Nada es lo que parece cuando John Weir, un maestro del engaño en el mundo del espionaje corporativo, es acusado de asesinato por fuerzas poderosas con la capacidad de influir y controlar poblaciones.

Un ex convicto recientemente liberado llamado Shadow conoce a un hombre misterioso que se hace llamar "Wednesday" y que sabe más de lo que parece sobre la vida y el pasado de Shadow.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).