El Jefe O'Brien atraviesa el horroroso sistema judicial cardasiano cuando es acusado por un crimen desconocido.

Quark se ve obligado a casarse con una viuda Klingon después de atribuirse el mérito por la muerte accidental de su esposo, el líder de una poderosa Casa Klingon.

Dukat regresa, despojado de su prestigio, para escoltar a Kira a una conferencia cardasiana sobre el Dominio. Pero un ataque de un saqueador klingon puede darle a Dukat la oportunidad de redimirse ante los ojos de su gobierno.

When the Mirror Universe counterpart of Sisko's deceased wife lures Jake to the other side, Sisko must follow and help the Terran resistance against the Alliance forces.

Con la guerra entre los Klingon y la Federación intensificándose, Sisko debe hacer un plan para exponer a Gowron como un cambiaformas. Odo sigue teniendo problemas para convertirse en un sólido.

La tripulación se ve obligada a retirarse en una nave Jem'Hadar estrellada después de un ataque de los Jem'Hadar. Tienen la sensación de que hay algo muy importante acerca de esta nave.

Mientras Worf ayuda a Quark a perseguir a su ex esposa Grilka, O'Brien y Kira se acercan incómodamente el uno al otro.

Jake, informando desde las líneas del frente, ve lo que realmente es la guerra.

An alien entity has possessed Keiko's body and is holding it hostage until O'Brien completes an assignment for it.

El descubrimiento de un Bebé Cambiante le da a Odo la oportunidad de corregir lo que ve como los "errores" en su crianza. Pero a medida que aumenta la presión de Starfleet por resultados, tiene que recurrir a su "padre", el Dr. Mora.

Un mensaje codificado desde el Cuadrante Gamma lleva a Garak a creer que su mentor, Enabran Tain, todavía está vivo. Él y Worf lo buscan, solo para descubrir algo mucho peor: una flota de invasión del Dominio lista para atacar el Cuadrante Alfa.

La estación se prepara para un ataque del Dominio. Worf y Garak conocen a unos amigos inesperados en un campo de prisioneros del Dominio.

El Dr. Bashir es seleccionado para ser el modelo de la próxima generación del Holograma Médico de Emergencia (HME). Pero se muestra reacio cuando sus padres son invitados a la estación para ser entrevistados por el programador del HME, el Dr. Zimmerman. Hay un oscuro secreto en su familia que teme que sus padres revelen.

Quark must wrestle with his conscience when he becomes involved with arms merchants.

Quark doesn't know whether to be panicked or overjoyed when he learns that his mother is the new lover of the Grand Nagus.

Jake y Nog pasan por todo tipo de dificultades, desde participar en una subasta hasta lidiar con el Dominio, para finalmente recibir una tarjeta de béisbol de Willie Mays, todo con el objetivo de animar al Capitán Sisko, agotado por la guerra.

Con las naves de guerra del Dominio continuando su entrada al Cuadrante Alfa, Deep Space Nine se prepara para enfrentarse al Dominio y a Cardassia.

Tomando prestada una nave de ataque Jem'Hadar capturada, Sisko y su tripulación se embarcan en una misión para destruir la base oculta donde se almacena todo el ketracel-white para todo el Cuadrante Alfa.

Sisko y su tripulación se estrellan en un mundo estéril cuando su nave Jem'Hadar confiscada es derribada. Se encuentran con Jem'Hadar que se estrellaron allí antes y han tomado como rehenes a Nog y Garak a cambio de ayuda médica para su supervisor Vorta.

Serving with his recruit son aboard a Klingon vessel, Worf finds his relationship with his son strained. Meanwhile, strained relationships abound on DS9 between Major Kira and Gul Dukat.

Después de formar un plan de ataque contra el Dominio, Sisko cede el mando del Defiant a Dax después de aceptar un ascenso. En DS9, la resistencia enfrenta el descubrimiento cuando Odo se enlaza con otro cambiaformas.

Sisko lleva a cabo un ataque para retomar DS9, mientras que Rom enfrenta cargos como enemigo del estado dominion.

La Federación ataca DS9 con la esperanza de mantener el campo de minas en el agujero de gusano intacto, mientras que el Dominio espera ingresar al Cuadrante Alfa desde el otro lado.

Suddenly desiring to wed within the week on DS9, Worf and Jadzia go through their own Klingon rituals: Worf on a four day bachelor party with the male members of the crew & Jadzia deals with her prospective mother-in-law, who totally opposes the idea of "an alien" marrying into her Klingon household.

Major Kira takes a romantic interest in the mirror universe counterpart of her deceased lover Bareil after he transports himself into her universe and onto DS9.

Un grupo de humanos genéticamente modificados son llevados al Dr. Bashir en DS9 con la esperanza de integrarlos con el resto del universo.

A petición del Gran Nagus, Quark organiza una misión para rescatar a la madre de Quark, quien está en manos del Dominio.

Un antiguo cliente de Quark le deja todos sus bienes en herencia.

Un ataque de los Dominion a la Defiant pone en peligro a Dax, Bashir y O'Brien a bordo de la lanzadera U.S.S. Rubicon mientras entran en una anomalía que los reduce a un tamaño muy pequeño. Desafortunadamente, estaban siendo mantenidos estables por la Defiant dentro de un rayo tractor, que fue desactivado durante el ataque.

After receiving some disturbing information from Gul Dukat, Major Kira seeks Sisko's approval as Emissary to travel back in time to find out the truth about her mother.

A Vulcan captain challenges Sisko to a game of baseball.

Un Vorta le ofrece a Odo información valiosa sobre el Dominio a cambio de asilo. Mientras tanto, Nog utiliza sus conocimientos Ferengi mientras regatea para obtener una pieza valiosa de equipo para el Jefe O'Brien.

Un Kor anciano solicita la oportunidad de morir con honor como guerrero.

Kira is kidnapped and taken to Empok Nor by a member of a Pah'Wraith cult and discovers the group leader is Gul Dukat.

Ezri travels to her family home in search of Chief O'Brien who has discovered a murdered woman connected with the family and the Orion Syndicate.

Quark and Rom have to rescue Grand Nagus Zek who's being held captive in the alternate universe.

After searching out and finding Odo, another changeling asks him to leave DS9 with him, even though the rest of the crew aren't convinced the new changeling is not part of the Founders.

When the ship Worf was serving on is attacked in battle and all search efforts are abandoned, Ezri takes a runabout in search of him against Sisko's orders. Meanwhile, Sisko proposes to Kassidy Yates.

Los Profetas le han dicho a Sisko que no aprueban su próximo matrimonio. Después de haber sido capturados por los Breen, Ezri y Worf aún no saben por qué los Breen se molestarían en capturarlos. Algunos cardassianos están comenzando a pensar que su alianza con el Dominio fue un grave error. Gul Dukat, disfrazado como bajorano, pisa DS9 y continúa desplegando su plan.

Kai Winn se involucra sin saberlo con Gul Dukat, que ha sido sometido a una cirugía para parecerse a un bajorano, utilizando el nombre de 'Anjohl'. Las tensiones aumentan aún más entre Weyoun y el Legado Damar, mientras que el Dominio se reúne para firmar un tratado de paz con los Breen, que incluye otorgar a los Breen ciertos territorios cardasianos. Después de haber sido prisioneros del Dominio, Ezri y Worf intentan escapar del mundo natal cardasiano.

Después del ataque de los Breen a la Tierra, abundan las emociones encontradas en DS9. Kai Winn revela sus verdaderos sentimientos hacia los Profetas a su guía espiritual, un granjero bajorano llamado Anjohl, que en realidad es un Dukat alterado quirúrgicamente, y ella los abandona, convencida por él de abrazar a los Pah Wraiths. En el mundo natal de Cardassia, el Legado Damar lidera una resistencia contra el Dominio.

Kira es enviada detrás de las líneas Cardassianas en un intento de entrenarlos en la lucha de resistencia. Cuando el Dr. Bashir se entera de la enfermedad mortal con la que Odo está infectado, encuentra resistencia al intentar obtener los expedientes médicos de Odo de Starfleet. Martok es sorprendido por Gowron cuando llega a DS9, anunciando que ha asumido el mando de la flota Klingon.

Odo se ve más afectado por la enfermedad que amenaza con eliminar a su raza de lo que deja entrever, mientras Kira tiene que lidiar con la aversión de los Cardassianos hacia ella. Aunque el General Martok ve el movimiento del Canciller Gowron como parte de una vendetta política, no hace nada al respecto. Worf sospecha que las estrategias militares de Gowron están destinadas a humillar las habilidades de mando de Martok, sin tener en cuenta las consecuencias que esto tiene para los Klingons en su conjunto. Mientras tanto, O'Brien sugiere a Bashir que anuncie que ha encontrado una cura para la enfermedad de los Cambiaformas con el fin de atraer a alguien de la Sección 31 a DS9.

Odo comienza a recuperarse de la enfermedad mortal que el Dr. Bashir le dice que fue creada por la Sección 31 para exterminar a toda la raza de los Fundadores. Una misión de resistencia sale mal para Kira y Garak, y terminan escondiéndose en el sótano de la casa en la que Garak creció. Pronto escuchan que el Legado Damar, quien había estado en su misión y estaba escondido con ellos, acaba de convertirse en una víctima de la guerra. El Gran Nagus ha elegido a Quark como su sucesor, ante su inminente retiro en el planeta de placer, Risa.

A medida que la Guerra del Dominio llega a su fin, Dukat se acerca a los Pah Wraiths para despertarlos. Mientras tanto, el Dominio se vuelve contra los cardasianos rebeldes, destruyéndolos ciudad tras ciudad. ¿Prevalecerá la Alianza sobre el Dominio? ¿Podrá Garak y la Rebelión detenerlos antes de la destrucción de Cardassia? ¿Logrará Sisko detener el ascenso de los Pah Wraiths?