La expedición de Atlantis se encuentra con una raza altamente avanzada, los Asurans. Inicialmente, creen que son los Antiguos. Sin embargo, esta nueva raza es solo una nueva cara de un viejo enemigo.

Después de descubrir que los Asurianos están construyendo una flota de naves, la Tierra envía su nave más nueva, el Apolo, bajo el mando del Coronel Abe Ellis, para iniciar un ataque preventivo y detenerlos antes de que ataquen a Atlantis o, aún peor, a la Tierra misma.

El equipo de Atlantis, junto con Weir y ahora con la capacidad de realizar grandes saltos en el hiperespacio solo con una jumper, debe ahora viajar al planeta de origen de los replicadores para robar uno de sus muchos ZPMs y traer de vuelta a la ciudad a la vida, y así completar el viaje hacia su nuevo planeta.

Un grupo de seres varados en el subespacio busca ayuda de Atlantis para regresar al espacio normal. Sin embargo, sus afirmaciones extravagantes y su comportamiento errático ponen a prueba la confianza de sus benefactores y los obliga a tomar una solución dolorosa.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.