Sydney Bristow, en apariencia una joven y normal estudiante, es en realidad miembro de 'La Agencia', un grupo donde se forman espías de alto nivel. Sydney es sometida diariamente a rigurosos entrenamientos en artes marciales e idiomas. 'La Agencia' le prohíbe desvelar su vinculación al grupo, pero ella le confía el secreto a su amigo Danny, confesión que acarreará graves consecuencias que harán que Sydney tome la decisión de abandonar definitivamente la red. Jack, el padre de Sydney, le hace ver que 'La Agencia' es realmente una red mundial de espías con temibles intenciones. Buscando venganza, Sydney ingresa en la CIA para convertirse en una doble agente y poder así ayudar a otros miembros a dejar 'La Agencia', decisión que en su día también fue tomada en secreto por Jack.

Sydney logra memorizar junto con su homóloga, la espía rusa Ann, un código que posee una antigüedad de 500 años. El código completo revela una localización geográfica que le lleva a una iglesia en Málaga donde Ann y Sydney coincidieron hace mucho tiempo como rivales. Por su condición de doble agente, Sydney se ve envuelta en una nueva peligrosa misión ya que debe proporcionarle el código secreto al SD-6. Dixon y Sydney viajan a Casablanca para investigar el complot que pretende eliminar la Organización de Comercio Unido (OCU). Allí la agente se hace pasar por una turista canadiense de habla francesa. Más tarde, ambos agentes viajan a Sao Paolo, ciudad en la que se celebra una conferencia de la OCU y que tiene como invitado de honor al Premio Nobel de la Paz, Dhiren Patel. En Brasil, Sydney tendrá que evitar la explosión de una pequeña bomba que el Nobel tiene instalada en su marcapasos.

El padre de Sydney le dice a ésta que cree que su madre aún está viva. Ahora Sydney está determinada a encontrarla y decide hablar con Sloane para que le ayude, a pesar de la oposición de su padre. Mientras el SD-6 encarga a Sydney una investigación sobre un agente de la KGB, Khasinau, y recuperar un microchip con información relevante. En esta misión Sydney se encuentra con su ex-novio Noah Hicks, también agente del SD-6. Por otra parte, WIll se prepara para recibir un premio por su trabajo. Y Francie comienza a dudar sobre las actividades de Sydney.

La CIA descubre que el Directorio K ha contratado a un asesino a sueldo para que se encargue de Kashinau, ya que Shark, el asesino del jefe del Directorio K, trabajaba para él. La relación entre Noah y Sydney sigue en marcha y él quiere dejar el SD 6 y huir con Sydney a un lugar donde no puedan encontrarlos. El Chip electrónico rescatado de Rusia revela nuevos datos sobre la madre de Sydney, Irina, una agente encubierta soviética con una misión: Ganarse la confianza de Jack Bristow y sonsacarle toda la información posible. La prioridad de La CIA y el SD 6 es hallar a Kashinau esté dónde esté, pero un asesino, el temible "Hombre de Nieve", puede llegar antes que ellos.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

El impostor que quiere hacerse pasar por Sloane cae en las redes de la organización. Para sacarle información sobre el asunto Rambaldi, el verdadero Sloane debe revivir una penosa situación para que el impostor se revele.