Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

Los miembros del coro empiezan a estar demasiado seguros de sí mismos y dejan de esforzarse en sus actuaciones. Para motivarlos, Will decide fomentar la competitividad proponiendo un concurso de chicas contra chicos en el que cada equipo deberá remezclar dos canciones.

Después de que Vocal Adrenaline les asuste con un nuevo número musical, los miembro del Glee Club están convencidos de que no tienen nada que hacer contra ellos. Además, Will comenzará una venganza contra Sue que no terminará bien.

Nuevas Iniciativas sigue su lista de estrategias establecidas para las nacionales con un poco de ayuda de Jessie St. James (estrella invitada Jonathan Groff). Mientras tanto, la muerte de Jean Sylvester (Robin Trocki) da un giro en las vidas de los estudiantes del colegio McKinley, especialmente a la de su hermana Sue Sylvester.

Nuevas Iniciativas vuelve al año 2009 y los miembros originales revelan por qué se inscribieron en el Glee Club.