El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

El equipo descubre un antiguo proyecto para crear la fuente de energía definitiva. McKay cree que puede terminarlo. Ronon descubre que no es el único sobreviviente de Sateda.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

McKay encuentra una nave de guerra antigua a la deriva en el espacio. Sheppard descubre que llevan un comunicado que menciona una debilidad en la tecnología de los Wraith.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

La Confianza, una organización terrorista Goa'uld, ha colocado una bomba en Atlantis.

The team discovers two life pods with a dying woman and man in it. Upon opening Weir gets imprinted with the mind of the woman. She asks a special favor.

Atlantis ayuda con la reparación de un generador de escudos antiguos en Taranis. Descubren que los taranianos están en posesión de una nave de guerra antigua.

La nave colmena que se acerca a Atlantis es de Michael. Él quiere hacer un intercambio: el retrovirus a cambio de no revelar el secreto de Atlantis y obtener información sobre la tecnología de los Wraith.

Atrapado en la trampa de los Wraith, McKay inicialmente se resigna a ser capturado fatalmente en un capullo, pero Ronon sigue luchando para intentar escapar, o al menos llevarse a algunos Wraith con ellos. Sheppard logra esconder su deslizador en la misma nave colmena, buscando una salida, sorprendido al establecer contacto por radio con Michael, quien busca venganza después de que la ingrata reina lo tiene parcialmente restringido como sospechoso de ser "demasiado humano". Mientras intentan sabotear la colmena y tal vez escapar, la Daedalus y la Orion llegan justo a tiempo para enfrentarse a las dos naves colmena antes de que puedan atacar la Tierra. Weir es convocada al SGC para un interrogatorio sin sentido por parte del Consejo de Supervisión Internacional, encontrándolos como burócratas incapaces de arriesgarse a tomar una decisión más allá de cuestionar lo que ya se hizo. Así que ella regresa, sin importarle el riesgo para su carrera en comparación con un exterminio de los Wraith. Sheppard logra llegar a la Daedalus y su grupo elabora un plan audaz para vencer a la colmena con el retrovirus militarizado, a pesar de los daños sufridos que comprometen incluso sus sistemas de soporte vital.

Sheppard and the others are now in control of the one remaining hive ship with most of the Wraith transformed into human form, courtesy of the retrovirus. They do learn something interesting about female Wraiths, however. After they return to Atlantis, the question becomes one of what to do with the Wraiths who are again human, especially Michael who has proved to be quite helpful. Elizabeth Weir meanwhile is surprised to hear that she is to return to Atlantis as the expedition leader. She will be accompanied however by Richard Woolsey who is to review her leadership and make recommendations to the International Oversight Advisory on whether she should be allowed to continue.

Después de que un grupo de personas capturan y entregan a Ronon a los Wraith, él vuelve a convertirse en un fugitivo, pero esta vez lo dejan en su planeta natal, Sateda, donde el Stargate ha sido desactivado.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.

El equipo regresa a Atlantis en un intento de recuperar el control de la ciudad.

Teyla presencia lo que parecen ser apariciones de los Antiguos, que pronto otras personas comienzan a ver.

El equipo de Atlantis decide atacar las numerosas naves de los Replicadores, con la ayuda de alianzas incómodas.

Una especie de plaga se está propagando por la galaxia Pegasus y la Dra. Keller estima que cientos de miles morirán si no encuentran la manera de detenerla. Sin embargo, su investigación muestra que el origen de la enfermedad está en los Hoff, quienes habían estado trabajando en una forma de matar a los Wraith. Sheppard y los demás creen saber quién podría estar propagando el virus y por qué. Mientras tanto, Teyla cree que está recibiendo mensajes de Kanaan, el padre de su hijo. Recibe sus mensajes mientras duerme y la mayoría piensa que solo está soñando. Sigue las pistas que él le da, pero es capturada por un viejo enemigo que tiene planes muy específicos para ella. En su búsqueda de Teyla, sin embargo, Sheppard y McKay encuentran a alguien completamente inesperado.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

Una nave colmena con turbocarga y un PMZ ha recibido el mensaje de los Wraith de un universo alternativo que contiene la ubicación de la Tierra. La nave se dirige ahora hacia la Tierra.

The team discovers two life pods with a dying woman and man in it. Upon opening Weir gets imprinted with the mind of the woman. She asks a special favor.

El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

La Confianza, una organización terrorista Goa'uld, ha colocado una bomba en Atlantis.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

McKay encuentra una nave de guerra antigua a la deriva en el espacio. Sheppard descubre que llevan un comunicado que menciona una debilidad en la tecnología de los Wraith.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.