Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

Kurt decide inscribirse en el equipo de fútbol americano del instituto para tapar las sospechas de su padre sobre su sexualidad. Quinn le dice a Finn que está embarazada y que el hijo es de él. Sue se alía con Sandy, el ex director del coro, para conspirar contra Will.

Tras la baja de Rachel del coro, Will no sabe cómo suplir a la cantante principal. Cuando descubre que cualquier alumno que no se haya graduado puede formar parte del club, recurre a April Rhodes, una ex compañera suya de gran talento que jamás acabó los estudios.

Puede que Artie no pueda viajar con el grupo a la competición, así que Will reta a los chicos a experimentar la vida desde un punto de vista diferente.

Will comienza una investigación en el Glee Club a raíz de la aparición de una lista salaz. Por otro lado, Sue recibe de su propia medicina cuando es humillada con un vídeo suyo imitando a Olivia Newton-John.

Después de que Vocal Adrenaline les asuste con un nuevo número musical, los miembro del Glee Club están convencidos de que no tienen nada que hacer contra ellos. Además, Will comenzará una venganza contra Sue que no terminará bien.

El señor Schuester quiere conseguir dinero para enviar a los chicos al nacional. Sandy forma el Club del Saboteador con la mirada puesta en el Glee Club.