Liderados por Sam y Callen, los efectivos de la Oficina de Proyectos Especiales trabajan contrarreloj en un nuevo caso: el robo de un convoy que transportaba un misil armado a un nuevo emplazamiento. Tras realizar las primeras investigaciones, los agentes descubren que el conductor del camión es un extremista islámico que trabaja en una empresa de informática. Cuando las fuerzas de seguridad localizan al sospechoso, éste se suicida. Poco después, los expertos del NCIS descubren que un vídeo del robo del misil se ha enviado desde una de las aulas de la Universidad. Kensi decide entonces infiltrarse en el campus para descubrir a los responsables del robo.

Sam y Callen se embarcan en una nueva misión: localizar y capturar a Walton Flynn, empleado de la empresa de seguridad privada Citdential quien tras volverse loco en Irak, asesinó al importante hombre de negocios iraquí al que estaba protegiendo. Poco después, los efectivos de la Oficina de Proyectos Especiales descubren que el escolta ha pedido ayuda a una compañera del instituto de la que está enamorado, por lo que los agentes se infiltran en su entorno para descubrir la razón por la que quitó la vida a su protegido.