Jason Bourne ha recuperado su memoria, pero eso no significa que el más letal agente de los cuerpos de élite de la CIA lo sepa todo. Han pasado doce años desde la última vez que Bourne estuviera operando en las sombras. ¿Qué ha ocurrido desde entonces? Todavía le quedan muchas preguntas por responder. En medio de un mundo convulso, azotado por la crisis económica y el colapso financiero, la guerra cibernética, y en el que varias organizaciones secretas luchan por el poder, Jason Bourne vuelve a surgir, de forma inesperada, en un momento en que el mundo se enfrenta a una inestabilidad sin precedentes. Desde un lugar oscuro y torturado, Bourne reanudará la búsqueda de respuestas sobre su pasado.

Como resultado de la Conferencia de Berlín de 1884-1885, la Cuenca del Congo es reclamada por el rey Leopoldo II de Bélgica, quien gobierna el Estado Libre del Congo en unión personal con la Historia de Bélgica#Imperio. El país está al borde de la bancarrota, ya que Leopoldo ha pedido grandes cantidades de dinero para financiar la construcción de transporte ferroviario en la República Democrática del Congo y otros proyectos de infraestructura. Envía a su enviado Léon Rom (Christoph Waltz) para asegurar los legendarios diamantes de Opar (ciudad ficticia). La expedición de Rom es emboscada y masacrada. Un líder tribal, el jefe Mbonga (Djimon Hounsou), le ofrece a Rom los diamantes a cambio de un viejo enemigo: Tarzán.