Hal está muy emocionado porque ya es su cumpleaños y recibe como regalo de sorpresa la visita de Francis, pero él les da la noticia de que está casado y trae a su esposa, causando que Lois no reconozca a Piama como su nuera y empiecen una discusión así arruinando la fiesta de Hal y también hace que Malcolm, Reese y Dewey se vayan de la casa porque ya no aguantan los gritos y las discusiones que comúnmente pasan en la familia.

Hal es asignado como Director Técnico del equipo deportivo de Dewey para poder entrenar a todo el equipo de fútbol, pero sus tecnicas muy ineficientes hace que todo el equipo sea un desastre. Mientras, Malcolm se obsesiona con un juego de computadora cuyo equipo es un obsequio de su vecino, pero Reese lo tiene a su merced por descubrir que él tiene aventuras con muchas mujeres y él tiene mucho temor de que Reese se lo diga a su esposa.

Hal, junto con sus amigos, juegan poker extremo. Malcolm, Stevie, y Reese se ven obligados a pasar la noche con 2 niñas populares en su cuarto. Reese le dice a una que Stevie tiene una enfermedad mental, y Malcolm descubre que la otra tiene una pistola automática

Después de que Kevin (amigo de Malcolm) hiciera un experimento desconocido para todos, su salón se contamina y los Kreelboys están obligados a juntarse con cada una de las pandillas que hay en la escuela. Dewey padece de varicela, mientras que Hal se obsesiona con derribar fichas de dominó. Francis descubre que el terreno donde esta construida su casa es una reserva india, así que abre un casino en su casa.

Craig tiene un mono capuchino como mayordomo, después de que el perro de Dewey lo mordiera dejándolo lesionado, Sin embargo, Craig trata mal a su mono mayordomo, provocando que éste quiera asesinarlo como venganza. Reese se vuelve policía vecinal, después de golpear a un ladrón haciendo que Hal haga cualquier cosa para ser reconocido como un héroe.

Toda la familia se va de visita al zoológico. Hal es picado por una tarántula durante un espectáculo para niños. Dewey y Malcolm se meten en la jaula de los tigres por accidente, mientras Reese se pelea con un chivo. Malcolm y Dewey son rescatados gracias a que Reese avienta al chivo a la jaula de los tigres, y éstos la persiguen. Francis obtiene empleo en el rancho de Otto.

La familia de Hal lo invitan a él y a su familia a una reunión familiar. Cuando llegan, todos tratan como basura a Lois. Por otro lado, Malcom está pasando mucho tiempo con su abuelo y además, Reese está tratando de hacer que Dewey sea el preferido del abuelo para que le dé su fortuna. En venganza por la humillación y en un acto sin precedentes, Francis; Dewey; Reese y Malcolm, arruinan la reunión con un carro de golf.

Al ver que Reese puede esquivar cualquier tipo de problemas, desde los que tiene con su madre hasta los de la preparatoria, con solo haciéndose el estúpido y cantar la canción de "Menti Mentas", Malcolm decide imitarlo y recurre a "apagar su cerebro" cada vez que tiene que enfrentarse a una situación difícil. Así logra conquistar a una chica boba sin saber que eso le traería serios problemas. Stevie se queda con la familia de Malcolm durante un tiempo hasta que sus padres regresen de Hawái.

Malcom descubre que si en lugar de decir todo lo malo que va a decir y mejor solamente lo piensa, evade muchos problemas y su vida mejora. Por otro lado, Hal descubre el deporte de trote pero también descubre un nuevo enemigo, hasta que lo descubre haciendo trampa. La novia de Reese lo invita a un concierto, pero éste no puede ir por no tener auto. Es entonces que Reese se ve forzado a recurrir a Craig.

Hal y los niños van a pasar un fin de semana en el rancho donde trabaja Francis. Al llegar, Malcom, Reese planean pasarla bien con Francis como en los buenos tiempos, pero al ver que él ya ha madurado, sus hermanos intentarán traer al viejo Francis de regreso. Por otro lado, Hal está pasando mucho tiempo de provecho con el jefe de Francis, Otto; sin embargo, se pierden. Gracias a una súper bomba que brilla tanto para incluso simular el día mismo, Hal y Otto regresan al rancho. Mientras, Dewey pasa el tiempo con Gretchen, en compensación a una travesura.

La abuela visita a la familia, y nadie está contento con ello. Cuando se iba a ir, tropieza por una hoja de árbol y por el accidente, demanda a Hal y a Lois. Los problemas se complican, cuando el médico les dice una "horrible" sorpresa. Mientras, Reese se siente culpable por el accidente y planea darle una sorpresa a la familia junto a Dewey. Finalmente, y como Francis y Piama también están de visita, Malcom tiene que dormir en el jardín, pero nada parece mejorar.

Malcolm va con todos los dotados a un octatlón académico, donde descubre que uno de los participantes ha estado haciendo trampa, por lo que Malcolm decide hacer lo mismo para que todos los participantes ganen, pero él termina perdiendo.

Malcolm conoce a Leonard, un señor que siempre está jugando ajedrez y nunca deja de quejarse del mundo que lo rodea. Gracias a él, empieza a preguntarse a qué se dedicará de mayor. Dewey comienza a hacer cosas locas porque según él, el bebé se lo está "diciendo", lo que causa el enojo de Lois y Hal. Francis posa desnudo para pintores.

Hal se lleva a los muchachos a una exposición de novias, en donde Reese se mete en muchos problemas. Francis y Piama están de visita, pero también Ida llega en el momento menos esperado y nadie la quiere en casa. Lois empieza a sentir las contracciones del bebé.

Cuando Hal está saliendo del estacionamiento, tiene un pequeño accidente con el coche y tiene que ir con los muchachos al hospital. Lois llama a los amigos de Hal para que le ayuden a sacar a Ida de su casa. Al final, Francis ayuda a su mamá a que el bebé nazca.

Francis descuida su trabajo. La familia viaja a Las Vegas. Reese y Dewey demuestran un conejo obeso en una competencia. Hal tiene un sueño profético de ganar en una máquina de ranura. Lois va entre bastidores con su cantante preferido Boone Vincent.

Reese hace la cena de Acción de Gracias. Francis y Piama consiguen una lucha y tenían casi un divorcio hasta los pasos de Lois. Malcolm hace furtivamente hacia fuera en una fiesta, en donde él está borracho y casi tiene sexo con una muchacha de la escuela que lo encuentra atractivo, después rechaza aprovecharse de ella y va a casa. Sobre volver a casa lo beben y lanza obviamente encima todo de la cena exquisita de Acción de Gracias que Reese hizo, arruinando el día.

Malcolm filma a Reese para una asignación de psicología de la escuela, sin saber que el propósito de la grabación es para humillar a Reese. Dewey trabaja como ejecutante de la calle, hasta que sus padres se expropian sus ganancias.

Hal, Reese, Malcolm, y Dewey entran en el negocio en donde venden árboles de Navidad, sin embargo, la policía los obliga a quitar los árboles. Craig es mordido por una ardilla, y Lois le promete atraparla, con ayuda de los limosneros de una comunidad religiosa. La familia de Otto visita el rancho y se hace una riña. Al final; Otto, Gretchen, Francis, Piama y el resto de la familia, comparten la navidad. Los chicos recuperan su inversión.

Lois boicotea Luigi (La Pizzería preferida de la familia), mientras que Malcolm flecha a hija de una familia intelectual, y sigue implicado con la familia en el proceso. Mientras, Hal y Reese siguen yendo a comer a la pizzería, en secreto.

Polly, la niñera de Jamie (Julie Hagerty) causa competencia entre Abe y Craig para ver quien de los dos sale con ella en una cita.

Dewey, después de que reprobara en su examen de IQ, se mete en una clase especial pero de niños con problemas, Hal participa en un concurso de baile con Craig.

Después de que Malcolm le robara a su novia, Reese entra al ejército. Unos sujetos obligan a Hal a culpar a alguien de haber hecho un fraude financiero, pero luego lo obligan a echarse la culpa a èl mismo. mientras Dewey entra a un concurso de música.

Hal logra ganar el juicio, demostrando que nunca fue los viernes a trabajar (donde manda mucha evidencia).Mientras Reese se va a una misión al Medio Oriente. Lois se altera con el asunto, creando "cerditos" de plástico.

Toda la familia le da un regalo de navidad casero a Hal, pero él no tiene un regalo de navidad que darle a su familia, así que los saca a dar varias vueltas por la ciudad para pensar en lo que les va a regalar. Malcolm es el menos popular entre sus hermanos, tratara de arreglarlo, pero Dewey descubre que compró los regalos de navidad con su tarjeta de crédito. Hal logra quitársela e invita a toda la familia a esquiar en nieve.

Francis viene a casa a celebrar su cumpleaños. Hall le tiene que cumplir su promesa de llevarlo a pasear en moto cuando cumpla 21, lo cual Lois no le permite pero lo descubre cuando pasean en la casa y luego se escapan. Lois se pone a beber con Piama. Malcolm Dewey y Reese descubren que randy los busca para golpearlos pero malcolm es el único que termina ileso porque randy buscaba a otro chico.

Lois y Hal visitan a Francis para su fiesta en A.A., pero Lois descubre que Francis siempre les habló a sus amigos de las cosas malas que Lois le hacía. También le piden un préstamo.

En el capítulo final de esta serie, Malcolm, Reese y Dewey deciden quemar el único secreto que los tenía unidos porque ya no estarán más juntos, hacerle creer a Lois que tiene cáncer, se saben los deseos de Lois y Hal. Pasan tres meses y se ve que Dewey comprara un cohete y Jamie ya muestran signos de que serán muy problemáticos al igual que sus hermanos, Francis tiene un empleo igual al de su padre y vive feliz con Piama, Reese es conserje de su antigua escuela, Malcolm tiene que trabajar para poder seguir pagando sus estudios, y en la casa Hal se exalta cuando recibe la sorpresa de que Lois muestra una prueba de embarazo con resultado positivo.

Polly, la niñera de Jamie (Julie Hagerty) causa competencia entre Abe y Craig para ver quien de los dos sale con ella en una cita.

Hal está muy emocionado porque ya es su cumpleaños y recibe como regalo de sorpresa la visita de Francis, pero él les da la noticia de que está casado y trae a su esposa, causando que Lois no reconozca a Piama como su nuera y empiecen una discusión así arruinando la fiesta de Hal y también hace que Malcolm, Reese y Dewey se vayan de la casa porque ya no aguantan los gritos y las discusiones que comúnmente pasan en la familia.

Hal es asignado como Director Técnico del equipo deportivo de Dewey para poder entrenar a todo el equipo de fútbol, pero sus tecnicas muy ineficientes hace que todo el equipo sea un desastre. Mientras, Malcolm se obsesiona con un juego de computadora cuyo equipo es un obsequio de su vecino, pero Reese lo tiene a su merced por descubrir que él tiene aventuras con muchas mujeres y él tiene mucho temor de que Reese se lo diga a su esposa.

Francis viene a casa a celebrar su cumpleaños. Hall le tiene que cumplir su promesa de llevarlo a pasear en moto cuando cumpla 21, lo cual Lois no le permite pero lo descubre cuando pasean en la casa y luego se escapan. Lois se pone a beber con Piama. Malcolm Dewey y Reese descubren que randy los busca para golpearlos pero malcolm es el único que termina ileso porque randy buscaba a otro chico.

Cuando Hal está saliendo del estacionamiento, tiene un pequeño accidente con el coche y tiene que ir con los muchachos al hospital. Lois llama a los amigos de Hal para que le ayuden a sacar a Ida de su casa. Al final, Francis ayuda a su mamá a que el bebé nazca.

Craig tiene un mono capuchino como mayordomo, después de que el perro de Dewey lo mordiera dejándolo lesionado, Sin embargo, Craig trata mal a su mono mayordomo, provocando que éste quiera asesinarlo como venganza. Reese se vuelve policía vecinal, después de golpear a un ladrón haciendo que Hal haga cualquier cosa para ser reconocido como un héroe.

Toda la familia se va de visita al zoológico. Hal es picado por una tarántula durante un espectáculo para niños. Dewey y Malcolm se meten en la jaula de los tigres por accidente, mientras Reese se pelea con un chivo. Malcolm y Dewey son rescatados gracias a que Reese avienta al chivo a la jaula de los tigres, y éstos la persiguen. Francis obtiene empleo en el rancho de Otto.

Hal, Reese, Malcolm, y Dewey entran en el negocio en donde venden árboles de Navidad, sin embargo, la policía los obliga a quitar los árboles. Craig es mordido por una ardilla, y Lois le promete atraparla, con ayuda de los limosneros de una comunidad religiosa. La familia de Otto visita el rancho y se hace una riña. Al final; Otto, Gretchen, Francis, Piama y el resto de la familia, comparten la navidad. Los chicos recuperan su inversión.

Lois y Hal visitan a Francis para su fiesta en A.A., pero Lois descubre que Francis siempre les habló a sus amigos de las cosas malas que Lois le hacía. También le piden un préstamo.

Hal, junto con sus amigos, juegan poker extremo. Malcolm, Stevie, y Reese se ven obligados a pasar la noche con 2 niñas populares en su cuarto. Reese le dice a una que Stevie tiene una enfermedad mental, y Malcolm descubre que la otra tiene una pistola automática