Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

Con un ZPM dañado y pocas esperanzas de sobrevivir, el equipo de Atlantis se encuentra varado en medio del espacio vacío con muy poco tiempo antes de quedarse sin energía por completo. El Dr. McKay se enfrenta a un desafío máximo mientras intenta encontrar una forma de salvar a Atlantis de su destino. Mientras tanto, la Dra. Keller corre para tratar las crecientes lesiones en la cabeza de Weir, pero la única solución que puede encontrar podría tener graves consecuencias para todos a bordo.

While exploring a new planet, Sheppard started to watch a strange crystal. He doesn't know why, but he had to touch it. Back on Atlantis, everybody but him started to have some bad nightmares.

Rodney McKay despierta en su laboratorio, atado a una silla y sin memoria de quién o dónde está. Aparentemente, él mismo dejó un mensaje de video diciéndole que buscara a Teyla. El problema comenzó unas 14 horas antes cuando la Dra. Katie Brown regresó a Atlantis con plantas de un planeta que había visitado. Las plantas habían pasado por el procedimiento normal de cuarentena, pero pronto ella se ve afectada por fuertes dolores de cabeza y pérdida de memoria, llegando finalmente a caer en coma. La pérdida de memoria comienza a afectar a otros miembros de la tripulación, pero pronto se vuelven desconfiados unos de otros, sacando conclusiones basadas en suposiciones erróneas y una interpretación incorrecta de la situación. Afortunadamente, hay dos miembros del equipo que parecen ser inmunes.

Poco a poco, todos en Atlantis llegan a aceptar la repentina reaparición del Dr. Carson Beckett, quien afirma haber sido prisionero de Michael durante aproximadamente dos años. Les cuenta lo que estaba haciendo en el laboratorio de Michael y se ponen en marcha para encontrar a la secuestrada Teyla. La Dra. Keller descubre cómo ha llegado allí en primer lugar. Mientras tanto, Sheppard ha estado utilizando todos sus contactos para tratar de localizar a Teyla, pero se encuentran con alguien del pasado. Por su parte, Teyla ha encontrado a algunos de los atosianos vivos, pero son pocos debido a los experimentos de Michael. Michael le explica qué es lo que quiere de ella, así como sus propios planes para el futuro.

Dr. Carson Beckett is removed from stasis because he's the only one who can find the antidote to a mysterious virus that has incapacitated base personnel, beginning with Dr. Jennifer Keller.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.

An alien mind takes up residence in Jennifer's body and seems as confused as her colleagues are by her erratic behavior. Which begs the question; where is Jennifer?