El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

Después de un intento de recuperar a McKay y la teniente Laura Cadman de los bancos de memoria de un dardo Wraith, Cadman queda atrapada en la mente de McKay.

The team discovers a planet where the Stargate is kept on a prison island to keep the Wraith satisfied. Their magistrate is willing to trade a rare mineral.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

El equipo es capturado por Ford y se ven obligados a tomar la enzima Wraith. Ford tiene un plan.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

The team discovers two life pods with a dying woman and man in it. Upon opening Weir gets imprinted with the mind of the woman. She asks a special favor.

Mientras Teyla y Ronon investigan la misteriosa muerte del Mayor Lorne, el genio Ladon Radim contacta con Atlantis. Él quiere intercambiar un ZPM por suministros de armas.

Atrapado en la trampa de los Wraith, McKay inicialmente se resigna a ser capturado fatalmente en un capullo, pero Ronon sigue luchando para intentar escapar, o al menos llevarse a algunos Wraith con ellos. Sheppard logra esconder su deslizador en la misma nave colmena, buscando una salida, sorprendido al establecer contacto por radio con Michael, quien busca venganza después de que la ingrata reina lo tiene parcialmente restringido como sospechoso de ser "demasiado humano". Mientras intentan sabotear la colmena y tal vez escapar, la Daedalus y la Orion llegan justo a tiempo para enfrentarse a las dos naves colmena antes de que puedan atacar la Tierra. Weir es convocada al SGC para un interrogatorio sin sentido por parte del Consejo de Supervisión Internacional, encontrándolos como burócratas incapaces de arriesgarse a tomar una decisión más allá de cuestionar lo que ya se hizo. Así que ella regresa, sin importarle el riesgo para su carrera en comparación con un exterminio de los Wraith. Sheppard logra llegar a la Daedalus y su grupo elabora un plan audaz para vencer a la colmena con el retrovirus militarizado, a pesar de los daños sufridos que comprometen incluso sus sistemas de soporte vital.

Cuando Rodney usa un dispositivo Antiguo, obtiene poderes especiales, pero pronto la Dra. Weir descubre que es un regalo de doble filo: si no asciende, morirá.

El equipo de Atlantis encuentra un programa en la base de datos de Atlantis que lleva a McKay y Sheppard a un juego al estilo de Sims que podría destruir dos civilizaciones en la Galaxia Pegaso.

The team boards a crippled space station to discover people have been preserved there with the hope to outlive their enemy, the Wraith.

Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

Después de descubrir que los Asurianos están construyendo una flota de naves, la Tierra envía su nave más nueva, el Apolo, bajo el mando del Coronel Abe Ellis, para iniciar un ataque preventivo y detenerlos antes de que ataquen a Atlantis o, aún peor, a la Tierra misma.

While exploring a new planet, Sheppard started to watch a strange crystal. He doesn't know why, but he had to touch it. Back on Atlantis, everybody but him started to have some bad nightmares.

Sheppard es secuestrado por un grupo de personas que viven en una flota de naves espaciales. Le estaban diciendo que vivían en estas naves desde hace mucho tiempo, debido a la guerra con los Wraith. Fue obligado a ayudarles a hacer volar una nave de los Antiguos. Sheppard los engañó y voló con la nave, junto con 3 de los secuestradores.

Rodney McKay despierta en su laboratorio, atado a una silla y sin memoria de quién o dónde está. Aparentemente, él mismo dejó un mensaje de video diciéndole que buscara a Teyla. El problema comenzó unas 14 horas antes cuando la Dra. Katie Brown regresó a Atlantis con plantas de un planeta que había visitado. Las plantas habían pasado por el procedimiento normal de cuarentena, pero pronto ella se ve afectada por fuertes dolores de cabeza y pérdida de memoria, llegando finalmente a caer en coma. La pérdida de memoria comienza a afectar a otros miembros de la tripulación, pero pronto se vuelven desconfiados unos de otros, sacando conclusiones basadas en suposiciones erróneas y una interpretación incorrecta de la situación. Afortunadamente, hay dos miembros del equipo que parecen ser inmunes.

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

Una transmisión desde el espacio lleva al equipo al descubrimiento de un lugar de reproducción para soldados Wraith.

The entire city locks down for a false quarantine, leaving people stranded with a decreasing amount of oxygen, while Rodney is unable to reach a computer.

Una especie de plaga se está propagando por la galaxia Pegasus y la Dra. Keller estima que cientos de miles morirán si no encuentran la manera de detenerla. Sin embargo, su investigación muestra que el origen de la enfermedad está en los Hoff, quienes habían estado trabajando en una forma de matar a los Wraith. Sheppard y los demás creen saber quién podría estar propagando el virus y por qué. Mientras tanto, Teyla cree que está recibiendo mensajes de Kanaan, el padre de su hijo. Recibe sus mensajes mientras duerme y la mayoría piensa que solo está soñando. Sigue las pistas que él le da, pero es capturada por un viejo enemigo que tiene planes muy específicos para ella. En su búsqueda de Teyla, sin embargo, Sheppard y McKay encuentran a alguien completamente inesperado.

Después de otra búsqueda infructuosa de la desaparecida Teyla, Sheppard regresa a Atlantis solo para encontrarla desierta. Peor aún, la ciudad no solo está anormalmente caliente, ¡sino que todo el océano se ha secado por completo, dejando un desierto de arena! Sheppard luego encuentra un holograma del envejecido Dr. McKay, quien le dice que una llamarada solar lo había enviado 48.000 años al futuro. Una vez que se entera de la desaparición de Atlantis y de todos los que estaban en ella, y peor aún, de que el sol en el sistema solar está muriendo y él no sobrevivirá allí por mucho más tiempo, él y el holograma de McKay deben encontrar una forma de enviar a Sheppard a casa y potencialmente cambiar todo esto.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

Ronon is abducted by a Wraith who tries to brainwash him.

Se encuentra una nave Daedalus vacía orbitando el planeta. El equipo va a investigar y son transportados a un universo alternativo.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

Cuando se corta la energía y la mayoría de los habitantes son excluidos de los controles clave, es evidente que Atlantis ha sido tomada por un grupo extraterrestre, pronto identificado como Michael y sus híbridos. Él está tras el hijo recién nacido de Teyla, quien es clave en su búsqueda por obtener el control de la galaxia Pegasus. Mientras Sheppard y McKay intentan conseguir un jumper para lanzar un ataque, Ronon y otros que fueron tomados prisioneros por Michael durante su invasión inicial lanzan represalias por su cuenta. Cuando Teyla logra escapar y ocultarse, Michael le da una elección sencilla: entregarse ella y su hijo a él o él usará el mecanismo de autodestrucción de la ciudad para matar a todos.

Una nave de combate Wraith llega a Atlantis y se muestra extrañamente poco comunicativa.

Una nave colmena con turbocarga y un PMZ ha recibido el mensaje de los Wraith de un universo alternativo que contiene la ubicación de la Tierra. La nave se dirige ahora hacia la Tierra.

Una transmisión desde el espacio lleva al equipo al descubrimiento de un lugar de reproducción para soldados Wraith.

El equipo de Atlantis encuentra un programa en la base de datos de Atlantis que lleva a McKay y Sheppard a un juego al estilo de Sims que podría destruir dos civilizaciones en la Galaxia Pegaso.

El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

Rodney McKay despierta en su laboratorio, atado a una silla y sin memoria de quién o dónde está. Aparentemente, él mismo dejó un mensaje de video diciéndole que buscara a Teyla. El problema comenzó unas 14 horas antes cuando la Dra. Katie Brown regresó a Atlantis con plantas de un planeta que había visitado. Las plantas habían pasado por el procedimiento normal de cuarentena, pero pronto ella se ve afectada por fuertes dolores de cabeza y pérdida de memoria, llegando finalmente a caer en coma. La pérdida de memoria comienza a afectar a otros miembros de la tripulación, pero pronto se vuelven desconfiados unos de otros, sacando conclusiones basadas en suposiciones erróneas y una interpretación incorrecta de la situación. Afortunadamente, hay dos miembros del equipo que parecen ser inmunes.

Una nave de combate Wraith llega a Atlantis y se muestra extrañamente poco comunicativa.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

Se encuentra una nave Daedalus vacía orbitando el planeta. El equipo va a investigar y son transportados a un universo alternativo.