El viajero en el tiempo James Cole (Aaron Stanford) viaja del año 2043 al presente para evitar la creación de un virus letal, producido por una enigmática organización conocida como "El ejército de los doce monos". Este virus, en la línea temporal original de Cole, fue la causa del deceso de 93.6 % de la población mundial. Cole es ayudado por la brillante viróloga Cassandra Railly (Amanda Schull) y por la genio de las matemáticas con problemas mentales, Jennifer Goines (Emily Hampshire).

Un avión Boeing 777 aterriza en el Aeropuerto Internacional JFK en Nueva York procedente de Berlín. Se detiene inerte en la pista de aterrizaje y su interior está lleno de cadáveres pálidos. Un extraño ataúd lleno de tierra es hallado en el departamento de equipaje. Así se produce la llegada de Jusef Sardu, un vampiro conocido como "El Amo" (Robert Maillet). El Dr. Goodweather (Corey Stoll), del CDC (Centro de Control de Enfermedades), investiga lo que a primera vista parece ser un virus que causó la muerte de los pasajeros del avión. A medida que su investigación continúa, Goodweather contacta con Abraham Setrakian (David Bradley), un viejo prestamista que parece saber mucho sobre este "virus" y que insinúa que podría tratarse de una plaga de vampiros.

Cassie Nightingale, bruja favorita de Middleton, y su hija adolescente Grace —que comparte esa misma intuición especial como su madre— dan la bienvenida al Dr. Sam Radford y a su hijo a la ciudad. Cuando los de Nueva York se mudan al lado de Grey House, quedan hechizados inmediatamente por el dúo de madre e hija de al lado, pero Sam y Cassie se dan rápidamente cuenta que no están totalmente de acuerdo en ciertos asuntos. Con su encanto característico, Cassie intenta reunir a todos, asegurándose que todos en Middleton estén al corriente de nuevos cambios, grandes sorpresas y, por supuesto, ¡un poco de magia!

Clary Fray descubre al cumplir 18 años que viene de una larga línea de cazadores de sombras, seres mitad ángeles, mitad humanos que protegen el mundo luchando contra demonios. Ella y sus amigos intentan detener a Valentine Morgenstern, un cazador de sombras que busca conquistar el mundo haciéndose con los instrumentos mortales, con el plan de crear un grupo de élite de seres mitad cazadores de sombras y mitad demonios.