Todos los pasajeros de un tren de cercanías murieron súbitamente. Y sus aparatos eléctricos, teléfonos, ordenadores, lectores mp3 también se pararon. Como si se hubiera pulsado un interruptor el conjunto del tren parece haberse quedado sin energía. Durante la investigación del caso, Peter ve que algo no va bien con Walter, que continúa luchando para esconder bien su inimaginable secreto. Pero la investigación los hace toparse con Alistair Peck (Peter Weller), un hombre poderoso y cuya energía trae consecuencias

El equipo Fringe investiga un ataque bioterrorista el cual dejó a un hombre muerto, sin huesos en su cuerpo, por lo que Walter lo relaciona con el proyecto Medusa en el que trabajó en la presidencia de Nixon. El equipo contacta con uno de los jóvenes que fue tratado con cortexipán y desarrolló habilidades de telepatía, con el propósito de leer la mente del terrorista que se encuentra en coma. Mientrass tanto, Nina Sharp descubre al autor de los tratados sobre la Primera Gente, y Olivia se entera de que Peter aun tiene sentimientos por Falsolivia.

Olivia viaja con Weiss para conseguir la caja y la llave que ésta contiene como palanca, Weiss explica que desciende de una familia de Weiss quienes han tratado de completar la información sobre las Primeras Personas y el dispositivo.Al abrir la caja encuentran que Olivia es la palanca para apagar el dispositivo. Walter descubre que las tormentas eléctricas se están produciendo entre Massachusetts y Nueva York, por lo que propone trasladar la máquina para Nueva York creando una sóla polaridad. Olivia apaga la máquina y Peter puede ingresar. Peter despierta en la ciudad de Nueva York 10 años después y ve que la Torre de la Libertad ya está construida en el 2021.