Korra despierta herida en una isla desconocida en la nación del fuego, tras haber perdido la memoria después de haber sido atacada por un espíritu oscuro. Korra es llevada por los maestros fuego con la anciana de la isla, quien descubre que su espíritu ha sido contaminado, y la introduce en un pozo místico para curarla. Allí, Korra se encuentra con sus vidas pasadas, quienes le indican que busque a Raava. Korra inicia un viaje espiritual donde conoce a Wan, el primer Avatar. En este viaje, Korra revive la vida de Wan, un exiliado de su villa, quien recibió el fuego control del Gran León Tortuga, para protegerse de los espíritus que habitaban el mundo 10,000 años antes de Korra. Wan se interesa por los espíritus, y empieza a comprenderlos y protegerlos, pero eventualmente decide viajar por el mundo, en búsqueda de otros humanos. Korra revive como Wan, en su viaje, interfiere en una pelea entre los grandes espíritus, acabando con el balance del mundo al liberar a Vaatu, espíritu del caos, de Raava, el espíritu de la luz.

Korra, sabiendo quién es Raava, revive el resto de la historia de como Wan se hizo capaz de controlar los demás elementos. Al haber liberado a Vatu, los espíritus del mundo empiezan a contaminarse de caos y maldad, lo que causa que Raava, la luz y el equilibrio, pierda poder. Wan se responsabiliza por sus acciones al oír que se acerca la fecha de la Conversión Armónica, la gran batalla entre los espíritus. Para arreglar las cosas, Wan solicita al Gran León Tortuga del aire le permita el elemento del aire. Este accede, con la condición de que sea Rava quien cargue el poder hasta que Wan logre dominarlo. Wan, por su parte, se compromete a regresar el equilibrio al mundo. Raava le explica a Wan que la Conversión Armónica es la lucha que ocurre cada 10,000 años, en que los grandes espíritus luchan por la conservación o destrucción del mundo, siendo la derrota de Raava el fin de toda vida por diez mil años. Rava y Wan buscan a los demás Leones Tortuga, para adquirir los elementos restantes y prepararse para la confrontación final en el mundo de los espíritus. Antes de esta batalla, Wan descubre que sus amigos siguieron su ejemplo, y usaron el poder del fuego para independizarse de los Leones Tortuga y sus villas. Esto acaba con el equilibrio del mundo, haciendo que espíritus y hombres luchen entre sí. Wan es incapaz de detener la lucha, lo que fortalece a Vatu. En la batalla final, Rava y Wan unen fuerzas en el cuerpo de Wan y así poder derrotar a Vaatu, a pesar del riesgo que esto representa para sus vidas. Ante la derrota, Wan usa la energía de la puerta al mundo de los espíritus para derrotar a Vaatu, fundiéndose definitivamente con Raava, encerrando a Vaatu en el mundo de los espíritus, y creando al primer Avatar. Los espíritus regresan a su mundo, mientras Wan enseña al hombre a respetar la vida y se vuelve un puente entre los mundos. Sin embargo, Wan es incapaz de evitar los conflictos entre los hombres, y muere sin lograr la paz entre e

Con Vaatu libre, Korra intenta encerrarle nuevamente en su prisión mientras Mako y Bolin tratan de impedir que Unalaq se fusione con Vaatu. Sin embargo, con la ayuda de Desna y Eska, Unalaq supera a Mako y a Bolin, lucha con Korra y finalmente se fusiona exitosamente con Vaatu. Korra y Unalaq comienzan a luchar estando cada uno en su respectivo Estado Avatar. Mientras tanto, en el mundo de los espíritus, Tenzin y sus hermanos se encuentran con Iroh, quien les da una pista sobre cómo encontrar a Jinora. Así pues, Tenzin se adentra en la Niebla de las Almas Perdidas, un valle cubierto de niebla que lleva a los humanos atrapados allí a la locura tras sucumbir ante sus propias dudas interiores. Kya y Bumi sucumben rápidamente a la niebla y Tenzin por poco lo hace también, pero se encuentra con el espíritu de Aang, quien le dice que debe dejar de intentar ser el reflejo de Aang y simplemente debe ser él mismo. Tras despejar sus dudas internas, Tenzin logra disipar la niebla temporalmente y rescata a Jinora y a sus hermanos. Sin embargo, Jinora se da cuenta de que Vaatu ha sido liberado y se va con el fin de ayudar a Raava. Mako y Bolin logran convencer a Eska y a Desna para que se vuelvan en contra de Unalaq y los liberen. Desafortunadamente, Korra es superada por Unalaq, quien saca a Raava de su cuerpo y la destruye, rompiendo la conexión de Korra con los avatares pasados. Con Raava destruida, Unalaq se transforma en un monstruoso espíritu oscuro gigante y se teletransporta al mundo material.

Tenzin y sus hermanos llegan al portal y encuentran a Korra y a sus amigos heridos e inconscientes. Tras ser sanados por Kya, Korra cree que ha fallado en su misión, y que con Raava destruida, el ciclo se ha roto y ella es la última Avatar. Unalaq aparece en Ciudad República y ataca, acabando con las defensas de la ciudad así como con la estatua de Aang. Durante el ataque, la celda donde Varrick se encuentra prisionero es afectada, lo cual le permite escapar. En el mundo espiritual, Tenzin guía a Korra hacia el Árbol del Tiempo y le dice que medite dentro de él. Mientras lo hace, Korra libera su energía espiritual más interna y su espíritu se transforma en un gran espíritu de luz azul que se teletransporta a Ciudad República para luchar contra Unalaq. Tras recordar lo que Raava le dijo al Avatar Wan sobre la luz y la oscuridad, que una no puede existir sin la otra, Korra intenta extraer el fragmento de Raava que se encuentra oculto en el interior de Vaatu. En ese momento, el espíritu de Jinora aparece e ilumina el fragmento de la renacida Raava al interior de Vaatu, antes de regresar a su propio cuerpo. Ahora, sabiendo dónde atacar, Korra saca a Raava del interior de Vaatu y lo purifica, destruyendo a Unalaq en el proceso. Tenzin, Kya, Bumi, Mako y Bolin permanecen en el mundo de los espíritus para proteger el cuerpo de Korra de los espíritus oscuros, luego Eska y Desna se les unen. Están a punto de ser superados, cuando el espíritu de Korra y Raava regresan, acabando con todos los espíritus oscuros. Sin embargo, en vez de cerrar los portales espirituales, Korra decide que permanezcan abiertos, pensando que los espíritus y los humanos están destinados a coexistir y que el Avatar Wan cometió un error al cerrar los portales. Más tarde, Korra le revela a Mako que ha recuperado el recuerdo de su rompimiento, y ambos deciden terminar con su relación sentimental para bien. Finalmente, El Avatar Korra declara que el mundo ha cambiado para siempre y

Las consecuencias de la extracción de raíces que Kuvira está realizando en el pantano comienzan a aparecer en Ciudad República, donde éstas comienzan a raptar ciudadanos. Varrick y Bolin aparecen en Ciudad República y les cuentan a todos acerca de la súper arma de Kuvira. Korra, al descubrir que el recuerdo de Zaheer está bloqueándola de ir al mundo espiritual decide visitarlo y éste le ayuda a aceptar lo que pasó; esto causa que Korra se reconecte con Raava y pueda rescatar a todos los ciudadanos que las raíces habían capturado, incluida Jinora. Bolin, en su intento de recuperar a Opal, la acompaña en una misión de rescate con Lin para salvar a su familia.