Hay una fiesta en la cubierta de vuelo de Galactica, ya que Flat-Top acaba de realizar su milésimo aterrizaje. Sin embargo, algo sale terriblemente mal cuando un dron explota accidentalmente en un grupo de pilotos. 13 están muertos. Durante la ceremonia, Kara Thrace comienza a pensar en su difunto prometido Zak Adama. Y esos recuerdos se vuelven aún más claros cuando Adama le ordena que comience a entrenar nuevos pilotos. Ella parece muy incómoda al hacerlo. El favor que hizo por Zak al dejarlo pasar el vuelo básico parece molestarla cada vez más. Enfurecida, deja de entrenar pilotos después de solo un día. Mientras tanto, en la Caprica ocupada por los Cylon, Helo y Cylon-Sharon encuentran un refugio antiaéreo en un restaurante. Parece ser un buen lugar para quedarse por un tiempo. Hay comida, agua y medicamentos contra la radiación en abundancia.

La flota se está quedando sin combustible de tylium y pronto no tendrá suficiente para seguir huyendo de los Cylons, cuando encuentran un asteroide con varios años de suministro de mineral de tylium... desafortunadamente, los Cylons ya han construido una base minera en él.

A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.

Starbuck, Helo y Boomer traen de vuelta la Flecha de Apolo, pero Boomer no parece ser bienvenida. El Comandante Adama quiere mantener a la flota dividida y nombra a un nuevo CAG.

La periodista D'Anna Biers está haciendo un reportaje sobre el incidente Gideon, cuando Adama y Roslin le piden que filme la vida diaria en la Galactica.

Adama y Cain encuentran un terreno común cuando Starbuck regresa con imágenes del barco Cylon. Roslin negocia una tregua temporal, mientras Starbuck planea un ataque.

Galáctica y Pegasus se están preparando para el asalto a la nave de Resurrección Cylon. Mientras Starbuck discute el plan de Adama de matar a Cain con Apollo, el coronel Fisk detiene a los miembros de la tripulación de Pegasus que están golpeando a Helo y Tyrol. Envía a sus marines a Galáctica para ejecutar el plan de Cain de matar a Adama. Apollo parece no estar de acuerdo con el plan de su padre y lo escucha antes de partir en el blackbird para destruir la unidad de salto de la nave de Resurrección. Las cosas no salen bien para él. Mientras tanto, el Dr. Baltar está tratando de cuidar de la Number Six en Pegasus. Parece tener sentimientos por ella, para consternación de la Number Six en su cabeza.

La Presidente Roslin, quien está a punto de morir, cree que el bebé de Sharon es peligroso y ordena que debe morir. Mientras tanto, un grupo de terroristas dentro de la flota comienza a pedir una negociación de paz con los cylons.

This is an episode about loss. Kat and Starbuck confront each other about their piloting skills and each vow to kill Scar (a Cylon spaceship) before the other.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Comienza el ataque para rescatar a todos en New Caprica. La Galactica se encuentra con cuatro Basestars Cylon en lugar de los dos esperados. El final parece estar a la vista, pero reciben ayuda de una fuente bienvenida pero inesperada. En el planeta, Tyrol y Anders lideran el ataque para liberar a todos de la prisión. Anders encuentra a Starbuck, pero ella no se irá sin Kacey. Su exitoso regreso a la Galactica provoca emociones encontradas. El Coronel Tigh debe decidir qué hacer con su esposa Ellen después de que ella confiesa haber dado las coordenadas del encuentro a los Cylon. Hera no logra salir del planeta.

Baltar se entera de Caprica Six de su capacidad de proyectarse e imaginar diferentes entornos, lo que lo lleva a preguntarse si él también es un Cylon. Ha dicho a los Cylons lo que sabe sobre la ubicación de la Tierra y envían una Basestar para investigar. Al final, la nave de reconocimiento es infectada con un virus que mata a todos a bordo. A bordo de la Galactica, el teniente Gaeta ha estado revisando el trabajo de Baltar en descifrar el mapa que recuperaron en Kobol. Él también cree que sabe lo que significa todo. Sin embargo, lo que preocupa más es la división entre aquellos que se quedaron con la flota y aquellos que estaban en tierra luchando contra los Cylons. Starbuck y el Coronel Tigh, en particular, se quejan enérgicamente de aquellos que se quedaron atrás y le corresponde al Almirante Adama imponer la ley.

A figure from Adama's past returns to haunt him. His return raises questions about why the Cylons launched their initial attack against the Twelve Colonies.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").

La flota colonial realiza un viaje angustiante. Kat desempeña un papel vital en el éxito o fracaso del paso.