Mientras un eclipse total deja su sombra alrededor de La Tierra, un profesor de genética en la India es conducido por la desaparición de su padre a descubrir una teoría secreta - hay personas con superpoderes conviviendo con nosotros. Un joven soñador trata de convencer a su hermano político de que puede volar. Una animadora de instituto se da cuenta de que es totalmente indestructible. Una madre soltera que hace lo imposible para intentar sacar adelante a su joven hijo, descubre que su imagen en el espejo guarda un secreto. Un talentoso artista cuya adicción a las drogas está destruyendo su vida y su relación con su novia, puede pintar el futuro. Y en Japón, un joven desarrolla una manera de parar el tiempo. Aun así, desconocido para todos ellos, su último destino es nada más y nada menos que salvar el mundo.

Mientras gente de todo el mundo se encuentra con sus vidas desbaratadas por sus nuevas y extraordinarias habilidades, las autoridades investigan varios extraños y espantosos asesinatos. En el lugar extraño y espantoso de un crimen, el policía de Los Angeles Matt Parkman es el único que puede escuchar el llanto de una niña pequeña desaparecida. Claire casi hace público su secreto después de que la cinta donde grababa los intentos de hacerse daño haya desaparecido. Pensando que se está volviendo loca, Niki, tras despertarse y encontrar varios matones muertos en su garaje, no recuerda lo que pasó en las horas previas. Además deberá hacer frente a los servicios sociales por Micah. Mientras Hiro investiga Nueva York, Nathan se enfrenta a Peter, siguiéndole tras lanzarse desde un edificio.

Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Suresh por fin consigue encontrar a uno de los genéticamente avanzados "superhombres" de los que hablaba su padre. En Las Vegas, el plan de Hiro fracasa cuando intenta controlar el tiempo para beneficiarse en las mesas de apuestas. Los mafiosos a los que debe dinero Niki usan su deuda para su propio beneficio en un plan bastante elaborado, mientras que Nathan hace una visita a un rico donante de Las Vegas para conseguir fondos adicionales para la campaña. Siguiendo un trágico desenlace de una hoguera, los poderes de Claire son puestos a prueba de forma definitiva, pero de acuerdo con las pinturas de Isaac, su futuro puede estar cargado de incluso más peligros. Mientras tanto, las habilidades de Matt son puestas a prueba por un par de hombres que parecen saber mucho sobre la gente con dones especiales.

Niki, tras volver de una de sus pérdidas de consciencia y de memoria, encuentra a la policía en la puerta de su casa, buscando a D.L. Hawkins, su marido fugitivo. Claire se confiesa a su padre, y Hiro y su amigo son atacados por unos grandes apostadores de Las Vegas. Peter recibe un mensaje, de una fuente desconocida, que cambiará su vida. Mientras tanto, Matt usa a escondidas su poder de leer las mentes para anticiparse a las necesidades de su mujer. Consternado por los sucesos recientes, Suresh planea volver a la India y dejar descansar la memoria de su padre, así como toda su investigación.

Hiro y su amigo se embarcan en su heroica jornada hacia Nueva York cuando un "pez gordo" les hace una oferta que no podrán rechazar. H.R.G. organiza el encuentro entre Claire y sus padres biológicos, en el que la chica espera encontrar respuestas a sus preguntas sobre su indestructibilidad. Mientras tanto, Isaac recibe otra extraña llamada de Hiro, pero es Peter quien contesta esta vez y le da un importante mensaje. Suresh se despide de Eden puesto que vuelve a la India a enterrar a su padre. Un inesperado visitante aparece en la casa de Niki.

De vuelta a la India para llorar la muerte de su padre, Mohinder tiene varios sueños del pasado que le obligan a preguntase qué camino tomar. En su viaje a Nueva York, Hiro y Ando hacen una parada en un bar y conocen a alguien bastante interesante. Claire por su parte intenta hacer una vida normal, centrándose en un baile del instituto sin saber todo lo que está por llegar. El hombre de las gafas de pasta y un aliado suyo bastante sorprendente centran su atención en otro "héroe".

Mientras el hombre de las gafas de pasta intenta proteger a su hija por todos los medios, Claire ve como el baile de bienvenida se convierte en una noche aterradora. Nathan y Simone trabajan juntos para recuperar la pintura de Isaac para Peter, pero esta "llave al futuro" podría provocar una tragedia. En otro lugar, Hiro viaja atrás en el tiempo para corregir un error. Niki se fija una meta, y Micah sigue con su padre. Aún experimentando extraños sueños mientras está en la India, Mohinder se vuelve a interesar en la investigación de su padre gracias a un niño.

La historia de este capítulo tiene lugar seis meses antes de los sucesos actuales. El padre de Mohinder, Chandra Suresh, llega a Nueva York para comenzar su búsqueda de los individuos con habilidades extraordinarias, y conoce a alguien muy deseoso de ser especial. Peter celebra su graduación de la Escuela de Enfermeros, y descubre que Nathan seguirá adelante con un caso que podría significar problemas para toda la familia Petrelli. Una visita sorpresa de su padre saca lo peor en Niki. Hiro intenta ser un héroe y cambiar el futuro para algo importante. Claire se une al equipo de animadoras y hace un curioso descubrimiento. Por su parte, el hombre de las gafas de pasta y el Haitiano se encuentran con alguien especial.

Los trágicos sucesos en Texas han tenido tristes y serias repercusiones para muchos de los "héroes", sus familias y amigos. Se revelan los impactantes detalles sobre la predicción de Isaac sobre la bomba nuclear en Nueva York. El nuevo cuadro de Isaac tiene increíbles implicaciones con el futuro de un héroe en crisis. Suresh ya da sus primeros pasos en su nuevo camino. Matt y la agente del FBI Audrey Hanson investigan una brecha en el caso de Sylar. Aterrorizada por los nuevos hechos de Jessica, Niki toma una difícil decisión para proteger a su familia.

La historia se sitúa cronológicamente dos semanas después de lo ocurrido en el último capítulo, con Nathan determinado por salvar a un Peter comatoso, lo que le lleva a acudir a Simone pidiéndole ayuda. La pintura de Isaac "Hiro contra T-Rex" inspira a Hiro y Ando, que comienzan la búsqueda de la espada Samurai. Jessica sigue sin admitir la decisión de Niki de entregarse a la policía. Con su socia Eden muerta y Matt en los talones, H.R.G. intenta centrar sus órdenes respecto a Sylar. Después de que el Haitiano ofreciera a Claire una segunda oportunidad, Claire lucha con los cambios que ha producido la decisión que ha tomado. Retomando la búsqueda de su padre, Suresh intenta compartir la información que tiene sobre quién está "en la lista" de gente con especiales poderes y las amenazas que pesan sobre sus vidas. Mientras tanto, un nuevo héroe hace un impactante debut.

Mientras le persiguen unos desconocidos, la búsqueda de la espada por parte de Hiro da un giro cuando su padre aparece. Un rehabilitado Isaac se dedica a parar la destrucción de Nueva York... y a parar a Peter también. Claude, un hombre invisible con un misterioso pasado, puede tener mucho que enseñar a un futuro héroe. D.L. se las ve con sus nuevas responsabilidades familiares mientras Matt se sincera con su mujer Janice. H.R.G. se centra en su asesino cautivo, Sylar. Después de buscar al Haitiano, Claire se embarca secretamente en la búsqueda de sus verdaderos padres biológicos. Mientras Mohinder trabaja buscando a la gente de "la lista", recibe una inesperada visita.

Hiro lucha por hacer entender a su padre, un magnate importante, y a su ambiciosa hermana su nuevo destino heroico. Niki tiene una nueva oportunidad de estar con D.L. y Micah de nuevo, ¿pero se quedará con ellos? Claude intenta enseñar a Peter a aprovechar sus poderes, pero el proceso podría echar por tierra la confianza de Peter en sus personas más allegadas. Convencida de querer encontrar a su madre biológica, Claire llega a un camping de caravanas en Texas. Mientras tanto, Sylar da un giro inesperado contra H.R.G. y su familia.

Cuando se descubre la escandalosa verdad sobre quién es el padre biológico de Claire, su madre adoptiva se enfrentará a una crisis. Matt consigue un trabajo como guardaespaldas de un abogado deshonesto, lo que le pone en el punto de mira del nuevo asesino a las órdenes de Linderman. Hiro y Ando vuelven a Las Vegas a encontrar la espada, pero su misión se ve interrumpida por una damisela en apuros. Suresh encuentra en la lista, y sin saberlo, él mismo se pone en peligro. Mientras tanto, Simone recurre a una inesperada ayuda en su lucha y la de Nathan por encontrar a Peter.

Peter se da cuenta de que él y Claude han podido ser traicionados. Matt se une al hombre radiactivo Ted Sprague y a Hana Gitelman, la mujer con habilidades mentales "wireless". Hiro tiene que tomar una decisión dura en cuanto a su misión. Claire ya no puede aguantar su enfado contra su padre.

Matt Parkman y Ted Sprague vuelan a Texas para su búsqueda de respuestas y toman como rehenes al hombre de las gafas de pasta y a su familia. Se revelan nuevos datos sobre el Sr. Bennet, sobre la agencia para la que trabaja y sobre cómo encontró a Claire.

A causa de las elecciones y de la cercanía de la destrucción de Nueva York, Nathan se reúne con Linderman. Hiro intenta robar la espada, lo que le hace dirigirse por un nuevo camino. Suresh y Sylar hacen progresos con la lista, con un coste muy alto. D.L. comienza a sospechar de problemas en casa. Isaac cada vez pinta más cuadros más terroríficos. Una nueva heroína se dará a conocer, Candice Wilmer.

Después de "ayudar" a Suresh a buscar a más gente con habilidades especiales, Sylar se enfrenta a dos "héroes". Nathan deberá aplicar lo que ha aprendido de Linderman en varias decisiones difíciles que darán forma a su futuro, al de su familia, a la ciudad de Nueva York y al mundo entero. Mientras Thompson usa cada herramienta que tiene para encontrar a Claire, Linderman recluta a Jessica para sus planes a largo plazo. Por su parte, la determinación de Hiro por salvar al mundo se ve fortalecida por una triste realidad.

Después de haber robado la espada y haberse teletransportado cinco años al futuro, Hiro y Ando son testigos del futuro triste y horroroso que les espera a nuestros héroes. Habiendo saltado cinco años al futuro, Hiro y Ando descubren que la gente con habilidades extraordinarias no sólo son conocidas en todo el mundo (después de la destrucción de Nueva York y la muerte de millones de personas), además los "héroes" están siendo registrados, encarcelados, cazados e incluso asesinados como "terroristas". Mientras el Presidente da el primer paso hacia una "solución final", Hiro y Ando se verán involucrados en la que podría ser la batalla final de los "Héroes" y se encontrarán con un nuevo y oscuro grupo de caras familiares. Si sobreviven a esta experiencia, ¿podrán volver al presente y salvar al mundo?

Mientras Nathan y su familia se preparan para las elecciones, Hiro y Ando hacen frente a la parte difícil de salvar al mundo. Ya sabiendo lo que pasará si fallan en su misión, la determinación de Hiro y Ando para salvar al mundo se pone a prueba. Comprometido con la causa, Nathan emprende acciones sorprendentes para garantizar su elección. Jessica y D.L. empiezan a entender qué tiene que ver su familia con los planes de Linderman. Thompson atrae a alguien nuevo a su compañía, mientras que Sylar, con sus manos más llenas de sangre, visita a su madre.

Cuando está todo preparado para convertirse en un miembro del Congreso, Nathan considera el coste que traerá a sus seres queridos, con el consejo de su madre y la profecía de Linderman. Mientras se prepara para enfrentarse a muerte con Sylar, Hiro recibe novedades de su linaje por parte de su padre. Varios "héroes" llegan a Nueva York, mientras que Peter y Ted intentan abandonarla antes de la ya inevitable explosión. H.R.G. y Matt descubren la sorprendente verdad que hay detrás del sistema de seguimiento usado con personas con habilidades especiales.

Con las horribles predicciones de Isaac cumpliéndose delante de ellos, la gente con habilidades extraordinarias se enfrenta a momentos de verdadero dolor y peligro en la Kirby Plaza con inquebrantable heroísmo, mientras el primer volumen de Héroes llega a su fin... y el siguiente comienza de forma sorprendente.

Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Peter cae en manos de gansters irlandeses que saben acerca de su pasado. Hiro intenta contener el daño causado por su viaje en el pasado. Kensei su poder será revelado. Suresh localiza y cura al Haitiano. Matt investiga el asesinato del Sr Nakamura. West trata de saber de los poderes de Claire. Maya y Alejandro encuentran en Mexico que sus facultades son más un obstáculo que una ayuda.

Suresh encuentra una pintura sin descubrir de Isaac Mendez que muestra la muerte de una persona; Maya libera de una cárcel de México a Alejandro; en el pasado Hiro descubre algo nuevo acerca de Kensei, y Niki y Micah dejan Las Vegas para escapar de su pasado. Claire y West hacen una excursion.

Mónica comienza a mostrar nuevas habilidades mientras practica con Micah, Nana, y Damon. Nana es la abuela de Micah, Monica, y Damon. Todos ellos residen actualmente en Nueva Orleans. Matt pide a Molly que localice al hombre con el que sueña ella. Él puede ser la nueva amenaza de los Héroes. Maya y Alejandro siguen su marcha a los EE.UU. Tanto Claire como su padre sospechan el uno del otro. Angela revela mucho de sus secretos.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

Peter comienza su busqueda. West convence a Claire de que se defienda. Hiro lucha contra sus sentimientos hacia Yaeko. Suresh tiene más problemas con la Compañía. GHR intenta localizar más pinturas de Isaac. Alejandro no confía Sylar.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

Los acontecimientos de la "de los cuatro meses que faltan" se exploran. Maya y Alejandro deben darse prisa, se explica cómo Peter acabó en Irlanda y lo que sucedió a Nathan, Nikki, y D.L.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Peter viaja a Primatech en Texas para destruir el virus, pero no todo es lo que parece. Hiro continúa la búsqueda del asesino de su padre, mientras que Matt persigue el último miembro de la Compañía en la foto. Nikki se reune con Micah, pero tiene malas noticias, mientras que Maya tiene que optar por permanecer con Alejandro, o ir con Sylar.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Después de un vistazo al futuro, se desvela quién disparó a Nathan. Matt lo persigue y acaba en un desierto. Hiro recibe un importante mensaje de su padre. Sylar visita a Claire. Maya le da una idea a Mohinder para su investigación. Nathan se recupera y recibe una visita de Linderman

Sylar va a la compañia y sin darse cuenta libera doce criminales con superpoderes mientras pelea con Elle. Un Peter futuro intenta solucionar este error. Ángela se encarga de la compañia. Claire aprende más sobre sus poderes. Hiro y Ando viajan a París para seguir el speedster que les robó. Maya descubre que la inyección de Mohinder le h acambiad. Matt conoce a Usutu, un africano con un super-poder familiar.

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Armada con los viejos expedientes de HRG y un "taser", Claire intenta acabar con su primer objetivo -- Stephen Canfield, uno de los que se escaparon del Nivel 5 con el poder de crear agujeros negros -- sin percatarse de que los otros están cerca. Mientras, horrorizado, Peter huye de toda la muerte y destrucción en el futuro, sólo para descubrir lo mucho que esa experiencia le ha cambiado. Frustrado por culpa de que Adam Monroe no le acercara a la fórmula, Hiro toma la determinación de aliarse con Daphne y su nuevo asociado Knox, pese a no contar con el beneplácito de Ando. Por otra parte, la urgencia de Suresh en corregir los errores de su investigación deja a Maya, entre otros, en una situación comprometida. Linderman aconseja a Nathan que se acerque a Tracy, haciéndole ver que juntos podrían llegar muy lejos. En África, Matt ve como se desvanece su visión del "fueron felices y comieron perdices".

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador. Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás. Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy luchan por sus vidas ante un monstruoso y muy cambiado Suresh, y conseguir escapar junto a Maya y al resto de sujetos que usa como cobayas. Elle vuelve con una sorpresa para Claire y su familia. Mientras tanto, conociendo el despiadado intento de sus rivales en Pinehearst por derrotar a Peter, Angela intenta convencer a Sylar para que salve a su hermano. Como no se va a unir a los Villanos, el jefe de Daphne le manda acabar con Matt... o acabar muriendo ella. Bajo los efectos del poder del vidente africano, Hiro se cuestiona la validez de los consejos que le da Usuto sobre cómo enfrentarse a sus enemigos.

Para preparar el futuro encontronazo, Hiro sigue al respetado hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli días antes de que "muriese" - para descubrir lo que le llevó a fundar la compañía rival Pinehearst para acabar con Angela. Más tarde, un hecho se desarrollará dónde Sylar, aterrorizado y llevado por la culpa, podría haber detenido su persecución letal de poderes - esto es, si H.R.G. y Elle influyesen desde sus tremendas misiones. Finalmente, bajo el ala del hombre de la Compañía Thompson, la agente en pruebas Meredith comprueba como su vida pierde sentido, con la llegada de su irascible hermano.

Después de reunir a Sylar y Elle, Arthur les ordena que encuentren a Claire y que se la traigan. Matt, Hiro y Ando se reunen como equipo y siguen a Daphne a su lugar de nacimiento de Atenas, Georgia, para así descubrir lo que ella tanto esconde. Mientras, Nathan y Peter Petrelli viajan juntos a Haiti en busca del único hombre que puede detener a su padre en la destrucción del mundo, el Haitiano.

El eclipse continua impactando en las habilidades de los héroes mientras Elle y Sylar se enfrentan a un vengativo H.R.G. mientras Claire lucha por sobrevivir. En Haiti, Peter y Nathan unen sus fuerzas con el Haitiano para luchar contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan llega a tomar una decisión muy chocante. Mientras, Ando, Sam y Frack trabajan duramente para que Hiro recupere su memoría con la ayuda de los cómics de "9th Wonders" en una tienda de cómics local.

Con la esperanza de encontrar una manera de detener a Arthur, Hiro y Claire se alían juntos y viajan 16 años al pasado, cuando Kaito da a Claire a H.R.G. A su vez, Peter y el Haitiano se unen para acabar con Arthur de una vez por todas pero son interrumpidos por Sylar. Mientras, en el laboratorio, Suresh da un gran paso con la fórmula que cambiará todo.

Tras lo sucedido con Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli de repente se encuentran luchando contra ellos mismos y Nathan lleva a cabo un movimiento que tendrá repercusioes globales. Mientras, Sylar mantiene como rehenes a Claire, H.R.G., Meredith y Angela en Primatech y tendrá lugar un enfrentamiento. Por otra parte, Ando, Matt y Daphne continuan con su intento de rescatar a Hiro. El Doctor Suresh quizás sea su única esperanza.

Meses después de las explosiones ocurridas tanto en Pinehearst como en Primatech, nuestros héroes intentan dar la espalda al pasado y comenzar con sus nuevas vidas. Ahora sin poderes, Hiro intenta entrenar a un nuevo Ando para que sea un verdadero superhéroe. Suresh vuelve a ser un taxista, Peter volveráa salvar vidas, y Daphne y Matt intentarán vivir como una pareja normal. El intento de Claire para vivir una vida normal y corriente dura poco cuando descubre un plan malvado, con Nathan a la cabeza, para perseguir y capturar a aquellos con poderes. Mientras, Sylar comienza la búsqueda de sus verdaderos padres.

Siguiendo una cadena de sucesos no esperados, nuestros Heroes siguen escapando de su último adversario y de uno de ellos, Nathan Petrelli. Después de que Matt pintase una serie de imágenes proféticas, se revelará el destino trágico de alguien cercano a él. Mientras, Sylar continua buscando a su padre y encontrará a un joven marginado con información y con una habilidad propia.

Los planes de Nathan revelados a Seguridad Nacional harán que comiencen una investigación bajo las órdenes directas del Presidente de los Estados Unidos. Sylar y Luke comenzarán un viaje por carretera para encontrar al padre de este primero, pero de repente serán capturados por los agentes de Nathan. La vida comenzará a complicarse para la familia de Bennet ya que Claire empieza a actuar para proteger a un joven con poderes de ser capturado por HRG. Mientras, las pinturas proféticas de Matt harán que Hiro y Ando vayan a la India y un misterioso aliado aparecerá para ayudar a nuestros héroes.

Mientras sigue como rehén, HRG es sometido a un método único de interrogación por parte de Matt Parkman, revelando como se llegó a involucrar con el plan gubernamental de Nathan para capturar a aquellos con poderes. Mientras, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a enfrentarse cara a cara con The Hunter.

Después de recibir un consejo de "Rebel", Matt y Peter se dirigen al "Building 26" para rescatar a Daphne y recuperar unos archivos que descubrirán a todo el mundo los planes del gobierno contra los que tienen poderes. Claire encuentra ayuda por parte de una fuente poco corriente en el contrabando de Alex fuera de la ciudad. Sylar y Luke continuan su viaje por carretera, Sylar comienza a tener recuerdos sobre su padre que le conducen hacia la verdad de su madre. Mientras, "The Hunter" pone su propio plan en marcha con una sorpresa explosiva para uno de los heroes.

Cuando Sylar se encuentra cara a cara con su padre perdido desde hace tiempo, al final la reunion llega a ser lo que menos se esperaba. Por otro lado, al recibir un mensaje por parte de “Rebel”, Claire deberá decidir si va a ayudar a su temido enemigo, Eric Doyle, a que se libre de que le capturen. Mientras, The Hunter planea sacar a la luz los planes secretos de la familia Petrelli y tomar el control de la operación de Nathan, Matt se encuentra en el punto de mira y al borde de la regulación de Capitol Hill.

HRG convence a Emile Danko, más conocido como The Hunter, para que libere a Tracy del "Edificio 26"(Building 26), con la esperanza de que ella le conduzca a Rebel. Cuando Angela evita la captura, ella visita a una vieja amiga en busca de ayuda. En Los Angeles, Hiro y Ando continuan con su última misión encomendada por Rebel para proteger a un nuevo héroe.

Ahora que ha salido a la luz la habilidad de Nathan y ha perdido el control de su operación, tanto él como Claire se esconderán en México. Mientras Emile Danko se hace cargo de la operación del Gobierno, su plan para destruir a todos los que tengan poderes comienza cuando se le une un compañero fuera de lo común. Mientras, Angela y Peter buscan refugio en una iglesia y comienzan a enmendar su relación rota.

Mientras Danko encabeza la operación del gobierno, alguien cercano a él le pondrá en la linea de fuego. HRG continua en su espiral fuera de control y su matrimonio se acerca a un punto de ruptura. Mientras, Hiro y Ando continuan su viaje de carretera con una entrega especial para Matt Parkman. Por otro lado, Angela Petrelli desenterrará los demonios de su pasado.

Mientras Nathan, Claire, Peter y HRG ayudan a Angela a descubrir su pasado, ella revela los oscuros secretos que le han estado atormentando durante años. A su vez, Mohinder conocerá la implicación de su padre en una operación del Gobierno ya olvidada.

Sylar continúa su extraña cooperación y comienza una inesperada crisis de identidad. Hiro y Ando comienzan con su plan de acabar con el Building 26. Mientras, Matt cambiará sus prioridades al enterarse de su paternidad. Por otro lado, Nathan da comienzo un plan para corregir el daño ocasionado por sus operaciones.

Nathan se enfrenta a Sylar para evitar que este se reuna con el presidente. Sylar tiene sus propios planes para su nuevo compañero. Mientras, Hiro comprueba como el recuperar sus poderes conlleva sus repercusiones. Por otra parte, Matt debe realizar un gran esfuerzo para proteger el futuro con su familia.

Seis semanas después de que Matt y los otros borrasen la mente de Sylar, los Heroes intentan seguir llevando una vida normal. Se nos presenta a una "familia" de feriantes con habilidades. Angela Petrelli y H.R.G. están trabajando para restablecer La Compañía mientras Claire hace nuevos "amigos" en el colegio. Tracy sigue cazando a todos los del Edificio 26, mientras Hiro y Ando comienzan un negocio de "Heroes de alquiler"

Peter encara circunstancias inesperadas por sus heróicos actos y conoce a un nuevo héroe poco dispuesto. Como Claire continúa ajustando su vida de estudiante, debe pensar cómo llevar que su habilidad haya sido revelada. Mientras tanto, Samuel mueve cielo y tierra para recuperar las memorias de su difunto hermano Joseph. En otro lugar, Matt lucha con sus demonios internos mientras Sylar resurge misteriosamente.

Debido a sus nuevos poderes, "Nathan" tiene visiones de un incidente de su pasado acerca de una chica y decide investigarlo. Hiro intenta salvar la vida de un compañero de trabajo y aprende una verdad sobre sí mismo. Tracy intenta volver a su vieja vida y trabajo.

Con la ayuda de Samuel, Sylar comienza un camino para redescubrir su verdadera identidad. Hiro ayuda a Emma a aceptar y entender las grandes posibilidades que van unidas a su habilidad. Mientras tanto, Peter se apunta para ayudar a H.R.G. en la búsqueda de alguien que pueda salvar la vida de Hiro.

Cuando Hiro viaja tres años atrás, tiene una segunda oportunidad para salvar a Charlie de las manos de Sylar. De todos modos, la presencia de Samuel sirve para complicar la misión de Hiro todavía más. En otro lugar, el pasado de H.R.G. con su compañera en Primatech es revelado.

El viaje de Hiro tres años atrás en el tiempo le da la oportunidad de salvar a Charlie del destino que le aguardaba a manos de Sylar. Mientras tanto, el pasado del hombre de las gafas de pasta con su compañero de Primatech sale a la luz.

Un choque de trenes en Nueva York provoca numerosas víctimas y Peter se desplaza hasta el lugar para ayudar. El único problema es que, cada vez que cura a alguien, su energía disminuye. Por otro lado, a pesar del caos, Emma finalmente logra utilizar sus conocimientos para salvar la vida de una niña. Además, Gretchen tiene tanto miedo tras lo que pasó con Becky que Claire pide al hombre de las gafas de pasta que las ayude. Esto no alivia a Gretchen, que decide tomar el primer vuelo a casa y dejar la escuela. Claire pronto descubre que no es a ella ni a Gretchen a quien quiere matar Becky. Por otro lado, Samuel se despierta en casa de Lidia como Nathan. Asustado, Nathan se pone la ropa de Sylar y vuela a Nueva York, donde se desmaya en los brazos de Peter. Nathan tiene problemas y necesita ayuda.

Tras perder el control de sus poderes, Tracy se refugia en el apartamento del hombre de las gafas de pasta, donde Claire se la encuentra medio derretida. Cuando Claire trata de ayudarla, Tracy la congela. Afortunadamente, Claire logra regenerarse. Por otro lado, Peter acompaña a Nathan en su primer día de vuelta al trabajo, pero se encuentran con el Haitiano. En vez de lavar sus cerebros por orden de Angela, el Haitiano envía a Peter a un almacén que contiene la respuesta que los hermanos buscan: el cadáver embalsamado de Nathan. Los hermanos deciden ir a buscar a Matt, que está a punto de morir en un hospital de Texas. Peter le cura, sacando a la superficie a Sylar.

Peter y Nathan obligan a Angela a decirles la verdad sobre la muerte de Nathan. La chica confiesa que obligó a Matt a introducir la personalidad de Nathan en el cuerpo de Sylar. Sylar toma control del cuerpo de Nathan y está a punto de matarla, pero Nathan logra evitarlo. Por otro lado, Claire da a su familia una noticia bomba: está a punto de dejar la escuela. El hombre de las gafas de pasta trata de persuadirla para que reconsidere su decisión, pero ella no quiere oír hablar del tema. Gretchen llega a su casa y hacen las paces.

Noah descubre que la brújula ha desaparecido y que Claire tiene muchas posibilidades de habérsela llevado. Lauren se ofrece para utilizar la tecnología de la CIA con el objetivo de localizar el teléfono móvil y averiguar así hacia dónde se dirige la joven.

Samuel trata de captar a Emma para su causa regalándole los oídos y diciéndole lo especiales que le parecen sus poderes. Mientras tanto, en la feria de los hermanos Sullivan, Claire cada vez sospecha más de las auténticas intenciones del hombre. La animadora deberá vérselas no sólo con la mano derecha de Samuel, Eli, sino también con Eric Doyle. Por otro lado, Hiro regresa a Japón y habla en clave a Ando para tratar de convencerle de que rescaten a Mohinder del psiquiátrico de Florida en el que se vio obligado a internarlo para protegerlo de Samuel.

Claire asiste al funeral de Nathan mientras Peter trata de calmar su dolor a su manera: buscando venganza. Mientras tanto, Noah y Lauren interrogan a Edgar, al que han capturado, para obtener información sobre la situación exacta de la feria de Samuel. Por otro lado, Sylar regresa a la feria, donde tratará de introducirse en la mente del asesino con la ayuda de Lydia y descubrir así qué es lo que le atormenta.

El hombre de las gafas de pasta pide ayuda a Matt para cazar a Samuel. El hombre pretende utilizar a su amor perdido, Vanessa, para que les ayude a encontrarle. Samuel, sin embargo, tiene otros planes para la joven. Mientras tanto, Hiro y Ando se ponen en marcha para sacar al doctor Suresh del psiquiátrico. Además, Peter presenta a Emma a su madre, lo que le provoca visiones de un futuro desalentador.

Los médicos practican la cirugía a Hiro, en un intento desesperado de salvar su vida. Mientras está inconsciente, tiene una visión en la que se encuentra en un tribunal presidido por su padre Kaito y Adam Monroe. Hiro es hallado culpable de utilizar sus poderes de manera egoísta, delito penado con la muerte. Por otro lado, Sylar pide a Claire que le ayude a resolver sus problemas emocionales. La joven está furiosa, pero cuando Sylar amenaza con hacer daño a Gretchen, Claire decide colaborar. Mientras tanto, Samuel trata de reconquistar a Vanessa. Le compra un nuevo vestido y se la lleva a la casa de ensueño que ha construido para ellos en el valle. Tras besarla, Samuel le propone que se embarque con él en una nueva vida. Vanessa está halagada, pero su vida está en Los Ángeles.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.

Tras el tiroteo de la feria, Eli se encuentra con Claire en la caravana de Samuel. Éste tiene un plan para poner a la joven de su parte: mostrarle los recuerdos del hombre de las gafas de pasta. Al parecer, su primera esposa estaba embarazada cuando fue asesinada por un 'especial'. El hombre, como venganza, cazó a otro personaje con poderes y lo mató. La Compañía, entonces, lo reclutó y le obligó a casarse con Sandra.

La serie se despide de sus seguidores con un episodio en el que Eli aparece en casa de Matt tratando de prevenir a Peter y Sylar de encontrar a Samuel. Éstos no le hacen caso y siguen con su búsqueda. Mientras tanto, el oxígeno se acaba en la caravana de Samuel.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Matt Parkman y Ted Sprague vuelan a Texas para su búsqueda de respuestas y toman como rehenes al hombre de las gafas de pasta y a su familia. Se revelan nuevos datos sobre el Sr. Bennet, sobre la agencia para la que trabaja y sobre cómo encontró a Claire.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.

Mientras Danko encabeza la operación del gobierno, alguien cercano a él le pondrá en la linea de fuego. HRG continua en su espiral fuera de control y su matrimonio se acerca a un punto de ruptura. Mientras, Hiro y Ando continuan su viaje de carretera con una entrega especial para Matt Parkman. Por otro lado, Angela Petrelli desenterrará los demonios de su pasado.

Mientras sigue como rehén, HRG es sometido a un método único de interrogación por parte de Matt Parkman, revelando como se llegó a involucrar con el plan gubernamental de Nathan para capturar a aquellos con poderes. Mientras, los descubrimientos de Matt llevan a Peter a enfrentarse cara a cara con The Hunter.

El hombre de las gafas de pasta pide ayuda a Matt para cazar a Samuel. El hombre pretende utilizar a su amor perdido, Vanessa, para que les ayude a encontrarle. Samuel, sin embargo, tiene otros planes para la joven. Mientras tanto, Hiro y Ando se ponen en marcha para sacar al doctor Suresh del psiquiátrico. Además, Peter presenta a Emma a su madre, lo que le provoca visiones de un futuro desalentador.

Los médicos practican la cirugía a Hiro, en un intento desesperado de salvar su vida. Mientras está inconsciente, tiene una visión en la que se encuentra en un tribunal presidido por su padre Kaito y Adam Monroe. Hiro es hallado culpable de utilizar sus poderes de manera egoísta, delito penado con la muerte. Por otro lado, Sylar pide a Claire que le ayude a resolver sus problemas emocionales. La joven está furiosa, pero cuando Sylar amenaza con hacer daño a Gretchen, Claire decide colaborar. Mientras tanto, Samuel trata de reconquistar a Vanessa. Le compra un nuevo vestido y se la lleva a la casa de ensueño que ha construido para ellos en el valle. Tras besarla, Samuel le propone que se embarque con él en una nueva vida. Vanessa está halagada, pero su vida está en Los Ángeles.

HRG y su nuevo socio van a atracar un banco con cuatro villanos, incluyendo a Peter atrapado en uno de ellos. Hiro y Ando siguen a Daphne hasta Alemania, y se encuentran con el haitiano. Tracy Strauss va a New Orleans para encontrar más información sobre Niki. Meredith enseña a Claire a pelear. Usutu enseña a Matt varios cuadros sobre él.

Peter y Nathan obligan a Angela a decirles la verdad sobre la muerte de Nathan. La chica confiesa que obligó a Matt a introducir la personalidad de Nathan en el cuerpo de Sylar. Sylar toma control del cuerpo de Nathan y está a punto de matarla, pero Nathan logra evitarlo. Por otro lado, Claire da a su familia una noticia bomba: está a punto de dejar la escuela. El hombre de las gafas de pasta trata de persuadirla para que reconsidere su decisión, pero ella no quiere oír hablar del tema. Gretchen llega a su casa y hacen las paces.

El viaje de Hiro tres años atrás en el tiempo le da la oportunidad de salvar a Charlie del destino que le aguardaba a manos de Sylar. Mientras tanto, el pasado del hombre de las gafas de pasta con su compañero de Primatech sale a la luz.