SG-1 está proporcionando seguridad a tres científicos que están realizando investigaciones en un planeta lejano. El warlord Goa'uld Khonsu organiza capturar al equipo SG-1 y O'Neill le dice a Jay Felger, nominalmente el líder del grupo, que use la puerta y regrese a la base. Felger está bastante enamorado del equipo SG-1, admirando sus hazañas y audacia. En lugar de seguir las órdenes de O'Neill, Felger y otro científico, Simon Coombs, se transportan a la nave Goa'uld. Lo que los científicos no saben es que la captura de SG-1 es una estratagema para permitir que Khonsu, que en realidad es un Tok'ra, transmita información. O'Neill está bastante molesto con los dos científicos, pero su presencia resulta útil al final.

Montando en el ascensor en el SGC, O'Neill es visitado por Daniel Jackson, quien necesita su ayuda. Daniel le dice que Anubis se dirige hacia Abydos para buscar algo llamado el Ojo de Ra, una reliquia que haría a Anubis todopoderoso. Es esencial que el SG-1 vaya a Abydos y asegure el Ojo, pero nadie lo ha visto, incluyendo a Daniel, y nadie ha podido encontrarlo. En el planeta, ven a su viejo amigo Skaara y, con la ayuda de Daniel, localizan el Ojo. También encuentran una tableta que habla de una ciudad perdida de los antiguos. Cuando Anubis y sus tropas aterrizan en masa, hay poco que alguien pueda hacer para detenerlos. Al final, queda en manos de Daniel decidir si intentará detener a Anubis, rompiendo así una regla cardinal de los Antiguos.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

Con Jack teniendo de nuevo el conocimiento del antiguo repositorio en su mente, él y Daniel intentan desenterrar la ubicación de la Ciudad Perdida de los Antiguos. Bra'tac, trayendo consigo la noticia de un inminente ataque a los Tau'ri por parte de Anubis, lleva a Teal'c para ayudarlo a adquirir naves y guerreros para la defensa de la Tierra. La Dra. Weir intenta lidiar con la abrumadora naturaleza de su nuevo trabajo, mientras también lidia con el implacable ego del Vicepresidente Kinsey.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.