Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Rodney can't remove an Ancient device that makes him invincible but prevents him from eating or drinking. Meanwhile, there are power malfunctions throughout the city and one of the Athosians mentions seeing a shadow.

Sheppard es mordido por un insecto similar a un Wraith y está muriendo. Mientras el transportador regresa, queda atascado en la Puerta Estelar. Hay 38 minutos para encontrar una solución.

There's suspicion of a Wraith collaborator and some of the team suspect the Athosians. Ford and Sheppard find land on Atlantis' planet.

Atlantis offers help to the Hoffans, who are working on a defense against the Wraith.

Dos huracanes se acercan a Atlantis y es necesario evacuar. El líder del planeta que los acogerá le informa a los Genii sobre la situación.

A team of scientists, including McKay, Zelenka and Ford, are exposed to a deadly virus. Sheppard goes after one of the scientists trying to escape.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Teyla is haunted by nightmares, leaving her agitated. After seeing a psychologist, an old Athosian woman tells her a secret about her ability to sense the Wraith.

McKay y Zelenka idean un plan para reparar el satélite de armas de los Antiguos. Bates y Teyla se meten en una pelea. Poco después, lo encuentran inconsciente y gravemente herido.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

Mientras Teyla y Ronon investigan la misteriosa muerte del Mayor Lorne, el genio Ladon Radim contacta con Atlantis. Él quiere intercambiar un ZPM por suministros de armas.

Michael Kenmore, un nuevo teniente, despierta en la enfermería y no recuerda nada. Los demás miembros de la expedición están muy preocupados por su bienestar, ya que parece diferente.

La expedición de Atlantis se encuentra con una raza altamente avanzada, los Asurans. Inicialmente, creen que son los Antiguos. Sin embargo, esta nueva raza es solo una nueva cara de un viejo enemigo.

La hermana de Rodney es llevada a Atlantis para hacer uso de una de sus teorías.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.

El equipo de Atlantis encuentra un programa en la base de datos de Atlantis que lleva a McKay y Sheppard a un juego al estilo de Sims que podría destruir dos civilizaciones en la Galaxia Pegaso.

Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

Con un ZPM dañado y pocas esperanzas de sobrevivir, el equipo de Atlantis se encuentra varado en medio del espacio vacío con muy poco tiempo antes de quedarse sin energía por completo. El Dr. McKay se enfrenta a un desafío máximo mientras intenta encontrar una forma de salvar a Atlantis de su destino. Mientras tanto, la Dra. Keller corre para tratar las crecientes lesiones en la cabeza de Weir, pero la única solución que puede encontrar podría tener graves consecuencias para todos a bordo.

Después de haber sido informada por el espía Genii en New Athos de que su gente aún estaba viva, Teyla pide permiso para visitar a un hombre llamado Davos, quien es un legendario vidente y podría ayudarla. Cuando llegan, la Dra. Keller se da cuenta de que el hombre está muriendo. Su habilidad para ver el futuro es real, pero los fragmentos del futuro que puede mostrarles están abiertos a interpretación. John es llamado de regreso a Atlantis cuando reciben un mensaje del Wraith cuya vida había salvado anteriormente. Ofrece trabajar con McKay para arreglar el nano virus que ahora está fallando. Como si esto no fuera suficiente, Richard Woolsey llega desde la Tierra para realizar la evaluación de 3 meses de Samantha Carter.

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

La IOA está realizando entrevistas de regreso a la Tierra para asegurarse de que todo el personal que sirve en Atlantis (en particular, los extraterrestres) sean adecuados para sus roles. El episodio comienza con Teyla, quien está embarazada, habiendo sido entrevistada y reportando de vuelta a Atlantis. Luego le toca a Ronon. La Coronel Carter no está segura de la capacidad de Ronon para manejar la entrevista de la IOA y, por lo tanto, le pide a Teal'c que vaya a Atlantis en calidad de entrenador para Ronon. Después de un comienzo difícil en su relación, Ronon y Teal'c regresan a la Tierra a través de una serie de Stargates y una Estación Midway que McKay había diseñado previamente. La Estación Midway, ubicada entre las galaxias de la Vía Láctea y Pegaso, sirve principalmente como un lugar para que aquellos que viajan entre las galaxias cumplan una cuarentena de 24 horas. Mientras Teal'c y Ronon están cumpliendo su cuarentena en la extremadamente estrecha Estación Midway, esta es abordada por los Wraith, a través del Stargate, con la intención de llegar al Comando Stargate en la Tierra. Logran este objetivo, pero solo con Teal'c y Ronon a bordo. Lo que sigue es una batalla entre los Wraith y el dúo de Teal'c y Ronon por el control del Comando Stargate.

Una especie de plaga se está propagando por la galaxia Pegasus y la Dra. Keller estima que cientos de miles morirán si no encuentran la manera de detenerla. Sin embargo, su investigación muestra que el origen de la enfermedad está en los Hoff, quienes habían estado trabajando en una forma de matar a los Wraith. Sheppard y los demás creen saber quién podría estar propagando el virus y por qué. Mientras tanto, Teyla cree que está recibiendo mensajes de Kanaan, el padre de su hijo. Recibe sus mensajes mientras duerme y la mayoría piensa que solo está soñando. Sigue las pistas que él le da, pero es capturada por un viejo enemigo que tiene planes muy específicos para ella. En su búsqueda de Teyla, sin embargo, Sheppard y McKay encuentran a alguien completamente inesperado.

Poco a poco, todos en Atlantis llegan a aceptar la repentina reaparición del Dr. Carson Beckett, quien afirma haber sido prisionero de Michael durante aproximadamente dos años. Les cuenta lo que estaba haciendo en el laboratorio de Michael y se ponen en marcha para encontrar a la secuestrada Teyla. La Dra. Keller descubre cómo ha llegado allí en primer lugar. Mientras tanto, Sheppard ha estado utilizando todos sus contactos para tratar de localizar a Teyla, pero se encuentran con alguien del pasado. Por su parte, Teyla ha encontrado a algunos de los atosianos vivos, pero son pocos debido a los experimentos de Michael. Michael le explica qué es lo que quiere de ella, así como sus propios planes para el futuro.

Ronon is abducted by a Wraith who tries to brainwash him.

Rodney está infectado con una enfermedad mortal conocida como "segunda infancia" que disminuye sus capacidades mentales y hace que pierda su memoria gradualmente.

Teyla arriesga su vida en una audaz misión a bordo de una nave colmena de los wraith.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

Una nave de combate Wraith llega a Atlantis y se muestra extrañamente poco comunicativa.

Una nave colmena con turbocarga y un PMZ ha recibido el mensaje de los Wraith de un universo alternativo que contiene la ubicación de la Tierra. La nave se dirige ahora hacia la Tierra.