Paddington, que se ha establecido con la familia Brown en Windsor Gardens, se ha vuelto popular en su comunidad y ofrece a las personas apoyo emocional de diversas formas. Para comprar un libro emergente único de Londres en la tienda de antigüedades de Samuel Gruber para el cumpleaños número 100 de su tía Lucy, Paddington realiza varios trabajos ocasionales y ahorra su salario, pero el libro es robado. Paddington lo persigue, pero el culpable escapa y Paddington es incriminado y arrestado. Aunque Gruber y los Browns no creen que Paddington haya robado el libro, sin evidencia de que el ladrón existiera, Paddington es condenado y encarcelado por error. El ladrón pronto regresa a casa y se revela que es Phoenix Buchanan, un actor egoísta que vive frente a los Brown.

Paddington es un oso que ha crecido en las profundidades de la selva peruana junto a su tía Lucy quien, debido a un encuentro casual con un explorador inglés, ha inculcado en su sobrino el sueño de vivir en Londres. Cuando un terremoto destruye su hogar, la tía Lucy decide ocultar a su joven sobrino en un barco rumbo a Inglaterra en busca de una vida mejor. Cuando el pequeño llega solo a la estación londinense de Paddington, se da cuenta de que la vida de la ciudad no tiene nada que ver con lo que se había imaginado, hasta que conoce a los Brown, una bondadosa familia británica que se lo encuentra con una etiqueta alrededor del cuello en la que se puede leer: 'Por favor, cuidad de este oso. Gracias'. Los Brown le acogen en su casa mientras Paddington busca al famoso explorador que dejó marcada a su tía Lucy muchos años atrás. Sin embargo, poco después, una siniestra y atractiva taxidermista se fija en él, lo que supone una amenaza para su hogar y para su propia vida.

Paddington regresa a Perú para visitar a su querida tía Lucy, quien ahora reside en el Hogar para Osos Jubilados. Con la Familia Brown a cuestas, se desata una emocionante aventura cuando un misterio los sumerge en un viaje inesperado a través de la selva amazónica y hasta las cumbres de las montañas de Perú.