Desmond convence a Hurley, Jim y Charlie para que le sigan a la selva tras haber tenido una serie de visiones: una secuencia de sucesos que concluye con la llegada de una persona, tal vez la deseada, a la isla. Mientras, Desmond recuerda su paso por una abadía como monje. Kate se vuelca en su relación con Sawyer cuando observa que Juliet y Jack están mas unidos.

Juliet (Elizabeth Mitchell) ofrece a Sun (Yunjin Kim) su ayuda para, a través de una ecografía en una estación médica de "los otros", conocer la fecha real de concepción del bebé. Si el bebé ha sido concebido en la isla, a Sun sólo le quedan dos meses de vida, pero a la vez, descartará la paternidad de Jae (Tony Lee). Sun recuerda como conoció a los padres de Jin (Daniel Dae Kim). Mientras, Desmond (Henry Ian Cusick), Jin, Hurley (Jorge García) y Charlie (Dominic Monaghan) localizan a una joven paracaidista, herida gravemente. Un disparo accidental de una bengala llamará la atención de un enemigo conocido que, a cambio de su libertad, tendrá que salvar a la joven.

Locke (Terry O'Quinn) no da crédito a sus ojos cuando Ben (Michael Emerson) le muestra a su padre encerrado en una habitación del campamento de "los otros". Ben ofrece a Locke unirse a ellos para ir a un nuevo sitio, pero hay una exigencia, un compromiso de libertad que consiste en liberarse de su padre. Locke buscará a Sawyer (Josh Holloway) para llevar a cabo su plan: eliminar a un enemigo común. Mientras, en la playa, la paracaidista da una información crucial acerca del vuelo que se estrelló en la isla.

Poco a poco Ben introduce a Locke en los secretos de la isla, incluido el misterioso Jacob. El secreto de Juliet se hace público. Los flashbacks muestran la historia de Ben en la isla.

Los supervivientes se preparan para la llegada inminente de "los otros" y Jack dispone de un plan para enfrentarse a ellos. Juliet ayuda aportando los datos que conoce de las distintas estaciones que hay diseminadas por la isla. Sayid pretende enviar un mensaje que solo podría realizarse desde la estación submarina de "El Espejo". Desmond ha vuelto a tener otra visión en la que, de nuevo, Charlie muere y un helicóptero rescata a Claire y Aaron. La misión de desconectar la estación de "El Espejo" y la supuesta muerte de Charlie parece estar conectada para lograr enviar el mensaje y que les rescaten.

Charlie consigue llegar hasta la estación submarina de "El Espejo", donde es capturado por dos mujeres que le custodian, éstas rompen el silencio cuando se comunican con Ben. Mikhail será enviado a la subestación para hacer limpieza, aunque hay cierta desconfianza hacia su líder. Mientras Jack y el resto de los supervivientes se dirigen a la torre de radio, Sayid, Jin y Bernard consiguen, sólo a medias, el plan para destruir a "los otros" y son capturados. Al mismo tiempo, Jack recuerda su intento de suicidio en un puente y cómo tuvo que abortarlo a consecuencia de un accidente de trafico.

Mientras Richard guía a "los otros" hacia el templo, Ben va a la torre de radio con Alex y allí espera a Jack y a los demás supervivientes. Ben trata de enfrentar a Jack contra Noemi, aduciendo que no es quien parece. Al mismo tiempo, Sawyer y Juliet, que han rechazado la ayuda de Hurley, traman un plan para rescatar a Sayid, Jin y Bernard, capturados por "los otros" en la playa. Por otro lado, Charlie y Desmond consiguen desbloquear la señal, pero al mismo tiempo, Charlie recibe una comunicación de Penélope -la novia de Desmond- que le asegura que no conoce a ninguna Noemi.

Pensaban que habían encotrado al enemigo. Pensaban que habían visto el mal. Se equivocaron... Al comienzo de la nueva temporada, los supervivientes sienten que el rescate está al alcance de la mano, pero no saben si creer o no el último mensaje de Charlie diciendo que la gente que supuestamente les iba a liberar no son lo que parecen ser. Las extrañas alianzas forjadas, aquellos en los que confiaban pueden tornarse en su contra, del mismo modo que los enemigos de sus enemigos se convertirán sus amigos. Pero, ¿en quién confiar?, ¿está el rescate realmente tan cerca como parece?

Los supervivientes empiezan a preguntarse por las intenciones del equipo de rescate, cuando cuatro extraños llegan a la isla.

El rehén de Locke puede ser la clave para salir de la isla, así que Sayid y Kate van a la búsqueda de su compañero en un intento de negociar un trato pacifico.

Sayid se enfrenta al espía que Ben tiene en el carguero, y Ben, a su vez, presiona a Alex a que huya del campamento de Locke, para sobrevivir al inminente ataque.

Las sospechas sobre un posible fallo de seguridad se intensifican cuando se llevan a Ben de la enfermería, y Miles se ve obligado, muy a su pesar, a trabajar con Hurley para entregar un importante paquete a un agente de alto rango de Dharma.