Transportada al Cuadrante Delta por una fuerza hostil que ha matado a la mitad de su tripulación, la capitana Kathryn Janeway se ve forzada a hacer un pacto con los asaltantes: la tripulación de una nave de oficiales renegados de la Federación, conocidos como Maquis. Mientras la tensión entre los Maquis y los oficiales de la Flota Estelar estalla en violentos incidentes ocasionales, la tripulación tiene que enfrentarse a peligros mayores y más mortíferos, bajo la forma de misteriosas anomalías espaciales que amenazan con destruir la nave en más de una ocasión.

Era de la humanidad, diez años después de la guerra entre la tierra y los minbari. El proyecto Babylon era un sueño al que se le había dado forma. su objetivo: evitar otra guerra creando un lugar donde humanos y alienígenas pudieran solucionar sus diferencias pacíficamente. Es un punto de encuentro, un hogar lejos de casa para diplomáticos, estafadores, empresarios y vagabundos: humanos y alienígenas envueltos en dos millones y medio de toneladas de metal, solos en la oscuridad. Puede ser un lugar peligroso, pero es nuestra última esperanza de paz. Esta es la historia de la última de las estaciones Babylon. El año es 2258. El nombre del lugar es Babylon 5 Y así empieza la primera temporada de Babylon 5. En efecto, en el pasado estalló una guerra entre los minbari y los humanos debido a un malentendido. Por culpa de ese error murió el líder espiritual de los alienígenas. Los minbari juraron vengar a su líder y colocaron a la humanidad al borde de la aniquilación. Pero justo cuando les tenían contra las cuerdas, misteriosamente, se rindieron. Incluso entre los minbari, tan sólo una élite (el Consejo Gris) conocían las verdaderas razones de su claudicación. El Proyecto Babylon se concibió a consecuencia de la guerra. Su objetivo era evitar que estallara otro conflicto, y que los gobiernos alienígenas pudieran resolver sus problemas pacíficamente. La historia de este proyecto se vería dificultado desde el principio: las primeras tres estaciones Babylon fueron destruidas antes de terminarse de construir. La cuarta se desvaneció misteriosamente. Por fin, la quinta logró ser inaugurada gracias al patrocinio de algunos de los gobiernos alienígenas que vieron la gran esperanza de paz que la estación representaría. Aquí comienza la historia de Babylon 5, la última de las estaciones Babylon. Sin embargo, mantener la paz no será nada sencillo, y B5 deberá enfrentarse a muchos retos/problemas: la partida de su capitán, los actos de sabotaje