Eko, tras haber sobrevivido a la explosión, trata de buscar respuestas luchando con los fantasmas de su pasado. Mientras, Desmond, Locke (Terry O'Quinn), Charlie (Dominic Monaghan) y otros supervivientes vuelven al búnker para tratar de reutilizar el ordenador que les pueda ayudar a localizar a sus amigos y observan que hay más estaciones en las que otras personas les vigilan. Los planes de domesticación que Ben (Michael Emerson) tenía con Jack se van al traste al ponerse al descubierto su grave enfermedad. Pero Jack desconoce que se trata de un plan de Juliet y algunos más que no están de acuerdo con el estilo de gobierno de Ben.

Kate, Locke, Sayid y Rousseau se dirigen al norte siguiendo las marcas del bastón de Eko, donde descubren una estructura rodeada por animales y conocen a su extraño habitante. La experiencia de Sayid como torturador y torturado le hace sospechar que este hombre forma parte de los "otros" y que la estructura es una de sus bases. Mientras en la playa, Sawyer reta a cualquiera de sus compañeros a una partida de ping-pong para poder recuperar todos sus enseres.

Claire ha tenido una idea para poder mandar un mensaje al mundo exterior: atrapar a un ave migratoria. Pero, mientras Charlie se resiste a la idea, Desmond sabotea cualquier iniciativa para capturar al ave. Claire intenta averiguar la verdad siguiendo a Desmond y por fin le revelara sus visiones acerca del destino de Charlie. En este capítulo Claire recuerda algunos acontecimientos dramáticos de su pasado. Mientras, el grupo de rescate formado Kate, Sayid, Locke y Russeau avanza por la selva siguiendo un mapa requisado al prisionero, hasta que se topan con un obstáculo muy peligroso.

Jack vuelve a la playa, teniendo bajo su protección a Juliet, que crea cierta desconfianza entre los supervivientes, sobre todo entre Sayid y Sawyer. Juliet trata de buscar la manera de ser aceptada por el grupo, al tiempo que recuerda cómo fue llevada a la isla y los tres años que lleva. Juliet tendrá su oportunidad cuando Claire, accidentalmente, ha desarrollado una enfermedad, que solo ella puede paliar, pero, ¿acaso la actuación de Juliet no obedece a un plan preconcebido por Beb?.

Juliet (Elizabeth Mitchell) ofrece a Sun (Yunjin Kim) su ayuda para, a través de una ecografía en una estación médica de "los otros", conocer la fecha real de concepción del bebé. Si el bebé ha sido concebido en la isla, a Sun sólo le quedan dos meses de vida, pero a la vez, descartará la paternidad de Jae (Tony Lee). Sun recuerda como conoció a los padres de Jin (Daniel Dae Kim). Mientras, Desmond (Henry Ian Cusick), Jin, Hurley (Jorge García) y Charlie (Dominic Monaghan) localizan a una joven paracaidista, herida gravemente. Un disparo accidental de una bengala llamará la atención de un enemigo conocido que, a cambio de su libertad, tendrá que salvar a la joven.

Poco a poco Ben introduce a Locke en los secretos de la isla, incluido el misterioso Jacob. El secreto de Juliet se hace público. Los flashbacks muestran la historia de Ben en la isla.

Charlie consigue llegar hasta la estación submarina de "El Espejo", donde es capturado por dos mujeres que le custodian, éstas rompen el silencio cuando se comunican con Ben. Mikhail será enviado a la subestación para hacer limpieza, aunque hay cierta desconfianza hacia su líder. Mientras Jack y el resto de los supervivientes se dirigen a la torre de radio, Sayid, Jin y Bernard consiguen, sólo a medias, el plan para destruir a "los otros" y son capturados. Al mismo tiempo, Jack recuerda su intento de suicidio en un puente y cómo tuvo que abortarlo a consecuencia de un accidente de trafico.

Mientras Richard guía a "los otros" hacia el templo, Ben va a la torre de radio con Alex y allí espera a Jack y a los demás supervivientes. Ben trata de enfrentar a Jack contra Noemi, aduciendo que no es quien parece. Al mismo tiempo, Sawyer y Juliet, que han rechazado la ayuda de Hurley, traman un plan para rescatar a Sayid, Jin y Bernard, capturados por "los otros" en la playa. Por otro lado, Charlie y Desmond consiguen desbloquear la señal, pero al mismo tiempo, Charlie recibe una comunicación de Penélope -la novia de Desmond- que le asegura que no conoce a ninguna Noemi.

Después de que Jin sea secuestrado y llevado a la isla Hydra por el equipo de Widomore, el Hombre de Negro enfrenta a éste. En la isla principal, Sun pierde su capacidad de hablar inglés. En la realidad paralela, Sun y Jin son raptados luego de no poder realizar una transacción para el padre de Sun.