicidó, ya que, si es así, la aseguradora no les dará el dinero que deberían recibir. Por otra parte, una alumna nueva, Jackie, llega a la clase de Wallace, que queda totalmente prendado. Se presenta voluntario para acompañarla a secretaría y así poder acercarse a ella. Más tarde, alguien ha chocado con el Porsche del padre de Jackie y le ha dejado una nota en la que se mofa. Wallace se ocupa de buscar a la persona culpable. Además, Woody Goodman, el candidato a alcalde de Neptune, le pide a Keith que se presente a las elecciones para sheriff.

Beaver pide a Verónica que le ayude a investigar a su madrastra, Kendall, ya que piensa que está engañando a su padre. Pero esta ibvestigación desvelará secretos que nadie imaginaba. Por su lado, Wallace comienza a salir con la nueva alumna, aunque sabe que a Verónica no le hace mucha gracia.

Verónica, mientras trabaja en un caso de faldas, continúa sus invstigaciones del bus. Preocupada por Meg, va a visitarla al hospital, donde se lleva una sorpresa. Mientras, Keith investiga quién está vigilando la casa de los Fennell.

Verónica ayuda a Jackie a buscar su tarjeta de crédito robada, a pesar de las diferencias entre ellas. Wallace, por su parte, descubrirá algo que no sabía sobre su familia.

Un señor muy mayor contrata a Verónica para encontrar a su hija antes de que sea tarde. Además, Logan será detenido al aparecer un nuevo testigo en el caso del suceso del puente.

Duncan habla con Verónica para que entre ambos pueden ayudar a uno de los niños de los que Meg hacía de canguro que es maltratado psicológicamente por sus padres. Mientras tanto Dick, Beaver y Kendall se reunen para ver lo que Big Dick les ha dejado.

Veronica ayuda a Keith quien está persiguiendo a los padres de las victimas del autobus, que intentan acusar al colegio por negligencia. Mientras, Veronica se inmiscuye en una situación difícil en un local Irlandés, en su empeño de audar a logan con sus cargos de asesinato. Además, el liderazgo de weevel en su grupo de moteros quedará en entredicho

Veronica encuentra el anuario de su instituto, donde ve a su madre y se plantea si la conocía tan bien como se pensaba e investiga buscando a viejos amigos de su madre. Mientras, la hermana de Logan, Trina, hace de directora de la función de teatro del instituto y tiene algún que otro percance con Kendall.

El día de Veronica va de mal empeor cuando debe hacer de jurado en un caso dónde hay dos 09ers implicados y una mujer hispana, pero descubre que Neptune está más dividido de lo que ella creía. Mientras tanto, Keith ayuda a Lamb a localizar las cintas sexuales perdidas, una prueba básica en el juicio de Aaron Echolls.

Duncan desaparece con el bebé de Meg. Lamb debe cooperar con dos agentes del FBI que tratan de sacar información a Veronica. Wallace confiesa la razón real por la que ha vuelto a Neptune..

Wallace espera haberse librado de su problema en Chicago cuando el Tío de Rashard le acusa en la prensa de atropello y fuga. Mientras, Weevel pone un micrófono en el confesionario de una iglesia para intentar desvelar al traidor de su banda.

El dinero recaudado en el carnaval de invierno del insituto desaparecen y Veronica investiga el caso, desmintiendo los rumores que culpan a Jackie. Mientras, Keith se ve con Terrence Cook ya que le han acusado de tener algo que ver en el accidente del autobús. Logan inicia una nueva relación mientras Beaver continúa con una antigua.

Veronica investiga el hackeo de la web de los estudiantes gays del instituto, quienes son chantajeados. pero encuentra dificultades ya que las victimas quieren permanecer anónimas. Mientras, Hana descubre las intenciones reales de Logan y Keith cree que ha encontrado una cuartada para Terrence.

Jane, la nueva novia de Wallace, pide ayuda a Verónica para buscar a su hermana mayor, quien ha desaparecido misteriosamente después de su fiesta de despedida de soltera. Mientras, Logan encuentra mas dificultades para vivir en Neptune cuando una revista publica la historia de su padre. Beaver y Kendall siguen con su mano a mano con referente a la compañía que está creando el primero.

Veronica va de visita a la universidad de Hearts con Wallace, donde se encuentra a su ex-novio Troy, quien le pide ayuda al ser acusado por las violaciones Mientras, Keith ayuda a Cliff con un problema con una prostituta y Logan toma una decisión en cuanto a su relación con Hanah.

Weevel pide ayuda a verónica para saber la verdad sobre el asesinato de Felix, pero se da cuenta de que hay cosas de las que tiene que encargarse el mismo. Keith revisa un DVD que Woody recibe por e-mail. Las relaciones entre Wallace y Jane y Beaver y Mac no van bien.

Veronica tiene sueños con el autobus y los estudiantes muertos del accidente, que la proporcionan muchas pistas sobre lo que pasó. Mientras, Logan y wallace son compañeros de laboratorio contra su voluntad. Keith ayuda al director del instituto en un problema con un profesor.

Lo que debía ser un caso simple de averiguar cómo un paria social pasa a ser la revelación estrella del campus cuando salen a la luz nueves secretos el accidente de autobús, y Veronica vuelve a investigar el asesinato de Lilly. Mientrastanto, Wallace y Jackie intentar recuperar su buena relación y el PCHers acude a Weevil para que le proteja de los Fitzpatricks.

Veronica ayuda a Gia a descubrir quien la está acosando pero todo se complica cuando Keith es contratado por un escandalo en el que se ve envuelto el padre de Gia. Logan organiza una fiesta de promoción alternativa cuando la oficial se cancela. Wallace y Jackie solidifacan su nueva relación.

Veronica asiste al juicio de Aaron Echols por el asesinato de Lilly, distrayendose de sus exámenes finales al esperar el veredicto. Esto la separa de su meta de conseguir la beca de los Kane para Standford. Keith consigue una nueva prueba a cerca del alcalde y Weevel pide ayuda a Mac y Cassidy con su examen de algebra.

Después de su absolución por el asesinato de Lilly Kane, Aaron sale a la calle, cosa que decepciona a Veronica. Keith le dice que tienen que seguir adelante, ya que seguro que Aaron recibirá su merecido. Al llegar a la oficina, Veronica lee que el padre de Meg ofrece dinero por la captura de Woody Goodman. Keith recibe la llamada de Vinnie Van Lowe, que le ofrece trabajar juntos en la búsqueda de Woody. Vinnie posee información valiosa que puede ayudar a Veronica y a Keith a encontrar a Woody. Entre esa información, Veronica encuentra ciertos datos que le ayudan a resolver ciertas cuestiones de su pasado. Por otra parte, el día de la graduación llega y Keith está exultante. En la ceremonia, Veronica se lleva una gran sorpresa. Además, Veronica sueña con cómo sería su vida si Lilly no hubiera sido asesinada. Mientras tanto, Veronica encuentra la pista definitiva que revela el culpable del accidente de autobús. Nuevamente, la vida de Veronica vuelve a correr peligro.

Duncan desaparece con el bebé de Meg. Lamb debe cooperar con dos agentes del FBI que tratan de sacar información a Veronica. Wallace confiesa la razón real por la que ha vuelto a Neptune..

Aumenta la tensión entre los 09 y los PCH debido a las elecciones escolares. Veronica apoya a Wanda, una estudiante del grupo de no ricos del insituto de Neptune. Pero las elecciones parecen amañadas cuando sale vencedor Duncan Kane, exnovio de Veronica y hermano de la fallecida Lilly Kane. Por otro lado Logan se ve enfrentado a su padre debido a su mala conducta.

Verónica trata de ayudar a un compañero de instituto a encontrar a su padre desaparecido pero encuentra el caso más complicado de lo que se esperaba. Mientras tanto Keith se reune con la consejera del intituto para hablar sobre los sentimientos y el estado de Verónica a raíz del asesinato de Lilly.

Después de conocer realmente quién fue el asesino de su amiga Lilly, Veronica está trabajando en un restaurante, donde recibe la visita de un compañero de clase, Kevin, que le pide ayuda. Ha dado positivo en el control antidopaje a pesar de estar limpio desde hace 10 meses. Ella declina ayudarle, ya que ya no se dedica a resolver casos. Todo cambia cuando Wallace tampoco pasa el test: Veronica se mete de nuevo en el mundo de la investigación. La ciudad de Neptune está revolucionada por un nuevo suceso acaecido al principio del verano. Por otra parte, la nueva profesora de periodismo organiza una visita a un estadio de béisbol. Los alumnos, que van en autobús hasta el lugar, conocen al candidato a alcalde, Woody Goodman, y a su hija, Gia. Keith asiste a un programa de televisión donde habla de un libro que ha escrito junto a un periodista: “Gran asesinato, pequeña ciudad”. Además, Logan pasa el día en cada de los Casablancas junto a sus amigos, Dick y Cassidy, y la joven madrastra de estos, Kendall.

Veronica se vuelve el objetivo de una sociedad secreta del Instituto Neptune que comienza a ponerla en apuros. Mientras tanto, Veronica recaba nueva informacion acerca del asesinato de Lilly al escuchar conversaciones privadas y Aaron Echols comienza a interesarse sobre la vida de su mujer.

Verónica trata de atar cabos con los datos que va consiguiendo de la noche en que la drogaron y violaron. El padre de Logan trata de acercarse a su hijo, pero Logan no parece muy dispuesto.

Duncan habla con Verónica para que entre ambos pueden ayudar a uno de los niños de los que Meg hacía de canguro que es maltratado psicológicamente por sus padres. Mientras tanto Dick, Beaver y Kendall se reunen para ver lo que Big Dick les ha dejado.

Verónica ayuda a Jackie a buscar su tarjeta de crédito robada, a pesar de las diferencias entre ellas. Wallace, por su parte, descubrirá algo que no sabía sobre su familia.

Verónica, mientras trabaja en un caso de faldas, continúa sus invstigaciones del bus. Preocupada por Meg, va a visitarla al hospital, donde se lleva una sorpresa. Mientras, Keith investiga quién está vigilando la casa de los Fennell.

Sorprendentemente, una persona ha sobrevivido al accidente de autobús. Veronica tiene sentimientos encontrados, ya que se siente culpable de que Meg se encuentre en coma, pero alegría por seguir viva. El sheriff Lamb investiga el caso del accidente de autobús. Su principal vía de investigación es el conductor del autobús, Ed Doyle, un hombre casado y con 2 hijos. Resulta que Ed no tomaba la medicación que tenía recetada y podría ser un suicidio. Jessie, la hija de Doyle, va en busca de Veronica para que la ayude y demuestre que su padre no se suicidó, ya que, si es así, la aseguradora no les dará el dinero que deberían recibir. Por otra parte, una alumna nueva, Jackie, llega a la clase de Wallace, que queda totalmente prendado. Se presenta voluntario para acompañarla a secretaría y así poder acercarse a ella. Más tarde, alguien ha chocado con el Porsche del padre de Jackie y le ha dejado una nota en la que se mofa. Wallace se ocupa de buscar a la persona culpable. Además, Woody Goodman, el candidato a alcalde de Neptune, le pide a Keith que se presente a las elecciones para sheriff.