Una mujer piloto del Barco cañonero Cobra es acusada por su Comandante por desobedecer su orden de dejar de confraternizar con su jefe de tripulación, un soldado casado. A Mac se le asigna la fiscalía mientras que Harm será el abogado defensor de Susan, la piloto acusada.

Harm, Mac y Bud investigan como fiscales una demanda de acoso sexual a bordo de un portaviones debiendo enfrentarse con Dalton Lowne, el novio de Mac y abogado defensor en el juicio. Mac tendrá que retirarse del caso aunque será de gran ayuda para Harm a la hora de coseguir pruebas, además romperá su relación con Dalton cuando descubre que este copiaba material de sus expedientes para usarlos contra Harm en el juicio. Harm también recibirá ayuda de la congresista Bobbi Latham.

Tras el accidente de un helicóptero italiano de excursión Harm, Mac y Bud son enviados a Italia para emprender un juicio en el que un piloto del ejército estadounidense está acusado del accidente. Harm deberá ser el abogado defensor mientras que Mac se encargará de la acusación. Presionados por el gobierno italiano, la Casa Blanca y la congresista Bobbi Latham ponen a Harm y Mac bajo una extrema seguridad. Finalmente será Harm quien descubra que un tercer avión sin identificar fue el causante del accidente.

Harm es asignado a trabajar junto a la congresista Bobbi Latham para investigar una información ofrecida por una cadena de televisión donde se asegura que el ejército de los EEUU usaron gas Serin contra unos científicos americanos que trabajaban para Sadaam Hussein durante la Guerra del Golfo. Entre tanto, dos hombres harán su entrada en la vida de Mac, el comandante Mic Brumby, un elegante marine australiano, oficial del JAG, designado para reemplazar a Harm durante su ausencia y Chris Ragle, el hombre con el que Mac se casó en el período en el que ella era una joven rebelde y alcohólica. Chris acaba de salir de prisión donde cumplió una condena por robo, ahora busca a Mac para rehacer su relación y pedirla un préstamo de 15 mil dólares para pagar unas deudas de juego

Mac es detenida junto a su ex comandante y mentor, el Coronel John Farrow. Ambos se enfrentan a una importante condena de varios años de prisión. Harm se ofrece voluntario para preparar la defensa de Mac, pero sus esfuerzos se ven frustrados por el trabajo del abogado defensor de Farrow, que presenta a un testigo estrella en el juicio.

Una investigación amenazará el ascenso del comandante Harm y su carrera entera en el Jag de manera que un renombrado abogado se ofrece a representarle y éste acepta.

La Teniente Elisabeth "Skates" Hawkes, antigua RIO, llega tras el aterrizaje de emergencia del USS Patrick Henry. El capitán de la nave y el superior de Skates la culpan de lo sucedido. Excluido de la investigación por su relación con Skates, Harm es capaz de ayudar cuando le llaman para defender a su amiga y emplea todos sus recursos legales para salvar su carrera militar.

El día de Nochebuena, Harm realiza su visita anual al monumento en honor a las víctimas de Vietnam, donde su padre fue asesinado la víspera de navidad de 1969. Allí conoce a una misteriosa mujer que dice haber conocido a su padre poco antes del fatal vuelo.

Esta vez Harm y Mac tendrán que trabajar en un caso de demanda al ejército de una marine que afirma que cuando entró en el ejército su superior le mintió sobre cuáles serían sus tareas. Mientras tanto, el almirante Chegwidden lleva el caso de un antiguo amigo y colega, que ve en peligro su impecable carrera a causa de los efectos secundarios del viagra.

Dos aviadores navales resultan muertos en el accidente de su recientemente mejorado F-14. Harm descubre una relación improcedente entre el contratante civil y su socio naval.

Boone está a punto de convertirse en Comandante de la sexta flota. Sin embargo, un informante anónimo le acusa de haber matado a civiles durante la Guerra de Vietnam. Mac y Harm tan sólo tendrán cuatro días para investigar las acusaciones.

El consejo de guerra contra el Almirante Boone sigue su curso mientras Harm y Mac ven cómo se complica su futuro militar.

Un submarino ruso explota matando a 110 hombres y Los Estados Unidos son culpados por el incidente.

A Harm y Mac se les asigna una nueva investigación sobre un accidente aéreo. En el helicóptero estrellado viajaban la Congresista Bobbi Latham y el Congresista Feltzer. Inicialmente el accidente parece ser debido a un error de los pilotos o a un fallo de sistema, pero las investigaciones llegan a una conclusión que podría resultar embarazosa para ambos congresistas.

El equipo de un soldado acusado y llevado a juicio por sobrepasarse en sus órdenes, son sorprendidos en un emboscada. Gran parte del equipo de JAG deberá tomar parte en este caso de investigación y acción judicial.

Tras no acoger y seguir las normas orientales que la obligan a cubrirse el cuerpo y la cabeza, una soldado estadounidense es llevada a juicio.

Un oficial de EEUU causa graves complicaciones cuando interpreta literalmente las reglas del compromiso. Harm y Mac viajarán hasta Oriente Medio para enfrentarse a este nuevo caso. Mientras, Harm también tendrá que realizar otra misión aérea.

Una investigación sugiere que Bud no realizó una defensa profesional, competente y optima en un juicio. Ahora, será el propio miembro de JAG quién se tenga que sentar delante del juez por este motivo.