Meses después de las explosiones ocurridas tanto en Pinehearst como en Primatech, nuestros héroes intentan dar la espalda al pasado y comenzar con sus nuevas vidas. Ahora sin poderes, Hiro intenta entrenar a un nuevo Ando para que sea un verdadero superhéroe. Suresh vuelve a ser un taxista, Peter volveráa salvar vidas, y Daphne y Matt intentarán vivir como una pareja normal. El intento de Claire para vivir una vida normal y corriente dura poco cuando descubre un plan malvado, con Nathan a la cabeza, para perseguir y capturar a aquellos con poderes. Mientras, Sylar comienza la búsqueda de sus verdaderos padres.

Seis semanas después de que Matt y los otros borrasen la mente de Sylar, los Heroes intentan seguir llevando una vida normal. Se nos presenta a una "familia" de feriantes con habilidades. Angela Petrelli y H.R.G. están trabajando para restablecer La Compañía mientras Claire hace nuevos "amigos" en el colegio. Tracy sigue cazando a todos los del Edificio 26, mientras Hiro y Ando comienzan un negocio de "Heroes de alquiler"

Peter encara circunstancias inesperadas por sus heróicos actos y conoce a un nuevo héroe poco dispuesto. Como Claire continúa ajustando su vida de estudiante, debe pensar cómo llevar que su habilidad haya sido revelada. Mientras tanto, Samuel mueve cielo y tierra para recuperar las memorias de su difunto hermano Joseph. En otro lugar, Matt lucha con sus demonios internos mientras Sylar resurge misteriosamente.

Un choque de trenes en Nueva York provoca numerosas víctimas y Peter se desplaza hasta el lugar para ayudar. El único problema es que, cada vez que cura a alguien, su energía disminuye. Por otro lado, a pesar del caos, Emma finalmente logra utilizar sus conocimientos para salvar la vida de una niña. Además, Gretchen tiene tanto miedo tras lo que pasó con Becky que Claire pide al hombre de las gafas de pasta que las ayude. Esto no alivia a Gretchen, que decide tomar el primer vuelo a casa y dejar la escuela. Claire pronto descubre que no es a ella ni a Gretchen a quien quiere matar Becky. Por otro lado, Samuel se despierta en casa de Lidia como Nathan. Asustado, Nathan se pone la ropa de Sylar y vuela a Nueva York, donde se desmaya en los brazos de Peter. Nathan tiene problemas y necesita ayuda.