Comienza el juicio por el asesinato de Janice, donde Kelly arriesga las consecuencias al testificar a favor de Janice sobre su breve romance, lo que resulta en la investigación de la Oficina de Asuntos Internos en su contra. Mientras tanto, Sipowicz trabaja con una mujer maltratada que se niega a testificar contra su esposo. Medavoy, Martinez, Sipowicz y Kelly investigan robos a traficantes de drogas en sus apartamentos. El patrocinador de AA de Sipowicz quiere que acepte cumplir un contrato antes de permitirle intentar reiniciar su relación con Sylvia. Donna intenta darle consejos a Medavoy sobre cómo lidiar con su divorcio. Además, Robin deja a Kelly de manera definitiva cuando él le dice que todavía tiene sentimientos por Janice.

Asuntos Internos comienza a investigar el arresto de los oficiales Kelly y Sipowicz de los agentes que atraparon robando apartamentos de traficantes de drogas, luego comienzan a investigar el manejo que Kelly hizo del cuaderno que era parte del caso de Medavoy. Continúa el juicio por el asesinato de Janice, quien sube al estrado para dar un testimonio emocional sobre su involucramiento involuntario con la mafia y es enviada a prisión con una condena de dos años. Mientras tanto, Kelly y Sipowicz investigan un doble asesinato.

Martínez investiga la muerte de un bebé en un automóvil como resultado de un aparente tiroteo desde un vehículo en movimiento. Mientras tanto, Lois Snyder contacta a Sipowicz en busca de ayuda, ya que un policía con el que estaba pasando el rato murió en una posición comprometedora y él traslada el cuerpo a un lugar menos visible. El exnovio de Lesniak, el oficial Abruzzo, sigue apareciendo en la comisaría y acosándola, mientras que al mismo tiempo, Lesniak choca con el autoritario Vince Gotelli por sus habilidades laborales y los objetos provocativos que guarda. El futuro de Kelly en el departamento se decide cuando Asuntos Internos llega a la comisaría para reinvestigar algunos de sus casos antiguos y el resultado es que Haverill traslada a Kelly a tareas de despacho en el distrito. Pero Kelly decide renunciar a la fuerza y, después de despedirse de Sipowicz, entrega su placa definitivamente.

Sipowicz investiga el asesinato de un proxeneta en el que las pruebas señalan a un policía al que Sipowicz ayudó una vez con un problema. Más tarde, Simone menciona el caso a su novia, la periodista Benita, y pronto se arrepiente cuando la historia sale en los periódicos, lo que lleva al sospechoso a suicidarse. Benita niega haber filtrado la historia, pero Simone se niega a creerle y termina su romance. Mientras tanto, el ex novio de Donna, Harold, un ex jugador de hockey de los New York Rangers, regresa a la ciudad y se encuentra con Donna, mientras Medavoy reacciona con celos. Donna confía en su hermana, Dana, pero ella manipula a Donna sembrando la ansiedad sobre Medavoy y su neurosis. En otro lugar, Martinez comienza a desarrollar sentimientos por Lesniak.

Fancy no está entusiasmado cuando Ronnie Drucker, un detective bajo vigilancia de Asuntos Internos, es asignado al equipo y se le pide a Simone que lo vigile. Tanto Drucker como Simone trabajan en un caso en el que se acusa a un anciano de exhibirse ante un niño. Sipowicz, Martinez y Russell investigan el asesinato de un proxeneta en una lavandería que es presenciado por una joven sin hogar que resulta ser Holly, la adolescente fugitiva que ayudó a los detectives en un caso anterior (del episodio 'The Bank Dick'). Mientras tanto, John Irvin le pregunta a Sipowicz si debería acercarse a Lesniak para felicitarla por "salir del clóset". Pero ella no quiere escuchar su discurso sobre el orgullo gay, al igual que todos los demás.

Simone y los hombres de Asuntos Internos comparten al sospechoso después de que Simone obtiene información de su amigo encarcelado, Ray, sobre un caso en el que Mike Roberts trabajó una vez. Mientras tanto, Fancy y Sipowicz trabajan juntos en el caso de un tirador confeso en un tiroteo en el vecindario, y una vez que conocen la historia, ayudan al tirador. Medavoy investiga el caso de agresión de un actor que resultó herido en una pelea escenificada que salió mal.

Simone y Sipowicz investigan un asesinato, pero los procedimientos que deben seguir los hacen impopulares en la comisaría cuando podría estar involucrado otro policía. Mientras tanto, Medavoy y Kirkendall investigan el asesinato de una niña donde la única pista es una cinta de video en la que ella aplastaba gusanos. Russell desaparece y eventualmente aparece en el apartamento de Simone, donde ella le recuerda que su padre abusó de ella cuando era niña.

Simone and Sipowicz get another case involving the shooting of a rap artist who refuses to cooperate with them in the identification of his assailant. Meanwhile, Abby tells Medavoy that she and Kathy are trying to start a family and asks him to donate his sperm to her so Abby will get pregnant. Officer Szymanski, the racist cop who pulled over Fancy, tells him that he thinks Fancy was one of the ones responsible for his being set-up and caught in the alleged theft of a drug dealer's money. Also, Simone is approached and propositioned by FBI agents to help them with their ongoing investigation into the affairs of mobster Joey Salvo. Elsewhere, the night shift detective, Vince Gotelli, tells Simone and Sipowicz about a heart medical condition of his.

Vince Gotelli, embriagado, es arrestado después de "secuestrar" un autobús de la ciudad y estrellarlo. Fancy se reúne con el jefe del conductor del autobús para llegar a un acuerdo sobre su investigación y sugiere que Gotelli reciba tratamiento médico. Pero se necesita una intervención forzada de Martinez, Medavoy y Russell para convencer a Gotelli de que busque ayuda médica y psiquiátrica, en la cual Gotelli decide renunciar definitivamente a su placa. Mientras tanto, la continua colaboración de Simone con el FBI hace que su vida sea miserable cuando los hombres de Asuntos Internos lo investigan por el número de placa gubernamental del automóvil de Salvo que él consultó, y se frustra al no poder decirles, ni siquiera a Sipowicz, sobre lo que está haciendo. En otro lugar, Sipowicz y Simone investigan la golpiza y el asesinato de una mujer en su apartamento y lidian con el superintendente emocionalmente sensible del edificio, a quien creen que sabe más de lo que les está diciendo.

La continua participación de Simone en la operación encubierta del FBI contra Joey Salvo pone en peligro su carrera cuando los hombres de Asuntos Internos lo investigan y lo suspenden de sus funciones. Mientras tanto, Sipowicz y Russell investigan el espantoso asesinato de una joven, donde un psiquiatra llamado Dr. Wentzel insiste en implicar al padre de su paciente en el asesinato. Martinez y Medavoy tienen problemas con una víctima arrogante de un robo, que es escritora de una revista local que escribió una historia negativa sobre la policía de la ciudad de Nueva York. La participación de Simone con el FBI alcanza un clímax impactante cuando, en una reunión secreta con Salvo, el mafioso es alcanzado por disparos de un asesino invisible. Sipowitz, siguiendo a Simone, llega a la escena y ve a Simone parado sobre el cadáver de Salvo... ¡y piensa que Simone lo mató!

En los cuatro meses desde el asesinato de Joey Salvo, Simone está trabajando en empleos ocasionales ya que ha sido suspendido por Asuntos Internos mientras se lleva a cabo la investigación, mientras se acerca a Sipowicz preguntándole sobre su y otras provocaciones por parte del FBI, quienes creen que la muerte de Salvo fue un trabajo interno dentro de Asuntos Internos, y el teniente Shannon de Asuntos Internos le dice al teniente Fancy que puede conocer a la persona que mató a Salvo. Mientras tanto, Gina descubre que está embarazada, pero duda en decírselo a Martinez.

Medavoy inicia su propia investigación cuando Abby, y su novia Kathy, son disparadas por un intruso en su apartamento, en el que Kathy muere y una Abby afligida no puede responder a las preguntas de Medavoy sobre su pasado y su ex amante que podría haber sido el agresor. Mientras tanto, Simone, Sipowicz y Russell investigan a un sospechoso después de que se encuentra el cuerpo carbonizado de una joven en un vehículo abandonado. Además, Gina tiene complicaciones con su embarazo y se retira del trabajo durante unas semanas.

Los detectives buscan la verdad cuando un oficial de policía blanco fuera de servicio con un historial de racismo dispara contra un policía encubierto afroamericano. Dolores es arrestada por robo en tiendas.

Los detectives se encuentran atrapados entre el F.B.I. y Asuntos Internos cuando un oficial fuera de servicio es asesinado durante un robo. Medavoy se convierte en víctima de la travesura traviesa de Sipowicz.

Un tirador dispara contra Fancy durante una vigilancia. Sipowicz teme que la degradación de Dornan pueda estar relacionada con la reapertura del caso Suarez.

Sorenson y Sipowicz investigan cuando un compañero oficial dispara a un traficante de drogas; Russell y Kirkendall intervienen en favor de Gotelli cuando un hombre descontento vandaliza repetidamente el auto de su vecino mafioso.

Danny y Andy presencian un asalto que parece haber sido perpetrado por los chicos de azul. Jill considera salir nuevamente con su ex esposo.

IAB está acercándose a Jill. Jill explica la influencia que Don tiene sobre ella. Andy permanece al lado de Theo mientras se somete a pruebas para determinar si tiene cáncer. Se realizan cambios en el departamento debido a las consecuencias de la ex-esposa de Jill.

Los detectives investigan un homicidio múltiple en un restaurante de comida rápida; un adicto entrega a su hija de 5 años y medio como garantía a un traficante de drogas por un préstamo vencido; Asuntos Internos reabre el caso de Kirkendall.

Andy es testigo de un atraco en la calle y dispara al auto de escape. El detective McDowell es asignado para llenar nuevamente en el equipo.

El equipo investiga dos homicidios: un hombre gay que golpeó su cabeza después de ser golpeado y otro hombre que fue disparado en la calle. Rodríguez es incriminado por Asuntos Internos para aceptar un soborno de un viejo amigo.

Los casos del día incluyen un robo de un carro blindado que dejó a un guardia muerto, y el homicidio de una mujer cuyo cuerpo fue encontrado en un camión de basura; Sipowicz interviene en el caso de la IAB contra Rodríguez.

La temperatura está subiendo. Sipowicz recibe una amenaza de muerte. Una prostituta es asesinada, lo que hace que Asuntos Internos sospeche de Clark. Se descubre un gran alijo de drogas y dinero en efectivo. Encuentran a una mujer mayor atada y golpeada.

IAB comienza a entrevistar a los oficiales que estaban en el diario, y Sipowicz y Clark son acusados de ser soplones. Aparece una trabajadora social que aparentemente se ha quitado la vida. Un ex policía quiere que sus cenizas sean enterradas en la comisaría.

Andy y Theo se mudan. Tony está pensando en dar por terminada su relación con su ex esposa. Sipowicz y Clark Jr investigan las amenazas hechas a Clark Sr. Un joven perturbado y esquizofrénico sigue diciendo "no puede respirar".

Con la esperanza de liberar a Clark de la cárcel, Sipowicz busca a traficantes de drogas que puedan tener conexión con Laughlin; McDowell y Ortiz investigan una serie de violaciones en un parque en las que el agresor obligaba a las parejas de las víctimas a presenciar los ataques.

Los detectives investigan el asesinato de un hombre homosexual que brindaba alojamiento y comida a los liberados latinos a cambio de sexo; McDowell y Ortiz buscan pistas cuando un activista comunitario es apuñalado hasta la muerte.

Los detectives buscan a un hombre sospechoso de matar a minorías para vengar las heridas que su hermano sufrió durante la primera Guerra del Golfo; Sipowicz y McDowell planean casarse.

Sipowicz y Clark investigan la muerte de un travesti del cual un amigo insiste que tenía una relación con un hombre casado; la mano de un cirujano resulta gravemente cortada durante un robo; y Rodriguez testifica en el juicio de Fraker.

El trabajo fuera de servicio y un poco deshonesto de Andy para demostrar que Hatcher mató a su propia esposa lo lleva a ser trasladado fuera del 15º distrito y hacia la Morgue de Bellevue, maniobrado por el detective Hatcher. Mientras tanto, el equipo está ocupado con el caso de una dominatrix encontrada asesinada.

Después de ser disparado fuera de un bar, Sipowicz descubre la identidad de la persona que ha estado acosándolo.