Gibbs y Tony siguen a EJ y a su equipo hasta un edificio casi vacío; descubren que el asesino P2P ha matado a Levin, dejado gravemente herido a Cade y secuestrado a EJ; Gibbs persigue al sospechoso y a EJ; la encuentra, abandonada a su suerte para sofocarse. McGeek rastrea un número de teléfono hasta CI-Ray (el novio de Ziva). Ducky, con la ayuda de Gibbs, explica los cambios en el modus operandi del asesino. EJ secretamente saca un pequeño objeto del antebrazo izquierdo de Levin. Ziva intenta interceptar a Ray, pero Cobb, el sospechoso, la intercepta y la secuestra; más tarde, mientras Gibbs, Tony, McGee y EJ están presentes dentro de una habitación de hotel, Cobb llega, entra y se rinde, pero se niega a decir dónde puso a Ziva. Sin embargo, Abby proporciona pistas sobre un lugar donde el grupo más Ray encuentra y rescata a Ziva, quien da explicaciones. De regreso en la sede, Cobb escapa con dos rehenes; Gibbs y los demás lo siguen; una confrontación pone fin a la carrera del asesino P2P. El SecNav renuncia y su sucesor le asigna a Tony una tarea altamente sensible y clasificada.

Tony, durante su tarea para el SecNav, recibió fuego y sufrió una conmoción cerebral, y adquirió el emblema ensangrentado de otro agente del NCIS; sin embargo, no tiene memoria de sus actividades. Gibbs y un psicólogo ayudan a Tony a comenzar a recuperar su memoria.

Un equipo de abordaje de un cortador de la Guardia Costera visita un barco de carga de bandera extranjera; no se ve a ningún miembro de la tripulación, pero un pistolero mata a un suboficial. El NCIS y el CGCIS investigan. Gibbs, Borin y el grupo lo resuelven y hacen justicia.

Un avión se estrella cerca de la Base de la Fuerza Aérea de Dover, Delaware, mientras transporta los restos de seis Marines de Afganistán; Abby no encuentra el ADN de uno de los seis; Gibbs y otros consideran la posibilidad de que ese uno aún esté vivo. [Continuar.]

Gibbs y Ziva vuelan a Afganistán para buscar a la Teniente Flores o su cuerpo; Abby descubre dónde podría estar; un equipo de extracción la encuentra y la salva. De regreso en Estados Unidos, Gibbs y el equipo anticipan qué sucederá a continuación, encuentran a un mal tipo y evitan una explosión.

Dos chicos encuentran el cuerpo de un comandante de la Marina en un tranquilo vecindario suburbano; Gibbs y su equipo investigan. EJ Barrett reaparece después de su ausencia, pero sigue siendo un objetivo. Otro hombre muere, y el grupo protege a EJ y encuentra y atrapa al asesino.

Mientras Gibbs y Tony se encargan de la seguridad de la SecNav, un pistolero dispara al secretario; el NCIS investiga en silencio con la ayuda del Dr. Ryan. Está involucrado el chantaje; el equipo y Ryan lo descubren y encuentran a un hacker y al malo.

Después del ataque a NCIS, el Presidente ordena a todas las agencias perseguir a Harper Dearing con "extrema determinación". Mientras tanto, Ducky intenta recuperarse de su ataque al corazón.

Gibbs y su equipo continúan investigando los asesinatos en la casa de Vance, buscando a quien contrató al tirador; la pandilla identifica al sicario y luego descubre quién es el responsable. Ziva entierra a su padre y Vance y el equipo entierran a Jackie.

Parsons se queja de su proyecto; luego una bomba explota, matando al SecNav; Gibbs se ofrece como voluntario para una operación especial, que lo lleva a Irán, donde se encuentra con Parsons y juntos investigan. Tony intenta seguir a Ziva en Israel. [Continuar.]

En un esfuerzo por encontrar al terrorista Parsa, Gibbs y el equipo de NCIS rastrean a uno de sus cómplices usando evidencia del ataque con drones. Mientras tanto, un emocionalmente afectado McGee lucha con las ramificaciones del incidente.

Es la temporada para hackear. En una carta navideña a su padre, McGee describe en detalle un caso en el que él, Gibbs y el resto del equipo de NCIS investigan a los hackers responsables de la caída de Internet en el área de D.C.