Bones va a Nueva Orleans después de Katrina y se involucra en un asesinato guiado por el vudú.

Booth y Bones investigan un asesinato que está relacionado con el padre de Bones. Mientras tanto, después de obtener su doctorado, Zack se somete a un cambio de imagen para parecer más profesional.

La falta de juicio de Hodgins puede hacer que un asesino quede en libertad, Brennan explora el mundo de las citas y Booth continúa con su terapia.

A medida que se acerca la boda, el equipo investiga la vida/muerte de una niña pequeña. El padre de Bones aparece, con un objeto de valor familiar y un mensaje de su madre.

Bones busca a regañadientes un reemplazo para Zack. Un cráneo es arrojado desde un paso elevado de la autopista y golpea un vehículo. Hay evidencia de que la víctima fue devorada por un caníbal.

Una madre futbolera muere cuando su coche explota, lo que lleva al equipo a descubrir que ella era una sospechosa de asesinato buscada durante 30 años.

El asesino Gormogon vuelve a atacar, y su próximo movimiento está un poco cerca de casa. Russ regresa para enfrentar una violación de libertad condicional cuando la hija de su novia empeora.

Brennan y Booth investigan la muerte de un Papá Noel mientras Bones intenta darle a su padre la Navidad que siempre ha soñado, y Booth acepta no pasar las fiestas con Parker.

El padre de Brennan, Max, va a juicio por el presunto asesinato del Subdirector del FBI Robert Kirby, lo que requiere que todos en el equipo de Jeffersonian, excepto Brennan, testifiquen a favor de la acusación. Brennan, asesora forense de la defensa, intenta desesperadamente demostrar la inocencia de su padre. Mientras tanto, Booth necesita la ayuda del terapeuta Dr. Lance Sweets para mejorar su colaboración con Brennan.

El equipo Squint Squad sufre una gran desilusión mientras lidian con las secuelas del tiroteo y finalmente se revela a Gormogon y a su aprendiz.

A skull is found in a crushed car. The investigation leads to an artist who used crushed vehicles in his artwork, leaving the team to wonder if he made himself part of his art.

Bones y Booth vuelan a China para que Brennan pueda identificar unos restos. Durante el vuelo, se descubre un cuerpo dentro de un horno. Bones y Booth deben resolver el crimen antes de que el vuelo aterrice en China.

El cuerpo de una víctima es encontrado en un lago congelado. Booth identifica el cuerpo como el de un jugador de hockey rival, lo que convierte a Booth en sospechoso del crimen. Ahora los Squints tienen que trabajar con un nuevo agente para resolver el crimen.

Historia de un asesinato en un club nocturno con múltiples sospechosos, con rostros conocidos desde una perspectiva diferente. Cuando la historia termina, la crisis de salud de Booth da un giro inesperado.

Bones regresa de Guatemala mientras Booth finalmente es declarado apto para el servicio; Booth está ansioso por demostrar que está completamente recuperado, incluso aceptando ayuda de la psíquica de Angela. Las cosas toman un giro interesante cuando la psíquica les informa que hay una fosa común debajo de una fuente.

El episodio número 100 marca un hito, llevando a los espectadores seis años atrás en el tiempo mientras Brennan y Booth cuentan el primer caso en el que trabajaron juntos. Con Sweets terminando su libro sobre su asociación, Brennan y Booth aprovechan esta oportunidad para aclarar los hechos. Un joven y rebelde agente del FBI, Booth, busca la ayuda de un equipo de científicos antropológicos y un artista callejero para encontrar las pruebas que demuestren la culpabilidad de su sospechoso de alto perfil. Aunque están en territorio desconocido, la Dra. Brennan, su estudiante graduado Zack y Hodgins se ponen manos a la obra, impresionando a Booth con su habilidad para descubrir nuevas pistas y respaldar su teoría sobre un juez de distrito con conexiones. Mientras el caso sienta las bases para una exitosa asociación futura, también revela los complicados comienzos románticos del dúo formidable, cuyos sentimientos mutuos casi destruyeron al equipo pero que aún perduran años después.

El juicio del sepulturero impacta de cerca a los miembros del equipo, y todos en el Jeffersonian deben trabajar horas extras para descubrir las pruebas forenses que permitan obtener una condena.

El equipo trabaja para descubrir pistas enterradas bajo una vida llena de posesiones guardadas por un acumulador con el fin de resolver el misterio de su muerte. Mientras tanto, el padre de Angela tiene un propósito específico para su visita más reciente, y Brennan y Booth se enfrentan a oportunidades únicas.

De todas partes del mundo, el antiguo equipo de Brennan se reúne para ayudar a Cam a resolver un difícil caso de identificación del cadáver de un bebé desconocido, ya que su fracaso podría arruinar su carrera. Pronto se dan cuenta de que esto puede no ser solo un caso, sino dos.

Después de que se encuentran un cráneo y manos en descomposición en un contenedor de basura, el equipo no solo debe resolver el crimen, sino también buscar el resto de los restos de la víctima. Identificado como Ray Raminsky, resulta que la víctima era un cazador de recompensas en busca de Charles Braverman, un hombre acusado del asesinato de un compañero de trabajo. Mientras tanto, Brennan es invitada por el profesor Bunsen Jude "The Science Dude" a participar en un episodio de su programa infantil desde el Laboratorio Jeffersonian, como invitada especial. Brennan inicialmente lo rechaza, pero se sorprende cuando él le hace una oferta que no puede rechazar, por lo que acepta como su nuevo "squintern". A medida que el equipo reconstruye los detalles del crimen, descubren que no están solos en la búsqueda de Braverman y se encuentran en una persecución con un sospechoso inesperado.

La ciudad espera ansiosa la llegada de Heather Taffet, más conocida como "La Excavadora de Tumbas", para su última apelación después de ser condenada a muerte por un secuestro y asesinato, así como una serie de crímenes igualmente despiadados. Pero cuando una bala dirigida a La Excavadora de Tumbas es disparada desde lejos y la alcanza, el equipo de Jeffersonian tiene la tarea de reconstruir la ubicación exacta del francotirador, así como identificar al sospechoso y sus motivos. Con la ayuda de la investigadora Caroline Julian, Booth y Brennan elaboran una lista de sospechosos probables, pero las pruebas y la habilidad extraordinaria necesaria para llevar a cabo el crimen llevan al equipo a creer que fue un trabajo interno y profesional, dejando a Max, el padre de Brennan, e incluso a Booth como sospechosos plausibles. Mientras tanto, Sweets intenta mantener la compostura después de verse envuelto en la tormenta justo momentos después de un encuentro frío con La Excavadora de Tumbas.

Después de asesinar notoriamente a "El sepulturero", el francotirador fugitivo Jacob Broadsky vuelve a atacar. Esta vez, su víctima es un sospechoso anterior que escapó del sistema de justicia. Más decidido que nunca a atrapar a Broadsky, Booth utiliza su propio entrenamiento militar para vencer al francotirador en su propio juego. Jura hacer lo que sea necesario para asegurarse de que se haga justicia. En un enfrentamiento acalorado y dramático, Booth tiene minutos para atrapar a Broadsky antes de que alcance a su objetivo previsto, pero la habilidad y velocidad de Broadsky pueden resultar ser un digno adversario. Mientras tanto, el padre de Angela visita el Jeffersonian y insiste en ponerle nombre a su futuro nieto.

Una misteriosa joven sorda se cree que cometió recientemente un asesinato después de que la encuentran en las calles, cubierta de sangre y sosteniendo un cuchillo. Depende del equipo de Jeffersonian descubrir quién es esta chica y determinar si realmente es la culpable del asesinato.

Dixie, un ex convicto llamado Finn Abernathy, un genio, se une al equipo e impresiona incluso a Bones. Él tiene que enfrentarse a preguntas difíciles sobre su pasado y moralidad, pero pronto entabla una relación con Hodges, quien inicialmente era hostil. El caso trata sobre una campeona de competencias de comer, cuyo cadáver está siendo devorado desde adentro por una serpiente viva. Booth se enfoca en sus rivales para los próximos Juegos de la Gula, un evento de primer nivel con un premio de $10,000, su esposo y manager Brian Tobin. Todos intentan hacer entender a Bones que debe tener en cuenta las emociones de Booth como un orgulloso futuro padre.

Se depositó una columna vertebral humana durante la noche en el monumento a Lincoln con un mensaje desafiante para encontrar el resto. Sus vértebras fueron reensambladas, formando un código con el que Hodgins se obsesiona por resolver. La sangre en ella proviene de 5 agentes del FBI, que la donaron en la Cruz Roja. Sweets y su perfil ayudan a Booth a identificar sospechosos, en particular al brillante hacker Christopher Pelant y al omnipresente reportero de periódico Ezra Krane. Sigue otro asesinato y un crimen de diversión altamente original. Mientras tanto, Bones acepta quedarse en casa y considera seriamente las ideas de Booth para un nuevo hogar.

Un cerdo de un buscador de trufas de West Virginia encuentra por accidente un cadáver en el bosque. El asesinato puede encajar en una centuria de feroz y vívida disputa entre las familias vecinas Babcock y Mobley, que un abogado de la familia había convertido recientemente en una interminable litigación. Los recursos naturales y el amor prohibido también podrían resultar cruciales. Sweets se encarga de interrogar por su cuenta mientras Booth está ocupado impidiendo que Bones persiga a todos los cuidadores de bebés, incluso a su propio padre.

El presunto asesino en serie Christopher Pelant, el genio de la informática, claramente espera evitar el juicio desacreditando por completo al equipo de Jeffersonian. Jugando con sus emociones, cada uno de ellos cae en una trampa para cometer errores innegables, a menudo ilegales, que conducen a su destitución como testigo e incluso a la suspensión de sus deberes, como le sucede a Booth. Ante las amenazas implícitas hacia la bebé Christine y las pruebas acumuladas en contra de Bones misma en el asesinato de su mentor detenido, el Dr. Ethan Sawyer, Max argumenta convincentemente que sería mejor que ella desapareciera hasta que se aclare el caso.

Meses después, Brennan sigue huyendo del FBI, después de ser incriminada por asesinato por Christopher Pelant. El equipo restante busca al verdadero asesino.

Un hombre muere en una explosión de un automóvil. Después de identificar al hombre, Booth y Brennan descubren que sigue vivo. Resulta que los dos hombres son gemelos que no sabían de la existencia del otro. Ambos hombres son maltratados por sus esposas, una de las cuales quería que su esposo muriera.

Después de que Hodgins y Angela fueran drogados y despertaran con un cadáver ensangrentado colgado en la cama y pétalos de flores alrededor de la cuna de su hijo Michael, se ven obligados a creer que Pelant ha vuelto para vengarse de Hodgins. Aunque Hodgins quiere ir tras Pelant directamente, Booth sabe que es mejor trabajar dentro del sistema y no ir en contra del protocolo. Mientras tanto, mientras el equipo de Jeffersonian investiga el cadáver, descubren que la víctima era un agente de las Fuerzas Especiales que trabajaba para el proveedor de mercenarios más grande del mundo, y Angela y Hodgins deciden iniciar una investigación sin el resto del equipo de Jeffersonian por el bien de su familia.

An undercover police officer, who was investigating a string of ATM robberies, turns up dead in a van with a bag of diamonds found inside his mutilated body. So the Jeffersonian team must figure out whether or not the ATM robbers are also murderers, or if the cop was crooked. Meanwhile, Brennan is the subject of a documentary commissioned to raise funds for the Jeffersonian, and she struggles to be likeable on camera.

Cuando el malvado genio de la tecnología Christopher Pelant regresa para jugar con el equipo de Jeffersonian en su nueva investigación, descubren que la serie de asesinatos que han estado ocurriendo están relacionados con agentes del FBI cercanos a Booth. Mientras tanto, a medida que avanza la investigación, Sweets se da cuenta de que las pruebas le resultan demasiado familiares y Brennan comienza a evaluar su relación con Booth cuando las señales comienzan a apuntar a él como un posible objetivo de Pelant.

Bones está herida porque Booth retiró su aceptación de su propuesta, y el equipo está de su lado. Eventualmente se da cuenta de que él debe tener una razón y confía en él. Un contador del gobierno es asesinado y la CIA también está interesada en el caso.

Sweets está de sabático del FBI y haciendo trabajo voluntario en una comunidad pobre de México. Cuando descubren que una víctima encontrada quemada en un coche es alguien de la comunidad, Booth pide la ayuda de Sweets.

El equipo crea una escena de asesinato falsa para imitar el trabajo de Chris Pelant, esperando que Pelant se ponga en contacto con ellos sobre un asesino imitador.

Brennan y Booth se van a casar mañana, pero no sin antes resolver un asesinato. El equipo llama a todos los becarios para ayudar con el caso, así Brennan no tiene que hacer nada.

El equipo de Jeffersonian investiga el asesinato de un científico de alimentos cuyos restos fueron arrojados a una picadora de carne y mezclados en latas de estofado servido en una cafetería escolar. Cuando el equipo descubre la más reciente -y altamente lucrativa- invención culinaria del científico, comienzan a seguir la pista de competidores celosos en la industria alimentaria de varios millones de dólares. Mientras tanto, Angela planea una despedida de soltera post-boda para Brennan y se vuelve más loca de lo planeado.

Cuando se encuentra asesinado un informante de la CIA, Booth y el agente de la CIA Danny Beck deben trabajar juntos para rastrear a un terrorista afgano. Mientras tanto, Brennan quiere trabajar más de cerca con Booth en el campo, y la pareja debe enfrentar las implicaciones de lo que eso significa para su familia.

El equipo de Jeffersonian investiga la muerte de Stephanie McNamara, la hija de una familia adinerada cuyos restos fueron encontrados en un parque nacional. Cuando el equipo profundiza en las circunstancias que rodean su muerte, las pistas del caso los llevan a creer que ella podría ser la última víctima del "Asesino Fantasma", con una conexión sorprendente con una víctima anterior. Mientras tanto, el Subdirector del FBI muestra un interés especial en el caso de alto perfil del equipo y la carrera de Booth podría estar en camino de algunos cambios.

El equipo investiga la muerte de un hombre que le había ofrecido a Booth información sobre un posible encubrimiento gubernamental relacionado con un caso anterior, pero fue asesinado antes de que tuvieran su reunión. A medida que Booth y el equipo de Jeffersonian profundizan en la creciente conspiración que rodea la muerte del hombre, queda claro que Booth puede estar metido en problemas y su futuro con el FBI se pone en duda.

Booth está en prisión después de ser incriminado por matar a tres agentes del FBI. Ahora le toca a Brennan, Sweets y al resto del equipo de Jeffersonian descubrir quién en el FBI está detrás de la conspiración.

El equipo despide a su querido psicólogo. Pero antes de hacerlo, necesitan su ayuda para encontrar a su asesino, quien puede ayudarlos a acercarse aún más a descubrir quién está detrás de la conspiración.

En la década de 1950 en Hollywood, Brennan es un detective del LAPD que se enfrenta al sexismo en la fuerza policial, y Booth es un notorio ladrón de joyas que es incriminado por asesinato.

When an affluent school teacher is found dead in an abandoned bookstore, the teachers and students at her school become suspects in the case. Meanwhile, Brennan's publisher encourages her to join Twitter to help grow her fan base, and "squintern" Jessica Warren teaches Brennan some tricks to master the Twitter-verse, skills Brennan enthusiastically puts to use.

Con solo 48 horas antes de la ejecución del asesino en serie Alex Rockwell, a quien Brennan y Booth ayudaron a condenar, el equipo de Jeffersonian debe correr contra el reloj para confirmar la nueva sospecha de Brennan de que Rockwell puede no haber sido responsable de esos crímenes.

Mientras el equipo investiga un asesinato, las pruebas encontradas en la escena del crimen les recuerdan a un viejo enemigo. Por otro lado, Angela se preocupa por la decisión de Hodgins y ella, mientras que Booth y Brennan consideran una vida sin el Jeffersonian.

Mientras Booth y Bones dan el siguiente paso en sus vidas, los demás miembros del Jeffersonian están adaptándose al cambio. Aubrey está asumiendo su nuevo papel en el FBI y emocionado por su próximo caso.

A medida que Aubrey y Miller investigan más sobre el paradero de Booth y sus intenciones, nuevas pruebas salen a la luz sugiriendo que se trata de un trabajo interno.

El equipo corre contra el reloj para descubrir quién asesinó a un senador de Estados Unidos de Virginia antes de una conferencia de prensa vital que podría promocionar al asesino.

Aubrey y Hodgins resultan heridos en una explosión. El equipo se esfuerza al máximo para encontrar al asesino de un policía. Arastoo le pide a Cam que vuelva con él. Hodgins tiene complicaciones con su lesión.

Han pasado 8 semanas desde la explosión que dejó a Hodgins paralizado. Está haciendo sus ejercicios, pero no está seguro de estar bien con pasar el resto de su vida en una silla de ruedas.

El equipo investiga el asesinato de alguien que Booth y Brennan conocían, mientras el padre de Aubrey regresa.

Booth busca en su pasado porque empiezan a aparecer cadáveres cerca de Washington, D.C. que están conectados con su antiguo unidad del ejército. Brennan entra en pánico por su padre, no sabe si puede confiar en él debido a un procedimiento médico.

Booth intenta protegerse a sí mismo y a quienes están más cerca de él cuando Kovac escapa e inicia su plan más peligroso hasta el momento.

El equipo busca evidencia para rastrear a Kovac.

De todas partes del mundo, el antiguo equipo de Brennan se reúne para ayudar a Cam a resolver un difícil caso de identificación del cadáver de un bebé desconocido, ya que su fracaso podría arruinar su carrera. Pronto se dan cuenta de que esto puede no ser solo un caso, sino dos.

When an affluent school teacher is found dead in an abandoned bookstore, the teachers and students at her school become suspects in the case. Meanwhile, Brennan's publisher encourages her to join Twitter to help grow her fan base, and "squintern" Jessica Warren teaches Brennan some tricks to master the Twitter-verse, skills Brennan enthusiastically puts to use.

Brennan y Booth investigan la muerte de un Papá Noel mientras Bones intenta darle a su padre la Navidad que siempre ha soñado, y Booth acepta no pasar las fiestas con Parker.

An undercover police officer, who was investigating a string of ATM robberies, turns up dead in a van with a bag of diamonds found inside his mutilated body. So the Jeffersonian team must figure out whether or not the ATM robbers are also murderers, or if the cop was crooked. Meanwhile, Brennan is the subject of a documentary commissioned to raise funds for the Jeffersonian, and she struggles to be likeable on camera.

La ciudad espera ansiosa la llegada de Heather Taffet, más conocida como "La Excavadora de Tumbas", para su última apelación después de ser condenada a muerte por un secuestro y asesinato, así como una serie de crímenes igualmente despiadados. Pero cuando una bala dirigida a La Excavadora de Tumbas es disparada desde lejos y la alcanza, el equipo de Jeffersonian tiene la tarea de reconstruir la ubicación exacta del francotirador, así como identificar al sospechoso y sus motivos. Con la ayuda de la investigadora Caroline Julian, Booth y Brennan elaboran una lista de sospechosos probables, pero las pruebas y la habilidad extraordinaria necesaria para llevar a cabo el crimen llevan al equipo a creer que fue un trabajo interno y profesional, dejando a Max, el padre de Brennan, e incluso a Booth como sospechosos plausibles. Mientras tanto, Sweets intenta mantener la compostura después de verse envuelto en la tormenta justo momentos después de un encuentro frío con La Excavadora de Tumbas.

El juicio del sepulturero impacta de cerca a los miembros del equipo, y todos en el Jeffersonian deben trabajar horas extras para descubrir las pruebas forenses que permitan obtener una condena.

La falta de juicio de Hodgins puede hacer que un asesino quede en libertad, Brennan explora el mundo de las citas y Booth continúa con su terapia.

El equipo de Jeffersonian investiga el asesinato de un científico de alimentos cuyos restos fueron arrojados a una picadora de carne y mezclados en latas de estofado servido en una cafetería escolar. Cuando el equipo descubre la más reciente -y altamente lucrativa- invención culinaria del científico, comienzan a seguir la pista de competidores celosos en la industria alimentaria de varios millones de dólares. Mientras tanto, Angela planea una despedida de soltera post-boda para Brennan y se vuelve más loca de lo planeado.

El equipo de Jeffersonian investiga la muerte de Stephanie McNamara, la hija de una familia adinerada cuyos restos fueron encontrados en un parque nacional. Cuando el equipo profundiza en las circunstancias que rodean su muerte, las pistas del caso los llevan a creer que ella podría ser la última víctima del "Asesino Fantasma", con una conexión sorprendente con una víctima anterior. Mientras tanto, el Subdirector del FBI muestra un interés especial en el caso de alto perfil del equipo y la carrera de Booth podría estar en camino de algunos cambios.

Bones regresa de Guatemala mientras Booth finalmente es declarado apto para el servicio; Booth está ansioso por demostrar que está completamente recuperado, incluso aceptando ayuda de la psíquica de Angela. Las cosas toman un giro interesante cuando la psíquica les informa que hay una fosa común debajo de una fuente.