Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

Sheppard is infected with the Wraith retrovirus and slowly turns into an Iratus bug. To provide a treatment, stem cells must be retrieved from one of their eggs.

Mientras está en una misión regular, Ronan se encuentra con algunos amigos satedanos de su pasado. A medida que vuelven viejas emociones, también llegan nuevos pensamientos, uno de los cuales implica dejar Atlantis. Pero ¿podría estar acechando el peligro justo en la esquina?

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

Poco a poco, todos en Atlantis llegan a aceptar la repentina reaparición del Dr. Carson Beckett, quien afirma haber sido prisionero de Michael durante aproximadamente dos años. Les cuenta lo que estaba haciendo en el laboratorio de Michael y se ponen en marcha para encontrar a la secuestrada Teyla. La Dra. Keller descubre cómo ha llegado allí en primer lugar. Mientras tanto, Sheppard ha estado utilizando todos sus contactos para tratar de localizar a Teyla, pero se encuentran con alguien del pasado. Por su parte, Teyla ha encontrado a algunos de los atosianos vivos, pero son pocos debido a los experimentos de Michael. Michael le explica qué es lo que quiere de ella, así como sus propios planes para el futuro.

Dr. Carson Beckett is removed from stasis because he's the only one who can find the antidote to a mysterious virus that has incapacitated base personnel, beginning with Dr. Jennifer Keller.

Un grupo de seres varados en el subespacio busca ayuda de Atlantis para regresar al espacio normal. Sin embargo, sus afirmaciones extravagantes y su comportamiento errático ponen a prueba la confianza de sus benefactores y los obliga a tomar una solución dolorosa.