El equipo está en Dagan, donde deben encontrar piedras clave para recuperar un ZPM. Zelenka descubre que Atlantis tiene un escáner espacial profundo.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Después de un intento de recuperar a McKay y la teniente Laura Cadman de los bancos de memoria de un dardo Wraith, Cadman queda atrapada en la mente de McKay.

The team discovers a planet where the Stargate is kept on a prison island to keep the Wraith satisfied. Their magistrate is willing to trade a rare mineral.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

John Sheppard es secuestrado por los Genii y está en compañía de un Wraith.

Cuando se corta la energía y la mayoría de los habitantes son excluidos de los controles clave, es evidente que Atlantis ha sido tomada por un grupo extraterrestre, pronto identificado como Michael y sus híbridos. Él está tras el hijo recién nacido de Teyla, quien es clave en su búsqueda por obtener el control de la galaxia Pegasus. Mientras Sheppard y McKay intentan conseguir un jumper para lanzar un ataque, Ronon y otros que fueron tomados prisioneros por Michael durante su invasión inicial lanzan represalias por su cuenta. Cuando Teyla logra escapar y ocultarse, Michael le da una elección sencilla: entregarse ella y su hijo a él o él usará el mecanismo de autodestrucción de la ciudad para matar a todos.