Parece que Lucas y Nathan son dos jóvenes que tienen poco en común pero en realidad ellos desconocen el oscuro secreto que les une, ellos comparten el mismo padre. Nathan es la estrella del equipo de baloncesto, es el héroe local mientras que Lucas es sólo el hijo de una trabajadora madre soltera.

Lucas se enfrenta a su primer partido en el equipo de la universidad. Keith fuerza a Karen a tratar sus sentimientos con Dan después de que ella rechazase continuar en el gimnasio de la universidad para permanecer junto a ella.

Frustrado por la creciente popularidad de Lucas en la preparatoria, Nathan busca un punto débil en Lucas, y lo encuentra. Mientras tanto, Peyton está furiosa con Lucas por poner sus dibujos en el periódico local sin que ella lo supiera.

Brooke y Peyton quieren divertirse y van a una fiesta universitaria pero no resulta ser tan divertida cuando un chico droga a Peyton. Brooke llama a Lucas para que le ayude y en eso él comienza a verla de otra forma. Mientras Haley le da una segunda oportunidad a Nathan y tienen su primera cita.

Lucas decide si quiere salir con Peyton o con Brooke. Whitey cancela el entrenamiento para que el equipo pueda concentrarse. dan se lleva a Nathan el fin de semana en un intento de reconciliación con su hijo y con su mujer. Deb y Haley organizan una noche de micro abierto en el bar.

Lucas sigue en coma, aunque los médicos no temen por su vida. Su madre no se separa de la cama del hospital. Haley se siente culpable por la discusión que había mantenido con Lucas, antes del accidente, y descubre que Nathan empezó a coquetear con ella para fastidiar a su amigo. Deb está decidida a pedir el divorcio a Dan y a que su hijo, Nathan siga viviendo con ella. Pero el hombre se lo va a poner muy difícil.

Lucas y Nathan hacen la vista gorda con Dan ya que tantos entrenamientos tienen su recompensa. Hayley se sorprende cuando Dan la amenaza, esto le hace reconsiderar su relación con Nathan. Whitey descubre que puede estar más enfermo de lo que pensaba. Dan se entera de un secreto de Deb.

La inauguración del Club de Karen "Tric", reúne a toda la población joven de Tree Hill. Félix y Lucas acaban peleándose por Anna. Chris, el músico que había contratado Peyton decide no actuar y Haley salvara la noche a su amiga con una gran actuación.

Nathan preocupado por la salud de Lucas, decide llamar a Karen para que le pida que se haga el test del HCM. Nathan teme perder a Haley desde que ha vuelto a iniciar sus ensayos con Chris.

A cambio de convivir con él, Dan promete a Lucas que dejará en paz a Keith y Jules, que han decidido casarse. Karen sabe que la razón es otra y se muestra furiosa, también a Nathan le sorprende su decisión.

Nathan se encuentra en coma y sueña como sería la vida si Dan se hubiese quedado con Karen.

Nathan regresa a casa y ahí le esperan un montón de recibos sin pagar. Lucas y Peyton deciden reunir dinero dando una fiesta cinematográfica.

Nathan le comenta a Haley la posibilidad de que se divorcien. Lucas le dice a Dan que le salvó la vida.

Lucas se encuentra con Rachel en un sitio muy familiar. Brooke tiene una cita doble y la otra pareja es muy peculiar. Mouth y Peyton pasan mucho tiempo juntos. Peyton se arrepiente de lo que le dijo a Ellie. Karen y Deb se toman más enserio la campaña electoral y tratan de hundir a Dan. Nathan se enfada cuando se entera de las intenciones de Chris con Haley.

Lucas y Peyton se van de viaje en busca de Ellie. Mientrs están fuera Lucas se reencuentra con alguien del pasado. Brooke, Haley y Mouth crean una web que va muy bien ya que la demanda es mucho mayor que la oferta. Deb le confiesa a Nathan que intentó matar a Dan.

El tiroteo y la muerte de Jimmy Edwars hace que todos reflexionen acerca de sus vidas. Nathan vuelve con Haley. Brooke y Rachel tratan de ayudar a los alumnos afectados. Dan tendrá que afrontar las consecuencias de haber disparado a Keith. Lucas y Peyton consideran las consecuencias de su beso en la biblioteca.

Durante el ensayo Brooke y Haley se pelean por el vestido de novia de Haley. Lucas y Karen regresan a Tree Hill y Peyton descubre algo asombroso.

La noche previa a la boda Nathan está preocupado por la seguridad de Haley. se pone a prueba la amistad entre Peyton y Brooke. Deb le cuenta la verdad del incendio a Dan. Karen necesita a Keith más que nunca.

Haley y Nathan podrían haber tenido el mejor día de su vida, sino fuera porque un accidente lo trunca. Tras rescatar a Cooper y Rachel de las aguas del río, Nathan está inconsciente. La amistad entre Lucas y Peyton se va haciendo cada vez más fuerte. Las antes rivales, Brooke y Rachel, dejan sus diferencias a un lado para hacerse buenas amigas.

Nathan tiene problemas de dinero y pide ayuda a su padre. Su hermanastro Lucas vuelve a unirse al equipo de los Ravens, a pesar de sus problemas de salud. Tras la pesadilla que acaba de vivir por culpa de Derek, Peyton se siente sola y aislada. Y Brooke descubre que su nueva conquista no es lo que parece...

Es la Noche de Gala, emociones y tensiones fluyen por Tree Hill. Tras la revelación de las cintas de video de Nathan, una emocional Haley plantea a su marido el que haga una lista con todas sus conquistas sexuales. Nathan hará un recorrido por la ciudad disculpándose con todas las personas relacionadas con el video. Peyton, enfadada y traicionada, no acepta las disculpas de Brooke. Ambas se enzarzan en una pelea en el jardín de la casa. Rachel expulsada del instituto, decide irse con sus padres.

Se aproxima el final del año escolar y las consecuencias de los errores de Nathan se van produciendo: de momento, no tiene plaza en ninguna universidad y Haley no podrá leer su discurso de graduación. Peyton tiene una oferta para hacer prácticas en una prestigiosa discográfica en Los Ángeles. Lucas, la animara a aceptarlo. Brooke manifiesta sus sentimientos a Chase en su anuario. Mouth junto con Gigi elaboran un anuario especial para entregárselo a la madre de Jimmy Edwards. Dan sugiere a Karen la posibilidad de que Lucas reciba ayuda profesional por la obsesiva teoría sobre la muerte de Keith.

Lucas se enfrenta a Dan en un momento en el que la vida de Karen y su bebe están en peligro. Deb cree la versión de Lucas acerca del asesinato de Keith. Mientras la graduación se acerca, Haley prepara su discurso y Nathan trabaja en una fabrica, a la vez que intenta que su futuro gire entorno al baloncesto. Brooke confiesa su culpabilidad al director del instituto para reponer la dignidad de Rachel.

Dan, se entrega a la policia y tendrá que hacer frente a las duras consecuencias por el asesinato de Keith. Tras haberla practicado la cesárea, la vida de Karen sigue corriendo peligro. Haley ha tenido un niño y Nathan, gracias a Whitey, podra ir a la Universidad de Carolina.

Han pasado ya cuatro años desde que los muchachos abandonaron Tree Hill. Muchas cosas cambiaron. Lucas publicó su primera novela titulada “An Unkindness of Ravens” y ya está trabajando en la segunda. Además entrena junto a Skills al equipo de básquet de la secundaria. Aspira a ganar el campeonato. Peyton, que ahora da los primeros pasos en una importante empresa musical, amaba dos cosas al terminar sus estudios: a Lucas y la música. ¿Acaso el haber abandonado Tree Hill luego de aceptar una beca en una compañía discográfica en Los Ángeles la hizo cambiar de idea respecto de estas dos pasiones? Brooke, su mejor amiga, tenía un sueño: convertirse en una famosa diseñadora de moda con su línea Clothes over Bros. Cuatro años después, se encuentra frente a una encrucijada: alcanzó un éxito relativo pero ¿qué precio tuvo que pagar? Nathan y Haley padres jóvenes en busca de su camino, también experimentaron altas y bajas – particularmente en la carrera de Nathan - pero lograron un equilibrio con la alegría de haberse convertido en padres de su adorado James. Mouth lucha por abandonar su deseo de ser locutor aún luego de descubrir que esta profesión es despiadada y difícil. En este episodio estreno Tree Hill es un lugar totalmente nuevo. Muchas cosas han cambiado en estos últimos cuatro años. El viaje recién comienza, en muchos aspectos.

La tensión llega a su punto máximo cuando Lucas debe enfrentar su pasado y decidir su futuro, todo esto mientras va descubriendo las exigencias de ser el entrenador de los Ravens de Tree Hill. Haley toma la decisión de contratar a una niñera para conseguir esa ayuda que tanto necesita en su hogar. Su primer día como maestra en la escuela resulta muy diferente a lo que esperaba. Mientras tanto, Jamie pone el ojo en la carrera Soap Box Derby y acude a Skills para que lo ayude. El exigente jefe de Mouth amenaza con apagar el entusiasmo que éste pone en su nuevo trabajo.

En vísperas de su propia boda, Lucas y Lindsey tratan de salvar el matrimonio de Nathan y Haley. Brooke empareja a Peyton con un viejo novio, mientras intenta arreglárselas con Victoria. Rachel regresa a Tree Hill para enfrentarse a antiguos desafíos. Dan también regresa con la esperanza de volver a empezar.

Llegó el día de la boda entre Lucas y Lindsey, y Peyton debe decidirse entre hacer algo o perder a su verdadero amor para siempre. Nathan aprovecha esta oportunidad para buscar una reconciliación con Haley. Dan, que acaba de recibir su libertad condicional, se deja ver en la reunión familiar.

Lindsey vuelve a Tree Hill para la primera fiesta de cumpleaños de Jamie, y con ella regresan las esperezas de Lucas de volver a retomar su relación. Mientras tanto, Brooke y Peyton se preparan para vivir con un nuevo bebé. Por su parte, Dan intenta reintroducirse en la vida de su familia, confesando un grave secreto a Nathan y Haley.

La muerte de Quentin trae pena a Tree Hill y Haley y Nathan deberán encontrar las palabras exactas para ayudar a Jamie a comprender la situación. Mientras tanto, Brooke continúa escondiendo la verdad sobre su ataque, el cual dejó tirante su amistad con Peyton y Lucas. Por otra parte, Skills se encuentra con la desolada familia de Quentin.

Jamie se involucra en una pelea en la escuela con un niño llamado Chuck. Por este motivo, Haley tiene una charla con la madre de Chuck pero en lugar de resolver el problema, se termina peleando también. Por otra parte, Mouth tiene la oportunidad de aplicar para una pasantía y Peyton y Lucas afrontan su primer problema de casados. Mientras tanto, Brooke continúa en el cuidado de Samantha pero las cosas se ponen dramáticas cuando se da cuenta que Owen está de regreso en la ciudad.

Lucas cae dormido y sueña con un Tree Hill en 1940, en el cual es el dueño del Café de Karen. En esta realidad, Dan es un peligroso mafioso y todos están atrapados en su red: Brooke le debe dinero, Mouth está buscando pruebas que lo vinculen con el asesinato de Keith, Haley es el cantante de su salón y Lucas está enamorado de su hijastra Peyton.

Las noticias sobre la condición de Peyton se extienden como un incendio forestal a través de Tree Hill. Brooke está devastada sobre las noticias pero no por las razones lógicas. Mientras tanto, Peyton y Lucas practican para su futuro cuando pasan una tarde cuidando a Jamie y a Andre. Además, Peyton le da su bendición a la unión entre Brooke y Julian.

Las familias de Tree Hill se acercan cuando Lucas y Jamie parecieran entenderse mientras arreglan el auto de Peyton, Sam desarrolla una conexión con Victoria y Brooke y Haley le hacen una “fiesta de bebé nuevo” a Peyton. Por otra parte, las ambiciones de Nathan están más cerca que nunca cuando se entera que gente de la NBA lo va a estar observando en su próximo partido

El día de la boda de Lucas y Peyton finalmente llega, trayendo algunos invitados sorpresivos. Haley se encuentra haciendo un rol inesperado durante la ceremonia mientras que Skills y Brooke intentan controlar a Jamie y Nick. Por otra parte, Nathan continúa con la esperanza de ser escogido y seleccionado para la NBA.

Las carreras de Nathan y Haley dan lugar a una difícil decisión para la familia, y Julian le cuenta un secreto a Alex lo que lleva a un enfrentamiento con Brooke. Mientras tanto, Clay trata de resucitar su carrera como agente, y Jamie descubre la verdad sobre el nuevo trabajo de Skills. Además, Millie, que acaba de salir de la cárcel, encuentra en Victoria un partido inesperado.

A causa del caos provocado por la fiesta de los 80 en el instituto, la gente se olvida del cumpleaños de Haley, ella olvida a Jamie en casa solo, y a Nathan y a Clay se les estropea el coche a 300 kilómetros de Tree Hill. Gracias a la aparición de Brooke con Alexander, Julian revive su infancia cómo geek en el instituto, en un episodio dedicado a la memoria de John Hughes.

Nathan y Haley luchan con las consecuencias de la muerte de la madre de ella, mientras que Brooke lidia con las consecuencias del encuentro de Alexander con Victoria. Alex descubre un secreto sobre su protagonista, Josh, que podría arruinar la película de Julian, y Quinn es confrontada por una desequilibrada Katie.

Mientras Brooke lidia con los crecientes problemas financieros en Clothes Over Bro's, Nathan y Haley llegan a una conclusión sobre la carrera de Nathan. Mientras tanto, Julian comienza un nuevo proyecto de película, mientras que Alex y Chase pasan la tarde juntos.

A medida que se acerca Halloween en Tree Hill, Brooke y Julian reciben la visita inesperada de alguien, y Nathan comienza una nueva carrera. Mientras tanto, Clay y Quinn luchan con la vida de vuelta en la casa de playa, y Haley y Mia organizan una noche de micrófono abierto en Tric.

Nathan está furioso cuando su primera misión como agente junior de Clay parece ir mal debido a su falta de conocimiento del argot, pero en realidad consigue al cliente de fútbol. Julian acepta la sugerencia de Alex de reunir a todos los posibles padrinos para una noche amistosa de póker, pero el ambiente es asesino. Chase es maltratado por todos. Ahora le toca a Brooke ser intimidada por la mandona madre de Julian, quien insiste en una boda tradicional en una feria de novias, donde Haley -culpando a las hormonas del embarazo- se pone del lado del enemigo cada vez.

Julian finalmente vende su concepto de la serie One Tree Hill a un estudio y es contratado para completar el guión. Clayton y Quinn, quienes dan la bienvenida a la memoria de Sara, pacientemente ganan la confianza de Logan para convertirse en una familia cercana y cálida. Chase supera su crisis de confianza como gerente de bar justo antes de que se le ofrezca la oportunidad de comprar Tric a Karen en el día del incendio del barco. Después de que Julian regaña a su suegro por ser un padre inútil y Brooke "sorprende" a sus padres divorciados en la cama, un movimiento empresarial inesperado compensa muchas cosas.