Tras llegar al SD-6 con el vídeo en el que aparece registrado el encuentro entre Mr.Sark y K-Directorate, la siguiente misión de Sydney y Dixon les conduce a Túnez. Allí deberán recuperar el manuscrito Rambaldi para que no llegue a manos de Sark. Sydney accede al yate en el que se encuentra escondido el manuscrito y, tras dominar a los agentes del K-Directorate, consigue hacerse con el manuscrito Rambaldi. Al regresar, Vaughn, conocedor de la buena relación que existe entre Sydney y Emily, la mujer de Sloane, plantea a la agente que utilice dicha relación para entrar en casa de Sloane y colocar un micrófono. Sydney, a pesar de sentirse incómoda con la idea de aprovecharse de ella, decide aceptar la proposición.

Sydney descubre trágicamente que la identidad que se esconde tras el "Hombre de Nieve" no es otra que la de su compañero Noah. Kashinau no ha muerto y continúa siendo un objetivo prioritario de la CIA. El agente Vaughn y Sydney urden una trampa para hacer que Kashinau se acerque a ellos pero lo operación se complica cunado el SD 6 descubre el plan. La enfermedad de Emily, la esposa de Sloan, parece en su fase Terminal. Los médicos estiman que le quedan pocas semanas de vida y a Sloan le está afectado el proceso. En un momento de sinceridad, Emily, revela a Sydney que conoce el verdadero trabajo de su marido. La sección de seguridad debe intervenir siguiendo el protocolo.

La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.

Vaughn está infectado y desesperado, tanto que acude a Irina para que le ayude pero esta no quiere hacerlo a menos que él le confiese lo que siente por su hija Syney y si está enamorado de ella. . Will le habla a Syd del trabajo que hace para Vaughn y que en su búsqueda en los test estudiantiles le faltan todos los datos de 1982. Entonces ella le habla de la operación llamada “Proyecto navidad” que había desarrollado su padre y servía para ver que niños se podían reclutar y para eso la inteligencia rusa envió a su madre. Se cree que aún se utiliza por la inteligencia rusa para reclutar americanos. Syd al enterarse por su madre que el antídoto está en Palinski (Estonia), en una antigua base para submarinos nucleares, viaja hasta allí. La base esta dirigida por las autoridades locales pero Syd sabe que aunque lo encuentre puede no salvarle la vida a Vaughn porque ha de ser un antídoto especifico para la sangre del paciente. Cuando va a Estonia es capturada por Sark (David Anders) y este le propone un trato que Syd acepta. Su vida a cambio de que colabore con el para apresar a Sloane. Pero no se trata más que otra trampa de Sark para introducirse en el SD-6.