El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

The Stargate team must justify the project's continuation when a doubtful senator, Head of the Congressional Military Appropriations Committee, comes to review the project's performance.

Mientras O'Neill y Carter van a Washington para ser condecorados por el Presidente y encontrar una filtración de seguridad, Jackson y Teal'c van a Abydos (después de desenterrar su Stargate) para ver al padre de Sha're. Llegan para decirle que no han tenido éxito en encontrar a Sha're, solo para descubrir que ella ya está en Abydos. Pero descubren que está embarazada de Apophis y que el bebé guarda los secretos de los Goa'uld.

Responding to a help cry from Kasuf, SG-1 and more USAF wipe out a Goa'uld Jaffa guard to save most of the slaves on Abydonia. When Amaunet turns her hand device on Daniel, he can't bring himself to shoot his beloved wife Sha're, but Teal'c saves him by fatally staff-shooting her, and Abydononian funeral tradition squashes his hope of a sarcophagus resurrection. Crushed by grief, Daniel has apparitions of Sha're and, once released from hospital, resigns from SGC claiming the quest for his wife was his reason to join. Daniel's former research assistant, Dr. Robert Rothman, succeeds him in SG-1; but Jack is sure he'll be back. Sha're (or Amaunet's posthumous manual spell?) keeps appearing to Daniel life-like, telling him to forgive Teal'c and together find their boy who, as Harsisis, has all the Goa'uld knowledge in his genetic memory, which, to the Goa'uld, means he must be killed. Daniel agrees to return, but has a secret agenda, too.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.