Mientras recolecta artefactos en un planeta distante, Daniel Jackson queda inconsciente después de tocar un objeto similar a un espejo. Despierta en la misma habitación pero no puede encontrar a los demás miembros de SG-1. Suponiendo que se fueron sin él, marca el regreso a casa pero llega a encontrar que está en una realidad diferente. En este mundo, el General Jack O'Neill y Catherine Langford están a cargo del programa Stargate; Hammond es un Coronel que informa a O'Neill; y Sam Carter es una científica civil que trabaja en el proyecto (y también está comprometida con O'Neill). Más importante aún, la Tierra está siendo atacada por los Goa'uld, quienes ya han matado a más de mil millones de personas. Carter cree que de alguna manera, Jackson es de una dimensión paralela. Cuando Jackson descubre el punto de origen del ataque de los Goa'uld, quiere regresar a su propio universo, creyendo que su Tierra será atacada de manera similar.

Sam's father hopes that SG-1 can help find and neutralize Seth, an Ancient Goa'uld who the Tok'Ra believe may still be hiding on Earth after thousands of years.