Cuando Jane Villanueva era una niña, su abuela le dejó claras dos cosas: las telenovelas son la mejor forma de entretenimiento y perder la virginidad es lo peor que le puede ocurrir a una mujer. A sus 23 años y en pleno Miami, Jane es una chica responsable y piadosa, emocionada con crear un futuro junto a un novio perfecto con el que, por supuesto, no mantiene relaciones. Pero todos sus planes se van al traste cuando es inseminada accidentalmente por el despiste de una ginecóloga que pasa una mala racha. Paradojas del destino, el esperma pertenece a Rafael, un antiguo amor platónico de Jane, ahora casado con una retorcida mujer y dueño del hotel donde ella trabaja. Jane se ve obligada entonces a cambiar radicalmente de perspectiva: ahora su vida es la mejor telenovela y ella es la protagonista.

Alba, la abuela de Jane, ayuda a Xiomara en su empeño por ocultarle a su hija que Rogelio es su padre, aunque está decepcionada con ella. Mientras, Jane decide dar un gran paso en su relación con Michael, quien a su vez trabaja investigando la repentina muerte de Zazo.

Jane empieza a sentirse culpable de sus crecientes sentimientos hacia Rafael, lo que se añade a su estrés por los preparativos de su cada vez más cercana boda con Michael, a la que Rogelio no deja de insistir en acudir. Mientras, Rafael y Petra se enfrentan a una persona de su pasado.

Muy furiosa con su madre, Jane decide que necesita su espacio y se muda a casa de Michael, pero la convivencia juntos no es todo lo ideal que ella había imaginado. Finalmente, decide dar una oportunidad a Rogelio, pero las cosas no salen como esperaban. Mientras tanto, Michale recibe la visita de su hermano, al que odia, y Rafael y Petra tratan de definir el estado de su matrimonio, pero Petra podría tener un as en la manga.

Jane y Rafael encuentran ciertos obstáculos a la hora de contar sus secretos, mientras él lidia con las trampas que Petra sigue tendiéndole. Xiomara tiene una entrevista con un importante productor musical llamado Elliot (Juanes), y Michael está cada vez más cerca de capturar a "Sin rostro".

Jane empieza a ver la luz en su sueño de ser escritora, mientras sigue estrechando lazos con Rafael, pero Petra se presenta con un nuevo as en la manga y reclama sus derechos sobre el bebé, así que Jane pide ayuda a Michael, quien a su vez tiene una interesante teoría sobre la identidad de "Sin rostro". Por su parte, Rogelio se prepara para una prometedora entrega de premios.

Una tormenta tropical obliga a Jane a quedarse en el hotel toda la noche, mientras su madre se queda cuidando a su abuela en el hospital, y por supuesto Rogelio acude a consolarla. Michael sigue convencido de que Rafael tiene algo que ver con "Sin rostro" y Luisa recibe una inesperada visita en prisión.

La carrera de Jane como guionista va avanzando, pero todo parece demasiado bonito para ser cierto, especialmente si Rogelio anda cerca. Rafael está obsesionado con la conexión de Sin Rostro con el hotel y empieza a temer por su familia. Mientras, Petra es amenazada por la sombra de su pasado.

Mientras Michael desgrana los detalles de la supuesta identidad de Sin Rostro, Jane se plantea su futuro y el de su bebé después de recibir noticias desconcertantes en su visita al ginecólogo.

Jane y Rafael se preparan para recibir los resultados de la amniocentesis y se replantean la idea de vivir juntos. Mientras, el hotel Marbella recibe la visita de Angelique Harper, que resulta ser la novelista favorita de Jane, ocasión que Rafael decide aprovechar para darle una sorpresa muy inesperada.

Jane se siente algo distante de Rafael, así que decide centrarse en la escritura para despejar la cabeza, pero sufre una crisis y acude a Michael en busca de ayuda. Mientras, Petra encuentra el artista invitado perfecto (David Bisbal) para la celebración del Mirabella's Calle Ocho, pero ello conlleva que Rafael deba pedir ayuda a Rogelio, quien a su vez decide pegarse a Michael para preparar su próximo papel como detective.

Rogelio recibe la visita de su madre, Liliana, y Xiomara intenta ganarse su aprobación. Tras estropear sin querer la posibilidad de Rafael de recuperar su licencia de venta de alcohol en el hotel, Jane se pierde la celebración de la Pascua Villanueva en su intento por arreglar las cosas. Mientras, Rafael descubre información sobre su madre biológica. Alba da un pequeño paso en el terreno amoroso.

Jane no acepta la decisión de Rafael y vuelve para convencerle de que deben estar juntos, así que deciden acudir a terapia de pareja para solucionarlo. Mientras, Xo se siente culpable por haber besado a Marco, Petra es secuestrada por Roman Zazo y Michael descubre un secreto sobre Nadine.

Aún decepcionada con Rafael, Jane intenta llevar su embarazo lo mejor posible, mientras se ve obligada a recurrir a Michael para demostrar que Petra está mintiendo. Xiomara intenta arreglar las cosas con Rogelio, que se plantea volver a su antigua telenovela, y Alba empieza a recordar lo que ocurrió cuando se cayó por las escaleras.

Ahora que su hijo Mateo es una realidad diaria, las cosas se complican para Jane, tanto en lo familiar como en su proyecto personal de convertirse en escritora. Rafael y Michael se ven obligados a trabajar juntos para resolver el asunto del secuestro, mientras Jane todavía se debate entre sus sentimientos hacia uno y otro. Por su parte, Rogelio se enfrenta a ciertos fantasmas de su pasado que complican su relación con Xiomara, y Petra sigue empeñada en salirse con la suya y podría tomar una decisión que lo cambie todo, especialmente ahora que cuenta con otra inesperada muestra del esperma de Rafael.

Jane por fin ha cogido ritmo con Mateo, pero se encuentra perdida en mitad del triángulo amoroso que forma junto a Rafael y Michael. Para evitar una denuncia, Xiomara y Rogelio se ven obligados a actuar en un crucero. Petra y Rafael desconfían de Lachlan (Michael Rady) y su reciente propuesta de negocio. Alba toma una decisión crucial que cambia su vida.

Inmersa entre sus labores como madre y su trabajo en el colegio, Jane se olvida de planear la fiesta sorpresa para los 25 años de Lina (Diana Guerrero como actriz invitada). Rafael sorprende a Jane pidiendo la custodia compartida. Petra recurre a Michael para intentar mantener a Rafael y Jane separados. Rogelio es chantajeado por su exmujer, Luciana, para conseguir otra vez su papel en "La pasión de Santos".

Jane y Rafael se preocupan por el futuro de Mateo, ya que quieren evitar que se convierta en un niño mimado. Además, Jane no empieza con buen pie la universidad, donde su atractivo profesor le pone alguna traba a su vida personal. Animado por Xo, Rogelio decide crear su propia serie cuando ve que su trabajo actual llega a su fin.

Final de temporada. La boda de Jane y Michael se complica, para variar. Jane quiere cambiar el tema de su tesis y esta preocupación le influye en su gran día. Rafael considera contarle a Jane todo lo que siente. Anezka tiene una emergencia. Xiomara recibe noticias inesperadas.

Jane se ve obligada a tomar una decisión difícil cuando descubre que Michael ha sido disparado. Anezka finge ser Petra mientras Rafael se centra en mantener a salvo a Mateo. Rogelio, por su parte, trata de mantener a la prensa alejada de Jane.

Jane sigue trabajando en su tesis y decide añadir a la hermana de su abuela en el texto, muy a pesar de Alba. Con tal de aparecer en el crossover americano, Rogelio decide llevar "Pasión de Santos" a la CW con la esperanza de que la compren. Xo se plantea abandonar su sueño de ser cantante por algo más realista.

Jane está preparada para volver a tener una cita y de hecho se sorprende cuando esa misma cita le ayuda a arreglar las cosas con Lina. Petra sigue una pista con la ayuda de Chuck. Rafael acepta el consejo de Jane e intenta sincerarse con Petra.

Jane se ve obligada a readaptarse a las reglas de su vida amorosa, especialmente cuando su nuevo ligue le presenta a su abuela. Petra descubre información interesante sobre Chuck. Xo y Rogelio están deseando contarle una noticia a Jane pero quieren tener en cuenta sus sentimientos.

Cuando Jane se reúne con su primer amor, Adam, se queda sorprendida pero a la vez feliz por verle, sin embargo, Alba y Xo no está contentas con su su vuelta. Después de que Rafael perdiese el hotel por su hermana, se encuentra en casa de Jane sin hogar y sin dinero. Jane y Rafael descubren que han encontrado a Petra y corren en su búsqueda sin rastro de Anezka. La felicidad por la boda entre Rogelio y Xo desaparece cuando descubren que Darci está embarazada de Rogelio y que quiere la custodia.

Adam revela a Jane que tuvo un novio en el pasado y que siempre se ha sentido bisexual, algo que ella se esfuerza por entender para no enfriar su relación. Mientras tanto, Jane debe ayudar a su amiga Lina a resolver sus propias dudas sobre su inminente matrimonio. Xo pide a Rogelio que considere hacerse la vasectomía.

Al fin llegó el día del lanzamiento del libro de Jane, pero su idea de montar una fiesta en la librería local donde se inspiró para ser escritora tiene un inconveniente. Siempre queriendo ayudar a Jane, Rogelio diseña un plan para salvar el día, pero uno de sus archienemigos amenaza con arruinarlo. Rafael encuentra trabajo pero no es lo que esperaba. Mientras, Petra idea una estrategia para recuperar el Marbella pero Rafael decide no involucrarse.

Jane debe superar el nuevo obstáculo en su vida, que resulta ser más difícil de lo que ella y Rafael hubieran esperado. Rogelio descubre que River y él no se parecen tanto como pensaba. Mientras tanto, Jane y Petra deben lidiar con los niños ya que no se llevan bien entre ellos, lo que a su vez plantea cuestiones sobre cómo Petra y Jane se sienten la una con la otra.

Cuando Rogelio le dice a Jane que la red quiere que escriba el guión de su telenovela, al principio está emocionada, pero comienza a luchar para equilibrar su tiempo entre eso y su novela. Rafael está furioso con Jane después de que ella haga una cita médica con la que no está de acuerdo a sus espaldas. Petra trata de ser positiva acerca de su relación cuando JR obtiene una entrevista de trabajo fuera del estado.

Con Jorge se mudó oficialmente a la casa de Alba con sus cosas, rápidamente cambió la dinámica, haciendo que Jane se sienta incómoda. Rafael y Jane trabajan en su paternidad de Mateo ahora que tienen una manera potencial de ayudar a Mateo. Rogelio tiene un nuevo conjunto de problemas inesperados que surgen en el set con River. Xo está nerviosa por su última exploración PET y lo que podrían mostrar los resultados.

Con Jane y Rafael finalmente preparándose para su gran día, el deseo de Rafael de ayudar a Jane a escribir el sueño lo mete en problemas. Xo y Rogelio deben contarle a la familia su decisión y no todos la toman bien. Mientras tanto, Petra lucha con sus emociones.