Los Asgard y tres Señores del Sistema Goa'uld se reúnen en el Comando Stargate para negociar una modificación de tratado, pero la subterfugio y la traición amenazan no solo el éxito de las negociaciones, sino también a la Tierra misma.

En un plan de los Tok'ra para eliminar a los Goa'uld, Daniel se infiltra como sirviente de Yu para liberar un veneno en una reunión de los señores del sistema. Mientras tanto, un ataque de los Goa'uld a la base de los Tok'ra deja al resto del equipo SG-1 ocupado.

Mientras continúa la cumbre de los Goa'uld, Daniel se encuentra cara a cara con Osiris. Lo engaña de la misma manera que lo hizo con Yu, pero no puede causar la muerte de Sarah, la huésped de Osiris. Permanece para descubrir información sobre el maestro desconocido de Osiris. Lantash, habiendo tomado al teniente Elliot como huésped, guía al resto del SG-1 para escapar de la base caída de los Tok'ra.

A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

Montando en el ascensor en el SGC, O'Neill es visitado por Daniel Jackson, quien necesita su ayuda. Daniel le dice que Anubis se dirige hacia Abydos para buscar algo llamado el Ojo de Ra, una reliquia que haría a Anubis todopoderoso. Es esencial que el SG-1 vaya a Abydos y asegure el Ojo, pero nadie lo ha visto, incluyendo a Daniel, y nadie ha podido encontrarlo. En el planeta, ven a su viejo amigo Skaara y, con la ayuda de Daniel, localizan el Ojo. También encuentran una tableta que habla de una ciudad perdida de los antiguos. Cuando Anubis y sus tropas aterrizan en masa, hay poco que alguien pueda hacer para detenerlos. Al final, queda en manos de Daniel decidir si intentará detener a Anubis, rompiendo así una regla cardinal de los Antiguos.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

En un último intento desesperado, O'Neill activó un arma antigua en la Antártida para derrotar a Anubis. Con Jack aún en estasis en el puesto avanzado de los Antiguos enterrado en la Antártida, el SG-1 intenta contactar a los Asgard. Mientras tanto, su nueva líder, la Dra. Elizabeth Weir, intenta decidir qué hacer con una solicitud de conversaciones de paz de los Señores del Sistema Goa'uld.

La flota Asgard logra destruir la nave Replicadora, con Carter a bordo, pero no puede contener los escombros. Las negociaciones se rompen con los Señores del Sistema, terminando en el envío de un Ha'tak para probar las nuevas capacidades defensivas de la Tierra. El Prometeo espera para enfrentar al enemigo entrante, pero Thor llega en la Daniel Jackson, con Teal'c a bordo. Solicitan la ayuda de Daniel y Jack, todavía en estasis, para eliminar la amenaza de los replicadores en el nuevo hogar Asgard.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.