La Galactica y las otras naves restantes, con alrededor de 50,000 personas a bordo, están siendo perseguidas por los Cylons. Se ven obligados a saltar al hiperespacio cada 33 minutos. De alguna manera, los Cylons saben hacia dónde van y aparecen exactamente 33 minutos después de que la Galactica llega. La tripulación no ha dormido en más de 130 horas y todos están exhaustos. Se alegran cuando finalmente dan un salto y los Cylons no aparecen en el minuto 33. También son propensos a cometer errores y se dan cuenta de que han dejado atrás una nave, la Olympic Carrier, con 1300 pasajeros a bordo. Cuando la nave se reincorpora a la flota unas horas después, los Cylons vuelven a llegar 33 minutos después, lo que lleva a Adama a concluir que hay espías Cylons a bordo. La Presidenta Roslin ahora se enfrenta a una decisión importante. La identidad del Cylon a bordo de la Galactica es revelada.

La Presidenta Roslin llega a la Galactica mientras el lado Cylon de Boomer se afirma, obligándola a sabotear el suministro de agua de la Galactica en contra de su voluntad. Una serie de explosiones provoca la pérdida del 60% de las reservas de agua y el Comandante Adama se ve obligado a implementar racionamiento y comenzar una búsqueda en los sistemas planetarios cercanos en busca de depósitos de H20.

Decidiendo utilizar a los mil prisioneros a bordo de una nave de transporte de prisioneros para extraer hielo en el planeta que han encontrado, los planes de Galactica se ven alterados cuando un prisionero político a bordo lidera un levantamiento, tomando rehenes. Cuestiona la legitimidad del gobierno de Roslin y exige que se realicen elecciones libres en la flota.

Hay una fiesta en la cubierta de vuelo de Galactica, ya que Flat-Top acaba de realizar su milésimo aterrizaje. Sin embargo, algo sale terriblemente mal cuando un dron explota accidentalmente en un grupo de pilotos. 13 están muertos. Durante la ceremonia, Kara Thrace comienza a pensar en su difunto prometido Zak Adama. Y esos recuerdos se vuelven aún más claros cuando Adama le ordena que comience a entrenar nuevos pilotos. Ella parece muy incómoda al hacerlo. El favor que hizo por Zak al dejarlo pasar el vuelo básico parece molestarla cada vez más. Enfurecida, deja de entrenar pilotos después de solo un día. Mientras tanto, en la Caprica ocupada por los Cylon, Helo y Cylon-Sharon encuentran un refugio antiaéreo en un restaurante. Parece ser un buen lugar para quedarse por un tiempo. Hay comida, agua y medicamentos contra la radiación en abundancia.

Starbuck ha sido derribada sobre una luna estéril y debe ser rescatada antes de que se quede sin oxígeno. Adama se obsesiona con tratar de salvarla incluso cuando toda esperanza parece perdida, poniendo en riesgo a la flota. Mientras tanto, Starbuck encuentra el Cylon Raider que derribó e intenta aprender a volarlo para poder escapar.

Después de que Baltar tiene una discusión con la visión de Number Six que ve en su cabeza, una copia física del modelo Cylon Number Six aparece en el CIC de la Galactica afirmando ser una mujer llamada Shelley Godfrey, quien tiene pruebas que demuestran que Baltar ha traicionado a la humanidad... excepto que ella está tratando de incriminarlo por un acto de sabotaje previo al ataque.

Después de que el Cylon interrogado le dio a Roslin la idea de que Adama podría ser un Cylon, Roslin se vuelve sospechosa de él. Inesperadamente, la esposa separada del Coronel Tigh, Ellen, aparece viva en la flota, aparentemente de manera milagrosa, planteando la posibilidad de que ella pueda ser un Cylon.

La flota se está quedando sin combustible de tylium y pronto no tendrá suficiente para seguir huyendo de los Cylons, cuando encuentran un asteroide con varios años de suministro de mineral de tylium... desafortunadamente, los Cylons ya han construido una base minera en él.

La Presidenta Roslin ha reconstruido un nuevo Quórum de Doce, el poder legislativo del gobierno, pero el líder terrorista/disidente político Tom Zarek es elegido como miembro, y de inmediato propone que el Quórum vote para nombrar a un nuevo Vicepresidente, y se postula para el cargo.

Galactica se encuentra con Kobol, el mundo natal perdido de la humanidad del que se dice que las 13 Tribus provienen, y que supuestamente contiene las únicas pistas sobre la ubicación de la Tierra. Roslin convence a Starbuck de robar el raider Cylon capturado y regresar a Caprica ocupada por los Cylon para recuperar un artefacto religioso que desbloqueará los secretos en Kobol.

Furioso porque Roslin usurpó su comando al ordenar a Starbuck que robara el Raider capturado, Adama decide que su única opción es asaltar Colonial One con marines y terminar con su presidencia. Starbuck llega a Caprica y encuentra la Flecha de Apolo en un museo, pero tiene que enfrentarse a una copia de Número Seis para obtenerla.

A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.

Tigh tiene problemas con la responsabilidad de ser líder, la presidenta Roslin pierde el control sin chamalla. El equipo de Kobol descubre una batería Cylon.

La decisión de Tigh de imponer la ley marcial es protestada tanto en la flota como en la Galáctica. En Caprica, Helo y Starbuck se encuentran con otros humanos.

Starbuck se encuentra herida en un hospital en Caprica, donde desconfía de su médico. La presidenta Roslin hace un llamado a la flota para que la sigan a Kobol.

Starbuck, Helo y Boomer traen de vuelta la Flecha de Apolo, pero Boomer no parece ser bienvenida. El Comandante Adama quiere mantener a la flota dividida y nombra a un nuevo CAG.

Mientras el Comandante Adama intenta unirse al equipo de Roslin en Kobol, la Número Seis del Dr. Baltar le dice que está loco.

La periodista D'Anna Biers está haciendo un reportaje sobre el incidente Gideon, cuando Adama y Roslin le piden que filme la vida diaria en la Galactica.

Mientras Tyrol decide comenzar a construir un nuevo caza, el virus Cylon vuelve a hacer acto de presencia. Boomer dice que esto significa que se avecina un gran ataque Cylon.

Galáctica se encuentra con Pegaso, y el mando de Adama se ve amenazado cuando el capitán de Pegaso tiene un rango superior. Una celebración alegre se vuelve amarga debido a los secretos que emergen de las diferencias entre las dos tripulaciones, y Baltar se encuentra con un prisionero cylon familiar a bordo de Pegaso.

Adama y Cain encuentran un terreno común cuando Starbuck regresa con imágenes del barco Cylon. Roslin negocia una tregua temporal, mientras Starbuck planea un ataque.

Galáctica y Pegasus se están preparando para el asalto a la nave de Resurrección Cylon. Mientras Starbuck discute el plan de Adama de matar a Cain con Apollo, el coronel Fisk detiene a los miembros de la tripulación de Pegasus que están golpeando a Helo y Tyrol. Envía a sus marines a Galáctica para ejecutar el plan de Cain de matar a Adama. Apollo parece no estar de acuerdo con el plan de su padre y lo escucha antes de partir en el blackbird para destruir la unidad de salto de la nave de Resurrección. Las cosas no salen bien para él. Mientras tanto, el Dr. Baltar está tratando de cuidar de la Number Six en Pegasus. Parece tener sentimientos por ella, para consternación de la Number Six en su cabeza.

La Presidente Roslin, quien está a punto de morir, cree que el bebé de Sharon es peligroso y ordena que debe morir. Mientras tanto, un grupo de terroristas dentro de la flota comienza a pedir una negociación de paz con los cylons.

This is an episode about loss. Kat and Starbuck confront each other about their piloting skills and each vow to kill Scar (a Cylon spaceship) before the other.

A terrorist attacks and holds several key people hostage and threatens to murder them unless she is given the Cylon prisoner.

Dos de los raptores de Pegasus desaparecen después de una sospechosa llamada de auxilio. La presidenta Roslin debe tomar una decisión sobre el aborto que podría dañar su carrera política.

Mientras el Dr. Baltar va rezagado en las encuestas para la elección y trata desesperadamente de revertir la situación, Starbuck está planeando una misión para rescatar a Anders de Caprica.

El grupo en Caprica está bajo fuego de los Cylons, pero de repente se detienen. Con solo los votos de una nave por contar, Roslin está muy rezagada en las elecciones.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Comienza el ataque para rescatar a todos en New Caprica. La Galactica se encuentra con cuatro Basestars Cylon en lugar de los dos esperados. El final parece estar a la vista, pero reciben ayuda de una fuente bienvenida pero inesperada. En el planeta, Tyrol y Anders lideran el ataque para liberar a todos de la prisión. Anders encuentra a Starbuck, pero ella no se irá sin Kacey. Su exitoso regreso a la Galactica provoca emociones encontradas. El Coronel Tigh debe decidir qué hacer con su esposa Ellen después de que ella confiesa haber dado las coordenadas del encuentro a los Cylon. Hera no logra salir del planeta.

Ahora, de vuelta de manera segura en la flota, aquellos que lograron escapar de Nueva Caprica buscan venganza contra aquellos que creen que colaboraron con los Cylons. Seis de ellos, incluyendo al Jefe Tyrol y al Coronel Tigh, han formado el Círculo y actúan como juez, jurado y verdugo. Aquellos encontrados culpables son lanzados al espacio desde una escotilla de aire. Lee Adama ha notado que en los tres días desde que todos se reunieron, 13 personas han desaparecido sin dejar rastro. El ánimo a bordo de la Galactica no es bueno, con los colaboradores percibidos siendo rechazados por los demás. Entre aquellos en esa situación se encuentra Felix Gaeta, quien como Jefe de Personal de Gaius Baltar, está en lo alto de la lista del Círculo. En cuanto a Baltar, ahora está siendo retenido a bordo de una nave Basestar Cylon y sus captores también están decidiendo su destino.

Baltar se entera de Caprica Six de su capacidad de proyectarse e imaginar diferentes entornos, lo que lo lleva a preguntarse si él también es un Cylon. Ha dicho a los Cylons lo que sabe sobre la ubicación de la Tierra y envían una Basestar para investigar. Al final, la nave de reconocimiento es infectada con un virus que mata a todos a bordo. A bordo de la Galactica, el teniente Gaeta ha estado revisando el trabajo de Baltar en descifrar el mapa que recuperaron en Kobol. Él también cree que sabe lo que significa todo. Sin embargo, lo que preocupa más es la división entre aquellos que se quedaron con la flota y aquellos que estaban en tierra luchando contra los Cylons. Starbuck y el Coronel Tigh, en particular, se quejan enérgicamente de aquellos que se quedaron atrás y le corresponde al Almirante Adama imponer la ley.

Cuando un grupo de Cylons enfermos de la Basestar infectada es llevado a Galactica, Lee descubre una forma de resolver el problema de los Cylons para siempre: destruyendo toda la raza Cylon. Mientras tanto, los actos de D'anna para descubrir si Baltar es confiable forjarán una relación inusual.

A figure from Adama's past returns to haunt him. His return raises questions about why the Cylons launched their initial attack against the Twelve Colonies.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").

La flota colonial realiza un viaje angustiante. Kat desempeña un papel vital en el éxito o fracaso del paso.

La tripulación de Galactica hace una parada en el planeta Algae desierto.

Los Cylon descienden sobre la misión de reabastecimiento mientras el Jefe corre para descifrar las marcas en el templo que se cree que alberga el Ojo de Júpiter, un ícono sagrado que se cree que contiene un mapa hacia la Tierra.

Baltar juega un juego del gato y el ratón con Adama y el Presidente, pensando que lo matarán una vez que le hayan sacado lo que quieren saber. Lee lidia con sus sentimientos por Kara, mientras lucha por mantener su matrimonio.

When a group of refugees board Galactica with a curable illness, it becomes very mysterious when they begin to die after taking the injection they do not believe in.

The Chief and his wife get trapped in an airlock on a routine maintenance job, while the Admiral copes with his wedding anniversary and the memories of his ex-wife.

El Almirante se ve obligado a tomar la decisión de si debe poner a Kara Thrace en tierra cuando comienza a mostrar signos de un inminente colapso nervioso.

Además de tener que lidiar con la pérdida de Kara Thrace, la tripulación de la Galáctica también está a cargo de la seguridad en torno al juicio del Dr. Baltar y su abogado defensor, quien está reemplazando a un abogado que ya ha sido asesinado.

Baltar es sometido a juicio por su vida, y afecta a todos, desde Lee hasta el presidente.

Las coincidencias crean nuevas alianzas a bordo de Galactica.

Durante una batalla aparentemente desesperanzadora, Kara Thrace aparece en un Viper impecable, afirmando que ha estado en la Tierra y puede guiar a la Flota allí, pero Laura Roslin, la terminal, no cree en ello. Mientras tanto, cuatro de los llamados Cinco Finales se ven obligados a enfrentar las repercusiones de su nueva naturaleza, mientras que Gaius Baltar descubre que tiene una comunidad de cultistas femeninas núbiles que creen que él es un agente del "único Dios verdadero".

Starbuck (Katee Sackhoff) y Laura Roslin (Mary McDonnell) se enfrentan con una pistola entre ellas, Lee Adama (Jamie Bamber) se despide de la Galactica, estalla un conflicto violento entre los siete modelos a bordo del Cylon Basestar, y Gaius Baltar (James Callis) es directamente involucrado en la situación de los "Cinco Finales".

Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Cuando una nave pesada tripulada por Leoben Conoy se acopla a bordo de la Demetrius, se forman confrontaciones entre la tripulación sobre la posibilidad de un alto el fuego con los rebeldes Cylon, mientras que Starbuck confía en un viejo enemigo.

Una lesión grave pone fin al intento de motín a bordo del Demetrius, Kara lidera a su tripulación hacia el Basestar de los rebeldes Cylon, y Roslin comienza a entender el atractivo de Gaius Baltar para sus seguidores. Mientras tanto, Anders intenta encontrar secretamente respuestas a su propósito como miembro de los Cinco Finales.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

D'Anna exige que los cuatro Cylons de la flota sean enviados a la nave basestar. Solo Tory va, mientras que los otros tres son atraídos repentinamente hacia la Viper de Kara por la música. Finalmente se encuentra la ruta hacia la Tierra.

Explorando el planeta se descubre que no hay vida excepto plantas. La destrucción ocurrió aproximadamente 2.000 años antes. Entre las ruinas se encuentran esqueletos y restos de Centuriones de un tipo diferente. Pero un examen más detallado de los esqueletos revela que ¡son Cylon! ¿Podría ser que la 13ª Tribu realmente haya sido solo Cylon? El Jefe Tyrol, el Coronel Tigh, Sam Anders y Tory recuerdan haber vivido en el planeta y morir allí. ¿Cómo llegaron a las colonias? Starbuck encuentra un trozo de su Viper y, a pesar de las advertencias de Leoben, comienza a buscar la cabina... Roslin pierde la fe en los Rollos de Pithia. Apollo y Dualla parecen reconciliarse, pero él necesita descubrir qué decirle a la gente de la Flota... Una tragedia lleva a Adama a confrontar a Saul.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

Roslin está a bordo de un raptor en camino a la Base Estelar Rebelde de los Cylon, pero Gaeta ha ordenado que lo ataquen y destruyan. Los marines han utilizado una granada aturdidora contra Adama y Tigh. Roslin logra enviar una transmisión inalámbrica para que todos escuchen y se enteren de lo que Gaeta ha hecho. Ella y los demás apenas logran llegar a la Base Estelar, donde convence a Tory y a los demás Cylon de utilizar la Flota como cobertura para evitar que Gaeta la ataque. También cree que Adama podrá salvar al resto de los Cuatro Finales. Temporalmente a salvo, los Cylon Rebeldes comienzan a votar si deben simplemente saltar y aceptar sus pérdidas. Adama es llevado ante Gaeta y Tigh es encarcelado con Caprica Six, Anders, Athena, Helo y su hija Hera. Zarek llega a bordo de Galactica en Colonial One con el Quórum. A instancias de Gaeta, Zarek acepta llevar a Adama a juicio por traición, con Romo Lampkin asignado como su abogado defensor. Solo hay un problema: el Quórum se niega a reconocer la autoridad de Zarek. Sin embargo, Zarek está decidido a seguir su máxima de "La verdad es contada por aquellos que quedan en pie". Solo Tyrol, que está solo, y Lee, que está con Starbuck, son la última esperanza de Galactica.

Ahora, de vuelta de manera segura en la flota, aquellos que lograron escapar de Nueva Caprica buscan venganza contra aquellos que creen que colaboraron con los Cylons. Seis de ellos, incluyendo al Jefe Tyrol y al Coronel Tigh, han formado el Círculo y actúan como juez, jurado y verdugo. Aquellos encontrados culpables son lanzados al espacio desde una escotilla de aire. Lee Adama ha notado que en los tres días desde que todos se reunieron, 13 personas han desaparecido sin dejar rastro. El ánimo a bordo de la Galactica no es bueno, con los colaboradores percibidos siendo rechazados por los demás. Entre aquellos en esa situación se encuentra Felix Gaeta, quien como Jefe de Personal de Gaius Baltar, está en lo alto de la lista del Círculo. En cuanto a Baltar, ahora está siendo retenido a bordo de una nave Basestar Cylon y sus captores también están decidiendo su destino.

A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Roslin está a bordo de un raptor en camino a la Base Estelar Rebelde de los Cylon, pero Gaeta ha ordenado que lo ataquen y destruyan. Los marines han utilizado una granada aturdidora contra Adama y Tigh. Roslin logra enviar una transmisión inalámbrica para que todos escuchen y se enteren de lo que Gaeta ha hecho. Ella y los demás apenas logran llegar a la Base Estelar, donde convence a Tory y a los demás Cylon de utilizar la Flota como cobertura para evitar que Gaeta la ataque. También cree que Adama podrá salvar al resto de los Cuatro Finales. Temporalmente a salvo, los Cylon Rebeldes comienzan a votar si deben simplemente saltar y aceptar sus pérdidas. Adama es llevado ante Gaeta y Tigh es encarcelado con Caprica Six, Anders, Athena, Helo y su hija Hera. Zarek llega a bordo de Galactica en Colonial One con el Quórum. A instancias de Gaeta, Zarek acepta llevar a Adama a juicio por traición, con Romo Lampkin asignado como su abogado defensor. Solo hay un problema: el Quórum se niega a reconocer la autoridad de Zarek. Sin embargo, Zarek está decidido a seguir su máxima de "La verdad es contada por aquellos que quedan en pie". Solo Tyrol, que está solo, y Lee, que está con Starbuck, son la última esperanza de Galactica.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Después de que Baltar tiene una discusión con la visión de Number Six que ve en su cabeza, una copia física del modelo Cylon Number Six aparece en el CIC de la Galactica afirmando ser una mujer llamada Shelley Godfrey, quien tiene pruebas que demuestran que Baltar ha traicionado a la humanidad... excepto que ella está tratando de incriminarlo por un acto de sabotaje previo al ataque.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

Baltar juega un juego del gato y el ratón con Adama y el Presidente, pensando que lo matarán una vez que le hayan sacado lo que quieren saber. Lee lidia con sus sentimientos por Kara, mientras lucha por mantener su matrimonio.