Locke y Boone siguen tratando de construir algo con lo que forzar la trampilla que han descubierto, pero la paciencia del joven aprendiz empieza a acabarse y su maestro descubre que empieza a tener problemas en las piernas y teme que vuelva a ellas la parálisis. Un sueño de éste último los lleva a hacer un extraño descurimiento. Mientras, Shannon descubre que Sawyer tiene dolores de cabeza y le pide a Jack que le revise.

ack ya había conocido a Desmond (Henry Ian Cusick) en “otra vida” cuando el trataba a Sarah y creía que nunca volvería a caminar había ido a correr al estadio y se había hecho daño en un tobillo, Desmond le había ayudado. Gracias a Kate que tras escaparse logra salir del conducto de la ventilación logran reducir a Desmond pero en la refriega el ordenador queda dañado y este se asusta mucho ya que queda poco tiempo para introducir los números de nuevo. Desmond por la insistencia de Jack les cuenta que estando dando la vuelta al mundo en solitario su barco encalló en el arrecife y apareció Kelvin corriendo y pidiéndole que le siguiera. Fue él quien ya metía los números en el ordenador y sus palabras fueron que lo hacia para salvar el mundo. Ambos hasta que Kelvin murió hicieron eso durante años y él lo hace sólo desde entonces. Como prueba de lo que dice les muestra una película, The Dharma initiative, la película orientativa de la estación 3 de la iniciativa Dharma. Mientras Sawyer y Michael encuentran a un asustado Jin en la playa son atrapados por otros supervivientes a los que se les apoda “los otros”. Uno de ellos, Mr. Eko (Adewale Akinnuoye-Agbaje) un hombre alto, fuerte y negro, les da unos golpes con un palo y el grupo carga con sus cuerpos hasta una especie de cárcel construida en el suelo. Flashback de John Locke Locke asiste a terapia pero tras un mes explota y cuenta que él no había conocido a sus padres hasta hacía muy poco, siendo engañado por su padre biológico al que donó un riñón porque necesitaba un transplante pero quien abandonó de nuevo a su hijo tras conseguirlo. Aunque tras esta explosión de sentimientos piensa no regresar a la terapia si hace amistad con Helen (Katey Sagal), su psicóloga, con la que acaba por tener una relación. Pero Locke sigue vigilando la casa donde su supuesto padre vive aunque a este le molesta que lo aceche por lo que le pide que asuma de una vez que él necesitaba un riñó

Mientras Sayid, Ana Alicia y Charlie encuentran el globo y la tumba que Gale les había dicho. Locke custodia al prisionero. De repente, en el bunker unos sonidos extraños dan paso a una cuenta atrás. Locke queda atrapado al cerrarse unas compuertas. Locke tendrá que improvisar un aliado en Gale, que a cambió de ayuda y de protección frente a los otros supervivientes le prestara ayuda. Durante el encierro en el bunker, Locke ha visto un esquema del posible laboratorio. Flash back de Locke Locke recuerda cuando le iba a pedir matrimonio a su novia Helen y como la muerte de su padre les afectó.

Kate, Sayid, Locke y Rousseau consiguen llegar hasta el campamento de "los otros". Kate se sorprende de la actitud tan amigable de Jack con sus captores, Jack se justifica diciendo que Ben le ha hecho la promesa de dejarle volver a casa. En este episodio se revelan más datos del pasado de Locke y recuerda la relación tormentosa con su padre. En su afán por buscar la verdad de la isla, Locke presiona a Ben para que le cuente ciertos secretos de este misterioso lugar. Al poner en marcha su destructivo plan, hará realidad su sueño de quedarse en la isla, mientras que Ben no romperá la promesa a Jack; pero el líder de los otros aún tiene una sorpresa para Locke...

Locke (Terry O'Quinn) no da crédito a sus ojos cuando Ben (Michael Emerson) le muestra a su padre encerrado en una habitación del campamento de "los otros". Ben ofrece a Locke unirse a ellos para ir a un nuevo sitio, pero hay una exigencia, un compromiso de libertad que consiste en liberarse de su padre. Locke buscará a Sawyer (Josh Holloway) para llevar a cabo su plan: eliminar a un enemigo común. Mientras, en la playa, la paracaidista da una información crucial acerca del vuelo que se estrelló en la isla.

Después de que los supervivientes se reunan, Sawyer y Jack traman un plan para desviar la atención del Hombre Negro y salir de la isla sin él en el submarino de Widmore, pero desastrosas consecuencias les esperan. Jack investiga la causa de la parálisis de Locke y le ofrece tratamiento.