Con la muerte de Omoc, la posterior reconsideración repentina de Tollan sobre su embargo tecnológico lleva a SG-1 a sospechar de una conspiración gubernamental.

A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

El simbionte de O'Neill, Kanan, lo arrastra a un planeta gobernado por el Goa'uld Ba'al, donde Kanan estaba encubierto. Ba'al captura y tortura a O'Neill, cuya única esperanza puede estar en - ¿Daniel Jackson?!?

SG-1 brings back an Ancient device, the purpose of which is unknown. When Jonas touched it the device activated. Upon reaching the SGC Jonas sees a large red insect fly into a wall, but no one else can confirm his sighting. The SGC is put into lockdown, but nothing is found. Jonas suspects that the Ancient device is causing his hallucinations, but to his dismay it is set to be shipped to Area 51. When Teal'c and Jack see the bugs as well, General Hammond decides to let Jonas take a crack at deciphering the Ancient text on the device.

Durante un crucero de prueba del Prometheus, el regulador del hiperimpulsor de la nave queda irreparablemente dañado. Se descubre que un planeta cercano está listado en la cartulina de direcciones encontrada en Abydos, por lo que podría haber un Stargate. Después de un corto salto hacia el planeta, el reactor de Naquadria se sobrecarga y debe ser eyectado. Tras la explosión del reactor sobre el planeta, causando daños, el destino del SG-1 y la tripulación del Prometheus está en manos de un mundo que antes estaba controlado por los Goa'uld y con el que tienen un comienzo difícil.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

Un chico adolescente se presenta en el SGC afirmando ser Jack O'Neill. Recuerda un sueño en el que un Asgard lo estaba estudiando. Determinan que deben encontrar a este Asgard para arreglar lo que le han hecho a Jack.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

Having obtained permission to live off the base, Teal'c rents an apartment, telling neighbors that he has recently arrived from Mozambique. He's under orders to keep a low profile but can't seem to help himself when it comes to helping his neighbors. He helps one who is about to be assaulted by three thugs, but it's his next-door neighbor who seems to need assistance. Krista is having problems with her boyfriend, Doug. Teal'c soon realizes that Doug is beating her and warns him that should he hurt her, Teal'c will kill him. It all becomes very difficult when Doug is found dead in Krista's apartment. Daniel Jackson soon after receives an offer - translate a Goa'uld text, and he will get ironclad evidence that Teal'c is innocent. Meanwhile, Carter is shocked when her boyfriend Pete Shanahan tells he asked for a transfer to the local police department and asks her to marry him.

Cuando el Stargate es teletransportado fuera de la SGC en medio de la noche, Teal'c queda atrapado en otro mundo. El Dr. Jackson y la Coronel Carter intentan recuperar la puerta.

Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.

La plaga continúa propagándose entre la población de Estados Unidos y el Presidente ha puesto en cuarentena a la nación. Teal'c está suplicando al Alto Consejo Jaffa que rechace el Origen, pero Gerak llega, habiendo sido transformado por los Ori en un Prior. Cameron y Daniel buscan la sangre del Prior que causó la plaga para curarla, pero una vez más han sido capturados por los Sodan.

Leader of the Hak'tyl and their representative on the Jaffa High Council, Ka'lel has fallen in with those who work against a democratic Jaffa nation. Things worsen when she incapacitates and turns a well-spoken brother Jaffa who promoted democracy. Bra'tac comes to Hayes and SG-1 for help in finding a now missing Teal'c and uncovering the shadowy dealings in the Jaffa High Council. On Earth, Mitchell gets an old friend of his into a hospital where alien-based technology is used; hopefully, the advances they have made will be able to cure what ails him.

Mientras Daniel y Vala buscan el arma anti-Ori de Merlín en la biblioteca de Atlantis, Mitchell, McKay y Carter intentan marcar la Supergate Ori en la Vía Láctea.