Un inesperado virus mortal acaba con la humanidad tal y como la conocemos: ya no quedan trenes que unan los lugares, ni internet que nos permita conocer el mundo, ni siquiera ciudades en las que vivir, solo quedan asentamientos hostiles al visitante ocasional. En este desolador panorama un pequeño grupo de actores y músicos tienen una iniciativa sorprendente: crear la Sinfonía Viajera, con el fin de mantener vivo un resquicio de humanidad.

Cassie Nightingale, bruja favorita de Middleton, y su hija adolescente Grace —que comparte esa misma intuición especial como su madre— dan la bienvenida al Dr. Sam Radford y a su hijo a la ciudad. Cuando los de Nueva York se mudan al lado de Grey House, quedan hechizados inmediatamente por el dúo de madre e hija de al lado, pero Sam y Cassie se dan rápidamente cuenta que no están totalmente de acuerdo en ciertos asuntos. Con su encanto característico, Cassie intenta reunir a todos, asegurándose que todos en Middleton estén al corriente de nuevos cambios, grandes sorpresas y, por supuesto, ¡un poco de magia!

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).

En la década de 1890, el inspector de policía William Murdoch utiliza técnicas forenses radicales para la época, incluidas las pruebas de huellas dactilares y de detección, y con este enfoque más científico puede resolver los casos de homicidio más resonantes de la ciudad.