Después de que Martha accidentalmente atropelle a un muchacho con su coche, los Kent lo cuidan hasta que puedan ubicar a sus padres, sin sospechar que el muchacho puede leer las mentes y ha descubierto los pensamientos secretos de Lex , Lana, Jonathan y Martha, lo que pone al secreto de Clark en peligro. Mientras tanto, Lex debe decidir si quiere tomar la oferta de trabajo de su padre para mudarse de nuevo a Metropolis.

Después de salvar a Lana del tornado, Clark descubre que su padre y la nave espacial han desaparecido. Jonathan está enterrado vivo en una cueva junto con el periodista, que ha averiguado la verdadera identidad de Clark. Chloe decide ser únicamente amiga de Clark. Mientras tanto, Lex le salva la vida a su padre, aunque las heridas le dejan ciego.

Clark ha empezado a salir con Lana. Helen Bryce cancela su boda con Lex, pero después se da cuenta de que le quiere y se casan. Jonathan y Martha están entusiasmados al saber que Martha está embarazada. La memoria de Jor-El le habla a Clark, revelándole que debe abandonar Smallville, sus amigos y parientes y cumplir con su destino. Clark decide destruir la nave. La nave explota, causándole un aborto a Martha.

Tres meses después del último episodio, Lois Lane, la prima de Chloe Sullivan, conduce hacia Smallville para intentar que Clark Kent le ayude a hallar al asesino de Chloe. Después de ser alcanzada por un rayo, pierde el control de su vehículo y se encuentra con Clark, desnudo en un campo de trigo, con amnesia. Ella le lleva al Hospital de Smallville, donde se encuentra a Martha con Jonathan, que está en coma. Martha se lleva a Clark de vuelta a la granja, con la esperanza de que recupere la memoria, sin embargo, Clark está deshumanizado. Mientras tanto, Lana tiene novio en Paris y se lo está pasando muy bien con él.

Mientras lleva a cabo un experimento con kriptonita caliente en las instalaciones de Luthorcorp, el laboratorio explota y el lado malvado de Lex Luthor se separa de él. El malvado Lex controla al bueno y lo encierra en una habitación con una máscara de hierro como en la novela de Alejandro Dumas. Su intención es extender el mal entre Lana, Clark, Chloe y Lionel.

Gabriel Duncan, trastornado mentalmente, roba un arma nuclear y empieza la cuenta atrás para que un misil impacte sobre Smallville en una hora. Gabriel llama a su amiga Chloe, que se dirige hacia la universidad y le pide que se marche porque va a destruir a toda la población. Mientras tanto, Clark y Lana han dormido en su habitación y, a primera hora, Lana se marcha a hurtadillas de la casa, pero Jonathan y Martha le ven. Cuando Chloe llama a Clark, él simula un accidente de coche con Chloe para que aparezca Gabriel. Cuando Gabriel se encuentra con Clark, dispara a Clark, que aún no tiene poderes y se encuentra gravemente herido.

Cuando eran adolescentes, Lex y Oliver iban al mismo colegio, donde Oliver y sus amigos acosaban a Lex y a su amigo Duncan. Para ganar su confianza, Lex se puso en contra de Duncan, que terminó tirándose de la azotea. Lex y Oliver vuelven al colegio a una reunión de antiguos alumnos. Cuando los compañeros de Oliver van muriendo violentamente en accidentes misteriosos, todo apunta a Oliver. Mientras tanto, Clark observa unas fotos de satélite que demuestran que se crearon otros cuatro cráteres el día que escapó de la Zona Fantasma, por lo que cree que no fue el único en escapar.