Michaela tiene inciertos sentimientos al volver a trabajar, ya que las exigencias de Katie están en conflicto con las necesidades de sus pacientes, y además que Loren prefiere entrar más en confianza con Andrew que con ella, ya que él tiene problemas con la próstata. Los aldeanos también tratan de ayudar a Horace a lidiar con la partida de Myra. Sully va a Denver para negociar con el General Wooden y le promete no inmiscuirse más en los asuntos Indios a cambio de que Wooden permita que Danza de Nubes vuelva a Palmer Creek. En el tren de regreso a Colorado Springs, Sully intenta detener a una banda de asaltantes de trenes que han desviado el tren a un ramal. Sully no puede detener el descontrolado tren y se sale de la vía. Cuando la noticia llega al pueblo, Michaela se mueve enseguida hacia la acción. El pueblo inmediatamente la apoya y se apresuran a la escena del accidente. Michaela frenéticamente atiende al grupo de heridos, buscando alguna señal de su esposo. Cuando lo ve, corre hacia él en alivio. Con ese miedo ya desvanecido, ella pone toda su atención a la gente que necesita ayuda. Andrew, desacostumbrado a trabajar en estas condiciones, es obligado a doblegarse ante la experiencia y conocimiento de Michaela. Al final, tanto la confianza de Michaela en sí misma como la confianza del pueblo en ella se renueva.

Con todas las exigencias de ser padres, Michaela y Sully tienen dificultades para tener tiempo y ganas de romance. Sully se siente dejado de lado por Michaela, quien pasa mucho tiempo con su hija, incluso restando importancia a sus propuestas románticas para responder a los llantos de Katie. Él le confía esto a Dorothy, y ella le aconseja cortejar a Michaela, tal como él lo hizo al principio para ganarse su corazón. Pensando en que no funcionaría, él duda, pero decide que peor es nada. Luego de exponer a Katie al sarampión, Michaela necesita un mejor lugar para cuidarla mientras ella trabaja, por lo que Sully le propone usar una de las habitaciones de recuperación como guardería para su hija. Molesta por la exposición que tendrá su hija estando en la clínica, ella considera dejar su práctica a Andrew, y decide recortar sus horas, pero una visita sorpresa a la casa la convence de volver. Colleen, viendo que su madre se esfuerza por encargarse de todo a la vez, expresa preocupación por ella, debido a que ella fue aceptada en la universidad. Michaela le asegura que estará bien y alienta a su hija a perseguir su futuro. Entre lágrimas, la familia le da la despedida a Colleen. Al final, Michaela y Sully por fin encuentran tiempo y entusiasmo para el romance, con Michaela asegurándole a su esposo que Katie entiende la necesidad de sus padres para estar tranquilos.

El Sr. Norris, un abogado, deja junto a su esposa a su bebé bajo el cuidado de Michaela, debido a que sufre de diarrea. Michaela le aplica una hierba india para calmar su dolencia, lo cual al principio resulta. Sin embargo, el bebé recae y finalmente muere. Michaela piensa que la leche pudo haber estado contaminada, lo cual causó su muerte, pero el Sr. Norris no le permite hacer más investigaciones, por lo que presenta una demanda en contra de ella por negligencia médica. A pesar de que Danza de Nubes testifica a su favor, el Sr. Norris gana el juicio y se le exige a Michaela que no sólo se le está prohibido practicar la medicina, sino que también debe pagar una indemnización de $2000. Otro bebé llega a la clínica con los mismos síntomas, Michaela se da cuenta de que debe desafiar a la ley y tratar al niño. En eso, Michaela descubre que la verdadera causa es la botella con que alimentaban a los bebés, lo que mezclaba los residuos de leche vencida con leche nueva, causando así la enfermedad de ambos bebés. Con ello, la demanda es anulada y se le restituye la licencia a Michaela.

Una mujer llamada Gilda, quien es una cantante profesional, sufre de una enfermedad a la garganta que amenaza su vida, justo cuando Colleen tiene dudas sobre el colegio encontrando dificultades para adaptarse. Colleen decide que sería mejor renunciar a su sueño de ser doctora y convertirse en compañera de viajes de Gilda. Mientras, cuando el representante de Gilda, Max, trata de contratar a Sully para que lo ayude a matar a un oso, Sully y danza de nubes buscan una forma de infundir en la ciudad el amor hacia los animales salvajes. Además, Jake trata de usar sus privilegios como alcalde para acercarse a la famosa cantante, y Emma por fin gana aceptación de las mujeres del pueblo cuando Gilda le pide hacer un vestido para conciertos.

Michaela recuerda la fragilidad de la vida y está ansiosa por encontrar padrinos para Katie cuando Guillermo Morales, un nuevo vecino, es asesinado por un león montañés. Ella persuade al consejo del pueblo para contratar a la viuda de Guillermo, Teresa, como la nueva maestra de la escuela y trata de hacerse amiga de ella, para que así el Reverendo pueda volver a las necesidades del pueblo. Grace quiere adoptar a Anthony, legalmente, pero Robert E. tiene miedo de que la adopción pueda revelar cosas sobre su pasado que él prefiere mantener ocultas.

Cuando a Sully se le ofrece un empleo para ayudar a evaluar el nuevo Parque nacional en Yellowstone, Wyoming, Michaela debe enfrentar la posibilidad de dejar su práctica y todos sus amigos y mudarse a la naturaleza. Con el hecho de que Sully y a no sea más el nuevo agente indio local y excluido de la reservación, Michaela se da cuenta de que es importante para él tener un trabajo significativo. Dejándolo todo y a todos los que conoce y llevándose a su nueva bebé hacia la naturaleza, sin embargo, es una posibilidad intimidante para ella. Mientras, cuando Matthew y Emma piensan en el matrimonio, Emma obtiene una oferta de trabajo de Gilda St. Clair. Brian se desespera por su primera cita en el Baile de Corazones, y Dorothy le enseña a Danza de Nubes algunos pasos de baile mientras él le aporta antecedentes para un libro que ella está escribiendo. Becky y Colleen se dan cuenta de que a ambos les gusta Andrew. Sully secuestra a Michaela para una noche romántica en la naturaleza y haciendo el amor bajo una cascada.

Jake tiene la ventaja sobre Preston en las elecciones para alcalde de Colorado Springs luego de que Michaela respaldo en el debate. Sully se arriesga a que se le presenten cargos por traición por alludar a escapar a Río Fuerte, un Indio, luego de ser injustamente llevado a prisión por el Ejército. Pero es Michaela, quien al principio se opone al plan, quien se va a la cárcel por tratar la herida de bala de Río Fuerte, entregada por Jake quien siguió los consejos de Loren para ganar las elecciones. A pesar de esto, Michaela insiste en darle su apoyo a Jake y decide darle una lección a Jake junto a la gente opositora y a la que Jake hizo promesas si él salía electo como alcalde.

Un viejo prospector sufre una enfermedad del corazón y de demencia senil y deambula en el pueblo con una pepita de oro del tamaño de un puño. Mientras está bajo el cuidado de Michaela, él revela que es Lucius Slicker, el padre que abandonó a Jake y cuya negligencia sobre sus otros hijos los llevó a la muerte. Michaela trata de intervenir y ayudar a Jake, pero es Brian, quien se da cuenta de su propia necesidad de lidiar con los sentimientos por su padre biológico, lo que ayuda en mayoría a Jake. Mientras, Horace abandona su ética cuando intenta saltar hacia la reivindicación de Lucius, pensando que si él se volviera rico, Myra volvería a él.

Matthew es baleado por asaltantes de banco cuando nota a un hombre sospechoso adentro del banco y entra desarmado para investigar. Aun cuando Michaela le dice que descanse, él sale corriendo hacia el Comisario de los Estados Unidos, Elias Birch en un intento por provar que él es lo suficientemente hombre como para ser comisario. Cuando Michaela y Sully tratan de detener al herido, Preston y Hank también acechan a los asaltantes, con Hank imaginándose el dinero de la recompensa yendo hacia el nuevo hotel. Mientras, la viuda maestra de escuela, Teresa Morales, tiene problemas para mantener las reparaciones en su nuevo rancho, pero es demasiado orgullosa como para aceptar la oferta de ayuda de Jake -- al menos, hasta que Brian interviene.

Se empiezan a reunir nubes de tormenta cuando Michaela intenta hacer una cena para Acción de Gracias, a pesar de sus pocas habilidades en la cocina. Sin embargo, la celebración se ve amenazada por el mal tiempo, no sólo en cuanto al clima, sino también por el hecho de que Andrew estará en la clínica de Preston. Además, ni Colleen ni Matthew podrán estar para el Día de Acción de Gracias. Mientras, Preston está tratando sin mucho éxito de impresionar a su padre, el afamado Preston Lodge II, quien llegó al pueblo para la inauguración del hotel que inaugura Preston. Con el mal clima haciendo que Michaela trate de salvarse a sí misma y a su bebé, todos en el pueblo recuerdan el verdadero significado de Acción de Gracias.

Grace y Robert E. obtienen aprobación para abrir una escuela para gente de color. Los libros llegan, pero Teresa Morales se niega a enseñar en dicha escuela, debido a sus creencias, por lo que Grace se ofrece a enseñar en dicha escuela. Sin embargo, ella pronto ve lo avanzado que está Anthony, por lo que Grace y Robert E. intentan lo posible por hacer que Anthony vaya a la escuela del pueblo. Sin embargo, hay oposición muy violenta, debido a la discriminación y racismo de la gente. Incluso, Anthony termina muy herido debido a un golpe que sufre debido a una pelea. Además, Grace deja de trabajar para Preston, debido a que su hotel no admite "gente negra".

Tres personas que Michaela trata en su clínica, de repente se enferman gravemente y sólo dos de ellas mueren. La mujer que mira las hojas de la clínica también muere. Pronto, Dorothy también se enferma y Michaela logra descubrir la raíz de la infección: las herramientas de su padre. Danza de Nubes convence a Michaela de quemar todo lo de su clínica, así como ella hizo con las sábanas infectadas por tifus. Los aldeanos la ayudan quemando sus pertenencias de la clínica y consiguiendo nuevos materiales, pero ninguno desea volver a ser tratado por Michaela por miedo a que la infección vuelve. Mientras, Colleen llega de visita y la atracción entre ella y Andrew crece cada día más.

El Reverendo sufre de ceguera progresiva y aunque Michaela intenta todo lo posible porque él vuelva a ver, todo es en vano. Brian tiene una fe ciega en que el Reverendo recuperará la vista al ser la víspera de Navidad, declarando que en Navidad siempre ocurren milagros, por lo que él no se rinde y quiere terminar la estrella para el árbol de Navidad. Sin embargo, cuando descubre que el Reverendo ha quedado ciego para siempre, Brian pierde su fe y destruye la estrella. También el Reverendo pierde su fe, por lo que decide no dirigir el servicio de Navidad. Michaela, entonces, cree que la ceguera del Reverendo es un castigo de Dios, aunque no puede explicar por qué lo sería, debido a que el Reverendo es una persona demasiado noble. Sin embargo, Danza de Nubes le dice que Brian y el Reverendo no deberían considerar la ceguera como un castigo de Dios, sino como un mensaje de tomar un nuevo rumbo.

Cerca de Colorado Springs, se construirá una presa, a lo que Sully se opone, encontrándose a sí mismo fuera de la ley. Además, une fuerzas con Preston cuando éste declara que quiere detener pacíficamente la construcción de la presa. Sin embargo, pronto descubre que los hombres que Preston contrató para desviar el cargamento de dinamita están dispuestos a matar a los testigos. Sin embargo, cuando uno de los testigos declara que Sully estaba en el atentado, Matthew se ve obligado a arrestarlo cuando el Juez Webster lo declara culpable.

Theodore Quinn, el respetado tío de Michaela, llega al pueblo. Sin embargo, pronto se cuestiona las habilidades paternales de Sully y Michaela y está dispuesto a llevarse a Brian con él a Boston. Brian considera irse con él cuando Theodore ve un gran talento musical y lo tienta con sueños y aspiraciones de éxito. Theodore pronto desaprueba los pensamientos liberales de Michaela y Sully y piensa que eso puede poner en peligro la vida de Brian. A causa de su desaprobación, durante una aventura con Sully, Brian se lastima una pierna. En eso, Michaela pronto descubre que su tío trata de reemplazar a su difunto hijo por Brian.

En una visita de Kid Cole y la Hermana Ruth, Michaela descubre que el matrimonio está enfriándose entre ellos sin razón aparente, mientras ellos escoltan a dos esposas por correspondencia. Pronto Michaela descubre la tensión entre ambos y que la Hermana Ruth está dispuesta a divorciarse de él. Sin embargo, aunque Kid Cole había dicho que su tuberculosis había desaparecido, Michaela descubre que en realidad Kid Cole todavía tiene la enfermedad y le queda poco tiempo de vida, descubriendo con ello que es la verdadera razón por la que ellos quieren divorciarse, ya que Kid Cole se mostró frío con ella por miedo a que ella sufra cuando lo vea morir.

Colleen, en una visita, informa que debe hacer un trabajo, donde debe investigar el caso más memorable de un doctor. Así, Michaela recuerda los casos que ha atendido en episodios y temporadas anteriores, recordando tanto sus éxitos como fracasos e incluso los casos más raros que ha tenido y los más significativos. Sin embargo, Andrew contrae una enfermedad misteriosa y su condición empeora con el pasar de las horas, por lo que Colleen decide quedarse en Colorado Springs para cuidar de Andrew, faltando incluso a sus clases si es necesario. Pronto, cuando él se recupera, Michaela recuerda su caso más memorable: el nacimiento de Katie.

Llega al pueblo Daniel Simon, el mejor amigo de Sully, mientras él y Michaela están en una especie de crisis económica muy fuerte, debido a que ellos hipotecaron su casa con Preston tras un préstamo. Sully decide aceptar trabajos muy especiales sin dudarlo para así reunir el dinero suficiente como para pagar el préstamo, mientras Daniel convence a Michaela para cobrar por sus servicios médicos, debido a que la gente a la que ella atiende no tiene suficiente dinero y las mujeres del pueblo (tanto las que Michaela atiende como las esposas y madres de los pacientes) le pagan con cosas como conservas y tartas. Llega la fecha tope y Preston presiona a Michaela para que pague el préstamo. Cuando Sully llega, descubre que Daniel pagó el préstamo, causando su molestia.

Después de que Preston exige el pago del préstamo de la granja mientras Sully está fuera, la Dra. Mike acepta a regañadientes la oferta de Daniel de pagarlo, lo que tensa aún más las relaciones. Las cosas también se complican porque Daniel se ha enamorado de la Dra. Mike.

Dos hermanos asaltantes de bancos toman como rehenes a Michaela, Brian y Katie en su propia casa. Uno de los hermanos está herido y Michaela promete ayudarlo, pero por sus propios medios intenta retener a los hermanos ahí para que sean detenidos. Sully es herido en un intento por rescatar a su familia y decide buscar ayuda con Danza de Nubes, quien envía a Lobo para buscar a Matthew, quien pronto va a la casa de Michaela junto a Hank y Andrew. Pronto, tras un tiroteo, Matthew logra tomar presos a los hermanos.

Todos en el pueblo están emocionados por la llegada del afamado escritor y poeta Walt Whitman. Preston está dispuesto a prestar su hotel para la lectura de los poemas del famoso escritor. Sin embargo, pronto empiezan a circular rumores sobre la vida privada del Sr. Whitman, que dicen que él prefiere la compañía de hombres antes que de mujeres. Todos en el pueblo, incluida Michaela, sospechan del hombre. Debido a la cancelación de la lectura, Michaela quiere que Whitman lea sus poemas en la iglesia, pero cuando los rumores circulan, el Reverendo se ve obligado a cancelar la lectura. Michaela lo induce a llamar a su pareja, confirmando así los rumores. Las sospechas de Michaela pronto se aumentan cuando Whitman pasa mucho tiempo con Brian. Sin embargo, cuando ella escucha sigilosamente la conversación entre su hijo y el escritor, Michaela deja de sospechar de Whitman y se lleva a cabo la lectura de poemas al aire libre.

Michaela descubre que Horace estuvo a punto de suicidarse, tomándose dos botellas de láudano, tras recibir el documento oficial de divorcio de Myra. En un intento de Michaela por hacer que Horace se recupere, envía por Myra y Samantha, pensando que será la cura para su melancolía. Sin embargo, se da cuenta de que su "cura" está haciendo peor a Horace, quien nuevamente trata de matarse. Todos en el pueblo tratan de ayudar en lo posible para que Horace sea internado en una clínica mental. Sin embargo, Horace decide hacer que Myra sea feliz y les dice a ella y a su hija que deben irse a San Luis. Así, Horace pronto se recupera de su depresión descubriendo que él necesita otra persona importante para que él salga de su depresión: su hija Samantha.

Llega al pueblo Marjorie, la alguna vez puritana hermana de Michaela. Marjorie está sobrellevando un divorcio, debido a lo cual ahora Marjorie se ha vuelto una mujer totalmente liberal e independiente. Al principio, la actitud de Marjorie incomodan a Loren Bray, pero luego la relación entre ambos llega hasta el punto en que Michaela se cuestiona el comportamiento de su hermana. Además de ello, Marjorie se ha vuelto toda una aficionada por el movimiento por el sufragio femenino. Teresa también tiene dudas por la extravagancia de Marjorie. Sin embargo, Michaela pronto se da cuenta de que Marjorie es mucho mejor ahora que como era antes, sin importar lo que le cueste aceptar la nueva forma de ser de su hermana.

Sully y Brian forjan un verdadero vínculo padre-hijo cuando el comportamiento despreocupado e irresponsable de Brian en su adolescencia lo pone en peligro mortal, y Sully lo disciplina. Como padre adoptivo de Brian, Sully ha dejado que Michaela establezca las reglas para él hasta ahora. Pero cuando el mal comportamiento de Brian con su amigo Anthony los pone a ellos y al pueblo en peligro, Michaela y Sully se dan cuenta de que Brian necesita, y quiere, que Sully actúe como su verdadero padre y le ponga los límites que necesita, lo cual mejora y fortalece su vínculo.

Sully se convierte en el hombre más buscado del pueblo cuando desafía una orden gubernamental que le prohíbe vincularse con la reservación Cheyenne y organiza un escape para Danza de Nubes, lo cual arriesga sus vidas. Una golpiza salvaje hacia Danza de Nubes a manos de un hombre de la caballería hace que Sully se de cuenta de que la vida en la reservación para su amigo y los Cheyenne ya no se puede tolerar más. Incluso Michaela se da cuenta de que se deben tomar medidas drásticas. Pero la intercesión de Sully tiene repercusiones mortales. Durante el escape, soldados perros muy reprimidos pierden el control, buscando venganza contra el Ejército y las familias locales, y el resultado es una masacre de la cual el Sargento McKay hace responsable a Sully.

Ahora con un precio sobre su cabeza, Sully convence a Michaela que es más seguro para la familia que él desaparezca por un tiempo, y así ellos se dan una despedida muy dolorosa. Sully y Danza de Nubes buscan refugio en los cañones para esconderse del Ejército, mientras los actos de los renegados soldados perros cobran un precio sobre el pueblo. Pero cuando Sully y Danza de Nubes ven soldados cerca de ellos, Sully insiste en distraer a los jinetes, dándole a Danza de Nubes la oportunidad de escapar. Al mismo tiempo en que Sully distrae a los soldados para ayudar a escapar a Danza de Nubes, también se encuentra a sí mismo rodeado en el acantilado por el Sargento O'Connor, quien ha querido matar a Sully desde la última vez que pelearon, justo antes de que Katie naciera. Mientras ellos comienzan una feroz batalla de mano a mano, Michaela y el Sargento McKay, quienes han tratado de encontrar a Sully antes que O'Connor, llegan al acantlidado, Michaela descubre que llegaron demasiado tarde. Michaela entonces se queda impactada, preguntándose si acaso su esposo está vivo o muerto.